曹州与亳州皆于明代嘉靖（1522～1567）年间引入牡丹，也同于万历（1573-1620）年间达到繁盛。两地之间相互交换品种，“曹花多移自亳”（清·余鹏年《曹州牡丹谱》）；亳州也引进入不少曹州名品，如《亳州牡丹史》中记载一种“金玉交辉”的品种，说是：“曹州所出，为第一品。”又有“忍济红”“萍实红”两种，也产于曹州。《曹南牡丹谱》亦云：“至明曹南牡丹甲于海内。”曹州一士人家，牡丹有种至四十亩者，……多到一、二千株，少者数百株。”（《五杂俎》）。由此可以看出，现今牡丹的主要产地菏泽，在明代就已开始繁盛了。 北京自辽、金建都于此，牡丹栽培日渐兴盛。明代的《北京考》上记载辽圣宗（公元982-1031）在统和12年（995年）三月去长春宫观赏牡丹。在明代，牡丹栽培极盛，“金殿内外尽植牡丹”。城外还有三大名园梁家园、清华园和惠安园。 在江南，明代以江阴牡丹为盛。此外杭州、苏州、上海也有不少种植。广西灌阳也产牡丹，据明代《广西通志》记载，在广西“牡丹出灵川、灌阳，灌阳牡丹有高一丈者，其地名小洛阳。”
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