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论文中参考文献的编号要在正文中有对应的位置，比如1号参考文献，就要在引用1号文献内容的位置标上上标1。参考文献较多时，通常集中在一起用专门的篇章来介绍。当首页介绍作者时，通常在当页的脚标位置进行注释。
脚注和参考文献是不重合的，参考文献不用解释，就是参考过的或者直接引用的文献，做出标注，一般写于文章末尾，脚注一般写于每一页的最后，脚注主要运用于对数字或者某句话或者某个词语的详细解释，主要是文中无法说清某个词语，或详细解释某个词语影响文章阅读的情况下，要脚注说明。例如，学而时习之，不亦说乎，脚注就是对这句话的解释，学到了知识或本领，并有时间有机会去不断地实践它，不也是件快乐的事，参考文献就是论语学而。
论文脚注与参考文献不需要对应，二者是不同的，在写论文时可以用不同的字体来区分，也可以用特殊的符号标注。脚注就是可以附在文章页面的最底端的，对某些东西加以说明，印在书页下端的注文。参考文献是在学术研究过程中，对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中已注明，不再出现于文后参考文献中。
参考文献是引用人家已发表的观点或者文章或者实验结果等，需要在引用的那段话后面加[1][2]这样的上标，然后文章末尾列“参考文献”时与文中的上标相对应。脚注一般在文章第一页，在正文部分的左下侧，是写作者的个人信息，例如作者，哪里人等信息或通讯作者的信息，这篇发表的这篇文章是哪个项目或者基金的组成部分。你可以下载一篇已发表的文章进行对照比较，就很容易懂了！
据学术堂了解，论文的参考文献引用的是别人的论文观点和成果，而脚注更多是自己对于这个名词或者概念的详细说明，用于向对于此类课题还不了解的人进行解释。不同之处在于参考文献引用肯定是别人论文的成果或者内容，无非是直接或者间接的，脚注更多的是作者自己的解释。
脚注就是可以附在文章页面的最底端的，对某些东西加以说明，印在书页下端的注文。参考文献是在学术研究过程中，对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中已注明，不再出现于文后参考文献中。按照字面的意思，参考文献是文章或著作等写作过程中参考过的文献。然而，按照GB/T 7714—2005《文后参考文献著录规则》的定义，文后参考文献是指：“为撰写或编辑论文和著作而引用的有关文献信息资源。”根据《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范（试行）》和《中国高等学校社会科学学报编排规范（修订版）》的要求，很多刊物对参考文献和注释作出区分，将注释规定为“对正文中某一内容作进一步解释或补充说明的文字”，列于文末并与参考文献分列或置于当页脚地。
如果论文中某句话是直接引用别人论文的内容，就加注释。如果在写论文过程中看了别人的文章并有所启发，但没有直接引用别人的观点，那就加参考文献。一般注释需在正文中有序号与之一一对应，但参考文献只需在文章最后列出所有你在写文章时参考过的文章即可。
脚注是作者注，参考文献是正文后面的附录。脚注可有可无，看你自己认为是否需要加，参考文献必须要有。
注释： 中引文（包括观点、数据和材料等）须注明出处，即进行参考文献著录（本刊参考文献著录采用顺序编码制；在文中引文出现的地方用阿拉伯数字按序编码予以标明，并在文末列出参考文献表）。如果解释某些内容，或者引文来自经典著作、领导讲话、文件法规、内部资料、工具辞书，以及转引自有关文章，均可做为注释（说明作者、题名和出处）。注释格式如下：引自期刊： ① 作者 ： 《题名》 ，《刊名》 ，××××年第 ×期，第 × 页引自专著： ② 作者 ： 《书名》 ，出版者及×××× 年版 ，第 × 页引自报纸： ③ 作者 ： 《题名》 ，《报纸名》年-月-日（版次） 参考文献著录格式如下：引自期刊：［ 1］ 作者（所有作者全列—下同） 题名［ J］ 刊名 , 出刊年 ,卷(期) : 起止页码 引自专著：［2］ 作者 书名［ M］ 版次（初版不写） 译者（指译著, 所有译者全列） 出版地 : 出版者 , 出版年 页码引自报纸：［3］ 作者 题名［ N］ 报纸名 , 年-月-日（版次）引自论文集：［4］ 作者 题名［ A］ 见 : 论文集编者 文集名［ C］ 出版地 : 出版者 , 出版年 页码引自会议论文：［5］ 作者 题名［ Z］ 会议名称 , 会址 ，会议年份引自学位论文：［6］ 作者 题名［ D］ : ［学位论文］ 保存地 : 保存者 , 年份 参考文献： 中英文期刊杂志类，注文的样式为：作者．文章题目．期刊杂志名．年份及期数．页码。如：叶志良．《当代戏剧形态新格局》．戏剧文学．1996（2）．45Jin Long,Lou Ying,Lin ZComparison of long-term forecasting of June-August rainfall over Changjiang-Huaihe valley〔J〕Adv Atmos Sci,1997,14(1):87-中英文著作类，注文的样式为：作者．书名．出版社．出版年份．页码。如：王新民．《中国当代戏剧史纲》．社会科学文献出版社．1997．347网络类，注文的样式为：作者．文章题目．网址．访问时间。如：夏敬华．《企业流程管理中的常见问题》．．2003年5月20日访问对于一些不宜放入正文中、但作为毕业论文（设计）又不可缺少的组成部分，或有主要参考价值的内容，可编入毕业论文（设计）的附录中。具体写法如下：参考文献（五号宋体加粗）居左，空两格放置： [1] 刘广珠．《高中生考试焦虑成因分析》．陕西师大学报（哲社版）．1995．24（1）：161-164．[2] 郑 霖 柴宗新 郑远昌等．《四川省地理》．四川科学技术出版社．1994．108-111．[3] 夏敬华．《企业流程管理中的常见问题》．．2003年5月20日访问[4] [美]约瑟．H．多尔著,张林升等译．《教育新理念》教育科学出版社．1998．[5] Jin Long,Lou Ying,Lin Zhenshan．Comparison of long-term forecasting of June-August rainfall over Changjiang-Huaihe valley〔J〕．Adv Atmos Sci．1997．14(1):87-92．以上注释的具体内容全部采用五号仿宋体
脚注就是可以附在文章页面的最底端的，对某些东西加以说明，印在书页下端的注文。参考文献是在学术研究过程中，对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中已注明，不再出现于文后参考文献中。按照字面的意思，参考文献是文章或著作等写作过程中参考过的文献。然而，按照GB/T7714—2005《文后参考文献著录规则》的定义，文后参考文献是指：“为撰写或编辑论文和著作而引用的有关文献信息资源。”根据《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范（试行）》和《中国高等学校社会科学学报编排规范（修订版）》的要求，很多刊物对参考文献和注释作出区分，将注释规定为“对正文中某一内容作进一步解释或补充说明的文字”，列于文末并与参考文献分列或置于当页脚地。