本刊主要刊登农业类、生物学类及相关学科的科研新成就等。《西南大学学报》(自然科学版)的前身是《西南农业大学学报》(自然科学版)，创刊于1959年，到2005年，《西南农业大学学报》(自然科学版)已经是CSCD(中国科学引文数据库)核心库期刊、《中文核心期刊要目总览》入选期刊、重庆市一级期刊。
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