如果你的参考文献格式正确那么系统会自动识别并且剔除不参与正文查重。参考文献标红就说明你的格式有误。系统把你的参考文献当正文来对比查重了。希望可以帮到你，有问题随时追问我吧。
不会的，楼主是当心引用率的问题吧^0^。像知网我们一般是不用的，因为有检测预警，学校是不允许的。我们多用维普检测系统，跟知网检测不相上下，貌似比知网还严谨些，价格也实惠得多，最主要的是可以解决楼主的顾虑。维普的引用识别功能是十分强大的，无需上传参考文献，就能识别引用。维普个人版还能免费试用，搜gocheck论文检测，不用白不用哟~
参考文献一般是不计入查重范围的，被标红了可能是格式有问题，建议对照学校要求进行格式修改。
格式的问题，调整一下格式就行
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魔女在彼岸
