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刚碰到同样问题，最后解决如下：引用内容选择——段落编号（无上下文）
打开word2010 点击开始菜单，然后找到段落，上面有个编号，点开右边向下箭头后会 看到定义编号格式，如下图，然后把编号格式1改成[1]，然后确定就可以了
自动设置word编号为[1] [2] [3]的方法：选择要加入编号的文本段落，格式/项目符号和编号/编号/自定义，编号格式默认为“”，你在修改为“[]”，就OK了。系统默认有缩进，如果你的参考文献一行放不下，又不希望在下一行缩进，一般的论文格式规范好象都是如此，就把制表位和缩进值都设为0。
打开word2010 点击开始菜单，然后找到段落，上面有个编号，点开右边向下箭头后会 看到定义编号格式，如下图，然后把编号格式1改成[1]，然后确定就可以了
一定不要自己敲编号，一定要使用交叉引用 。如果你发现自己打了编号，一定要手工整理参考文献是很痛苦的，而且很容易出错。Word没有提供管理参考文献的
自动设置word编号为[1] [2] [3]的方法：选择要加入编号的文本段落，格式/项目符号和编号/编号/自定义，编号格式默认为“”，你在修改为“[]”，就OK了。系统默认有缩进，如果你的参考文献一行放不下，又不希望在下一行缩进，一般的论文格式规范好象都是如此，就把制表位和缩进值都设为0。
我的是中文版的，英文的话看看哪个意思相近。在编辑——输出样式——编辑“你选的样式”——引用——排序顺序——选第一个——然后还是在本页继续编辑参考文献——排序顺序——选第一个——关闭并保存，可以保存为“你选的样式 复制”——然后在endnote里选你刚才创的“xxx 复制”——然后在word里选你刚才创的“xxx 复制”——可以了，如果没自动改过来就点update citations and bibliography
你看是否文献顺序有变化？默认的是排第一的编号为1，
打开word2010 点击开始菜单，然后找到段落，上面有个编号，点开右边向下箭头后会 看到定义编号格式，如下图，然后把编号格式1改成[1]，然后确定就可以了
既然两部分都是论文的内容，参考文献最后总归在一起的时候应该按顺序写下来吧比如第一部分是[1]到[15]第二部分就从[16]开始标注。你提到有些文献有重合，假设在第二部分的有一个引用句与第一部分第10个参考文献重合，而这个引用句如果不考虑重合的话是排在[20]，但是标注的时候不要标[20]，标10即可
参考文献的序号标注一般用方括号的阿拉伯数字，如“[1]、[2]、[3]”，也可不加括号的。文末参考文献与文中内容对应的，应在相应文字的右上角依序标出序号。注释和参考文献的序号。文中注释极少量的可用“*”、“**”表示，一般用圆圈的阿拉伯数字依序标注，如“①、②、③”，标在所注对象的右上角。页脚或文末注释中对于相同内容的注释条目可合并写，如“⑥⑨马斯洛，《存在心理学探索》，昆明：云南人民出版社，1987年，130、126页”。参考文献的序号标注一般用方括号的阿拉伯数字，如“[1]、[2]、[3]”，也可不加括号的。文末参考文献与文中内容对应的，应在相应文字的右上角依序标出序号。
第一步“1”：将光标定位于word文档中将要插入参考文献的位置，按“引用/脚注”。出现一菜单，选择“尾注”，“文档结尾”，编号格式为“1,2,3”。按“插入”按钮。以后也按照这个方法，不管是在该参考文学的前面还是后面插入，word都会自动更新编号，你就不用再自己一个一个改编号了。-------------------------------------------------------------------------------------------------------------第二步“[1]”：用word自动插入的参考文献是没有中括号的，参考文献全部写好后要是一个一个加中括号太麻烦。用什么方法呢？按“替换"，在查找栏中输入"^e"，再替换为："[^&]"。这时不管是文章中还是尾注中的参考文献编号都加上了中括号。
在word中，鼠标放在要编号的文字上，右键点击→编号→自定义编号格式→设置需要的格式，即可，见下图。
一、参考文献著录格式 1 、期刊作者．题名〔J〕．刊名，出版年，卷(期)∶起止页码 2、 专著作者．书名〔M〕．版本(第一版不著录)．出版地∶出版者，出版年∶起止页码 3、 论文集作者．题名〔C〕．编者．论文集名，出版地∶出版者，出版年∶起止页码 4 、学位论文作者．题名〔D〕．保存地点．保存单位．年份 5 、专利文献题名〔P〕．国别．专利文献种类．专利号．出版日期 6、 标准编号．标准名称〔S〕 7、 报纸作者．题名〔N〕．报纸名．出版日期(版次) 8 、报告作者．题名〔R〕．保存地点．年份 9 、电子文献作者．题名〔电子文献及载体类型标识〕．文献出处，日期 二、文献类型及其标识 1、根据GB3469 规定，各类常用文献标识如下： ①期刊〔J〕 ②专著〔M〕 ③论文集〔C〕 ④学位论文〔D〕 ⑤专利〔P〕 ⑥标准〔S〕 ⑦报纸〔N〕 ⑧技术报告〔R〕 2、电子文献载体类型用双字母标识，具体如下： ①磁带〔MT〕 ②磁盘〔DK〕 ③光盘〔CD〕 ④联机网络〔OL〕 3、电子文献载体类型的参考文献类型标识方法为：〔文献类型标识/载体类型标识〕。例如： ①联机网上数据库〔DB/OL〕 ②磁带数据库〔DB/MT〕 ③光盘图书〔M/CD〕 ④磁盘软件〔CP/DK〕 ⑤网上期刊〔J/OL〕 ⑥网上电子公告〔EB/OL〕 三、举例 1、期刊论文 〔1〕周庆荣，张泽廷，朱美文，等．固体溶质在含夹带剂超临界流体中的溶解度〔J〕．化工学报，1995(3)：317—323 〔2〕Dobbs J M, Wong J M Modification of supercritical fluid phasebehavior using polor coselvent〔J〕 Ind Eng Chem Res, 1987,26:56 〔3〕刘仲能，金文清合成医药中间体4-甲基咪唑的研究〔J〕精细化工，2002(2)：103-105 〔4〕 Mesquita A C, Mori M N, Vieira J M, et al ． Vinyl acetate polymerization by ionizing radiation〔J〕．Radiation Physics and Chemistry,2002, 63:465 2、专著 〔1〕蒋挺大．亮聚糖〔M〕．北京：化学工业出版社，2001．127 〔2〕Kortun G． Reflectance Spectroscopy〔M〕． New York: Spring-Verlag,1969 3、论文集 〔1〕郭宏，王熊，刘宗林．膜分离技术在大豆分离蛋白生产中综合利用的研究〔C〕．//余立新．第三届全国膜和膜过程学术报告会议论文集．北京：高教出版社，1999．421-425 〔2〕Eiben A E, vander Hauw J K．Solving 3-SAT with adaptive genetic algorithms 〔C〕．//Proc 4th IEEE Conf Evolutionary Computation．Piscataway: IEEE Press, 1997．81-86 4、学位论文 〔1〕陈金梅．氟石膏生产早强快硬水泥的试验研究（D）．西安：西安建筑科学大学，2000 〔 2 〕 Chrisstoffels L A J ． Carrier-facilitated transport as a mechanistic tool in supramolecular chemistry〔D〕．The Netherland：Twente University．1988 5、专利文献 〔1〕Hasegawa, Toshiyuki, Yoshida,et al．Paper Coating composition〔P〕．EP 0634524．1995-01-18 〔 2 〕 仲前昌夫， 佐藤寿昭． 感光性树脂〔 P 〕． 日本， 特开平09-26667．1997-01-28 〔3〕Yamaguchi K, Hayashi A．Plant growth promotor and productionthereof 〔P〕．Jpn, Jp1290606． 1999-11-22 〔4〕厦门大学．二烷氨基乙醇羧酸酯的制备方法〔P〕．中国发明专利，CN1073429．1993-06-23 6、技术标准文献 〔1〕ISO 1210-1982，塑料——小试样接触火焰法测定塑料燃烧性〔S〕 〔2〕GB 2410-80，透明塑料透光率及雾度实验方法〔S〕 7、报纸 〔1〕陈志平．减灾设计研究新动态〔N〕．科技日报，1997-12-12(5) 8、报告 〔1〕中国机械工程学会．密相气力输送技术〔R〕．北京：1996 9、电子文献 〔1〕万锦柔．中国大学学报论文文摘(1983-1993)〔DB/CD〕．北京：中国百科全书出版社，1996