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影响不大。只要你手动输的参考文献格式是正确的,而且你不嫌麻烦,就可以手动输的,对查重也没什么影响。
论文：
论文是一个汉语词语，拼音是lùn wén，古典文学常见论文一词，谓交谈辞章或交流思想。当代，论文常用来指进行各个学术领域的研究和描述学术研究成果的文章，简称之为论文。它既是探讨问题进行学术研究的一种手段，又是描述学术研究成果进行学术交流的一种工具。它包括学年论文、毕业论文、学位论文、科技论文、成果论文等。
只要不是手写
论文目录可以手打，但是不够标准，可以使用以下方法自动生成。
具体步骤：
1、打开需要插入目录的文档。
2、点击 视图--大纲。
3、在大纲视图下面，选中要设置为一级标题的 标题，选择 1级 ，如图所示。
4、设置完一级标题之后，再逐一设置二级、三级标题等，方法步骤同上，设置完成后，关闭大纲视图。
5、将鼠标定位在插入的位置，点击 引用--插入目录。
6、在出现的目录对话框中选择相应的选项，点击确定按钮，即可插入目录。
7、如若要更新整个目录，在目录处右键单击，选择更新域，
8、在出现的对话框中根据需要选择相应选项后，点击确定按钮。
本科毕业论文一般都是机打的
意思就是手打论文的目录。就像书本前章的目录一样。手打比自动好，原因为：1、手打的不整齐、美观。2、目录手打后，再更改目录标题非常麻烦。
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1.在工具栏上右击，选中“大纲”工具栏2.在第一级标题上选中“一级”，就是你文档中的“一、秘书参谋职能”这一级标题。3.其他标题选中“二级”，就是你文档中的“（一）。。。”这一级标题。4.单击大纲工具栏中的更新。注意选全部更新就行了。如果还不全，就是有的标题你没设级别。后补设一下，再更新一下就可以了。
word换行符是一种换行符号，它的作用是换行显示，但是它不是真正的段落标记，它的换行不是真正意义上的重起一段。
把文章中的各级标题设置为内置样式，如标题1，标题2，…标题9。（选择标题内容—格式—格式和样式，在右侧格式和样式框中选择标题样式）设置好后，进入插入菜单—引用—索引和目录—目录，选择标题级别，确定后可以自动插入目录。
手动制作目录目录的步骤：
你得先在大纲视图中将你的各个级别的文本给提出来啊。确定好各级的文本后，再插入→引用→目录→目录显示级别设置为3就可以了。
1、首先打开文档，选择“目录”选项卡。2、其次注意勾选其中的“页码右对齐”。3、最后目录即可自动生成。
1、首先，打开word，编辑目录名中的页数，然后开始设置页面结束对齐方式。
2、选择所有目录，点击菜单栏段落行距选项。
3、然后单击段落设置框中缩进和间距左下角的制表位。
4、我们可以看到单词的字符长度。我们将字符长度设置为36，然后选择右对齐，然后选择前导字符2。
5、完成上述设置后，单击“确定”查看下图。第一行的页码将自动调整到尾部字符36的位置。
6、请跟随我们继续使用快捷键选项卡完成以下页面。按TAB键在单词和数字之间输入，页面将自动调整到36个字符的位置。所有行尾的页面都对齐。
目录模板的问题，解决方法：
在插入目录对话中，常规－－格式，设置为“正式”，生成目录；然后重新进入插入目录对话框，常规－－格式，设置为“来自模板”，按“修改”，设置各级目录的格式，重新生成目录。
不影响。目录在论文查重时，目录会识别标灰，是不参与查重的，可知手打的目录和生成的目录都是一样的，和查重没关系。
1.在工具栏上右击，选中“大纲”工具栏2.在第一级标题上选中“一级”，就是你文档中的“一、秘书参谋职能”这一级标题。3.其他标题选中“二级”，就是你文档中的“（一）。。。”这一级标题。4.单击大纲工具栏中的更新。注意选全部更新就行了。如果还不全，就是有的标题你没设级别。后补设一下，再更新一下就可以了。