实质审查过程中发明专利申请被驳回的理由如下:1、申请对象不属于发明专利的范畴;2、该发明专利违反国家法律、或者妨害公共利益;3、该发明专利不具有新颖性、创造性和实用性;4、申请人主体不适格;5、申请材料内容不符合相关规定;6、实质审查过程中发明专利申请被驳回的其他理由。【法律依据】2021年6月1日生效的《专利法》第三十七条国务院专利行政部门对发明专利申请进行实质审查后,认为不符合本法规定的,应当通知申请人,要求其在指定的期限内陈述意见,或者对其申请进行修改;无正当理由逾期不答复的,该申请即被视为撤回。第三十八条发明专利申请经申请人陈述意见或者进行修改后,国务院专利行政部门仍然认为不符合本法规定的,应当予以驳回。第三十九条发明专利申请经实质审查没有发现驳回理由的,由国务院专利行政部门作出授予发明专利权的决定,发给发明专利证书,同时予以登记和公告。发明专利权自公告之日起生效。