个人名义申请专利费用低，但是个人申请专利归个人与公司无关，容易起纠纷；另外，在部分地区享受政府资助时，资助标准也要低于公司；而且，在高新技术企业认定、公司上市作价等方面，通常都是以公司作为专利权人进行。
1、申请时递交主体资格证明文件的不同，个人名义申请需要递交身份证复印件，公司名义申请需要递交法人营业执照复印件。2、申请时，如果是个人名义申请，部分需要递交非职务创作证明。3、授权后的权利人不同，个人申请，则专利权利归个人所有。公司申请，则专利权利归公司所有。4、申请费用不用，个人名义申请可以办理减缓，并且前三年享有减缓费用，费用上相对优惠。公司名义申请办理减缓比较复杂，如无减缓，则费用相对比较高。
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