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法律分析：专利的使用费是是由双方协商确定的，没有统一的规定。法律依据：《中华人民共和国民法典》 第八百四十六条 技术合同价款、报酬或者使用费的支付方式由当事人约定，可以采取一次总算、一次总付或者一次总算、分期支付，也可以采取提成支付或者提成支付附加预付入门费的方式。约定提成支付的，可以按照产品价格、实施专利和使用技术秘密后新增的产值、利润或者产品销售额的一定比例提成，也可以按照约定的其他方式计算。提成支付的比例可以采取固定比例、逐年递增比例或者逐年递减比例。约定提成支付的，当事人可以约定查阅有关会计账目的办法。
专利使用费该由专利权人以外的专利使用人支付。专利使用费是指专利权人以外的他人在使用专利时向专利权人交纳的一定数额的使用费用，取得实施专利权许可的单位或者个人应当给付专利权人合理的使用费。【法律依据】《专利法》第六十二条取得实施强制许可的单位或者个人应当付给专利权人合理的使用费，或者依照中华人民共和国参加的有关国际条约的规定处理使用费问题。付给使用费的，其数额由双方协商；双方不能达成协议的，由国务院专利行政部门裁决。
《企业所得税法》第三十七条规定，对非居民企业取得本法第三条第三项规定的所得应缴纳的所得税，实行源泉扣缴，以支付人为扣缴义务人。税款由扣缴义务人在每次支付或者到期应支付时，从支付或者到期应支付的款项中扣缴。与上述公司有业务往来的外国公司，属于在中国境内未设立机构、场所的非居民企业，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税，因此，上述公司应该在支付专利使用费时扣缴其企业所得税。
与其他收入合并如果人是查账征收的话减去成本费用加减纳税调整额来计算所得税
专利使用费增值税税率为6%，应扣缴税额等于接受方支付的价款除以(1+税率)乘以税率。【法律依据】《中华人民共和国专利法》第二十六条申请发明或者实用新型专利的，应当提交请求书、说明书及其摘要和权利要求书等文件。请求书应当写明发明或者实用新型的名称，发明人的姓名，申请人姓名或者名称、地址，以及其他事项。说明书应当对发明或者实用新型作出清楚、完整的说明，以所属技术领域的技术人员能够实现为准；必要的时候，应当有附图。摘要应当简要说明发明或者实用新型的技术要点。权利要求书应当以说明书为依据，清楚、简要地限定要求专利保护的范围。依赖遗传资源完成的发明创造，申请人应当在专利申请文件中说明该遗传资源的直接来源和原始来源；申请人无法说明原始来源的，应当陈述理由。
1、发明专利申请费950元（含印刷费50元）；2、实用新型专利申请费500元；3、外观设计专利申请费500元；4、发明申请审查费2500元。另外，发明专利授权办理登记费255元，实用新型或外观设计专利授权办理登记费205元。5、要获得并保持专利，申请人还需要在申请后的若干年内向专利局交纳专利年费等费用。《中华人民共和国专利法》第二十七条申请外观设计专利的，应当提交请求书、该外观设计的图片或者照片以及对该外观设计的简要说明等文件。申请人提交的有关图片或者照片应当清楚地显示要求专利保护的产品的外观设计。《中华人民共和国专利法》第二十八条国务院专利行政部门收到专利申请文件之日为申请日。如果申请文件是邮寄的，以寄出的邮戳日为申请日。《中华人民共和国专利法》第二十六条申请发明或者实用新型专利的，应当提交请求书、说明书及其摘要和权利要求书等文件。请求书应当写明发明或者实用新型的名称，发明人的姓名，申请人姓名或者名称、地址，以及其他事项。说明书应当对发明或者实用新型作出清楚、完整的说明，以所属技术领域的技术人员能够实现为准；必要的时候，应当有附图。摘要应当简要说明发明或者实用新型的技术要点。权利要求书应当以说明书为依据，清楚、简要地限定要求专利保护的范围。依赖遗传资源完成的发明创造，申请人应当在专利申请文件中说明该遗传资源的直接来源和原始来源；申请人无法说明原始来源的，应当陈述理由。
专利使用费增值税税率为6%，应扣缴税额等于接受方支付的价款除以(1+税率)乘以税率。【法律依据】《中华人民共和国专利法》第二十六条申请发明或者实用新型专利的，应当提交请求书、说明书及其摘要和权利要求书等文件。请求书应当写明发明或者实用新型的名称，发明人的姓名，申请人姓名或者名称、地址，以及其他事项。说明书应当对发明或者实用新型作出清楚、完整的说明，以所属技术领域的技术人员能够实现为准；必要的时候，应当有附图。摘要应当简要说明发明或者实用新型的技术要点。权利要求书应当以说明书为依据，清楚、简要地限定要求专利保护的范围。依赖遗传资源完成的发明创造，申请人应当在专利申请文件中说明该遗传资源的直接来源和原始来源；申请人无法说明原始来源的，应当陈述理由。