不要加书名号，因为正规的格式是在著作后面有个中括号，就像上面的（D），像这样的还有（M）代表杂志，像报告等等都有代号的，所以不要加书名号。最后不要加点 ，这是规定，在参考文献的末尾不加标点。
不一样，总的来说毕业设计的文献要远远多于开题报告，但二者是可以包含不一样的文献的。毕业设计的参考文献因该根据定稿论文的顺序依次引用，不需要理会开题报告的文献；只因二者相关度很高，所以参考文献也会有很多相似；但并不是说一定要后者包含前者。
参考文献一般是按引用顺序进行标注编号的。你不按顺序，如果标注和文献列表是一一对应的话，也可以。但不符合习惯。自己用或让老板看可以。最终出版物，都应按顺序来。就像目录、序号都是1、2、3……一样。
必须按照著作类，期刊类，论文类，外文类，去写，，，不过具体要看你们模板的要求
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