正规毕业论文查重是不包括参考文献的，参考文献并不在毕业论文查重范畴内。可是毕业论文查重并不能够识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被毕业论文查重识别出来，这也就意味着只有参考文献的格式规范且正确的时候，毕业论文查重才会将该部分参考文献排除出查。
一般情况下，提交查重时，参考文献这部分内容是附带一起提交的，但是大部分查重系统特别是知网查重系统是可以有效识别出参考文献的，识别出来的参考文献里面的内容是不会被标红的。正常识别出参考文献的情况下，参考文献是不会有重复的。如果由于格式错误等原因导致参考文献当做正文被标红了，那此时就有相似比或重复率了。
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