已发现的限制酶种类众多,Smith H O和Nathans D与1973年提出了一个命名系统,已被学术界接受,其命名原则是根据分离出这种酶的细菌的分类学上的属名,种名和菌株名来命名。 酶的名称的第一个字母是该细菌属名的第一个字母,大写,斜体。 名称的第二,三个字母是该细菌中分离出来的几种酶的序号。如分离出的第一种酶为Ⅰ,第二种酶为Ⅱ。 一下举例说明:AluⅠ的得名为从中分离出的细菌属名和种名为Arthrobacter luteus,分离得到的第一种酶。 从细菌Bacillus amyloliquefuciens H菌株分离出来的第一种酶命名为BamHⅠ 从Haemophilus influenzae Rd菌株中分离出来的第三种酶的命名为Hind Ⅲ