毕业论文查重还要看学校要求，有的学校是全部都提交，不过，参考文献是不参加查重的，查重系统自动识别参考文献并跳过，但如果参考文献格式不对，查重系统会当做正文进行查重并误判抄袭。
正规毕业论文查重是不包括参考文献的，参考文献并不在毕业论文查重范畴内。可是毕业论文查重并不能够识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被毕业论文查重识别出来，这也就意味着只有参考文献的格式规范且正确的时候，毕业论文查重才会将该部分参考文献排除出查。
以知网为例，知网查重是不包括参考文献的，参考文献并不在知网查重范围内。可是知网查重并不能识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被知网识别出来，这也就意味和只有参考文献的格式规范且正确的时候，知网才会将该部分参考文献排除出查重范畴，所以只要格式正确规范，那么本科毕业论文查重就不会包括参考文献。
包括，只要参考文献和摘要部分存在待检测论文中，查重系统就会对其进行检测。若学校要求查重时放入摘要和参考文献，那么学生在提前查重时也需要在待检测论文中加入参考文献和摘要部分，保证检测后两者的查重结果一致；若学校要求查重时不需要放入参考文献和摘要部分，那么学生在提前查重时可以删除这两部分内容。
论文查重摘要和文献参考的话也是查重的内容，但是所占用的比例不是很大，比较小，不要过于担心哦。希望我的回答对你有帮助，欢迎采纳我的回答，谢谢
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