发布时间：
分子层面对生物的研究，在个体水平上主要是看单个基因的变化以及全转录本的变化（RNA-seq）；在对个体的研究的基础上，开始了群体水平的研究。如果说常规的遗传学主要的研究对象是个体或者个体家系的话，那么群体遗传学则是主要研究由不同个体组成的群体的遗传规律。 在测序技术大力发展之前，对群体主要是依靠表型进行研究，如加拉巴哥群岛的13中鸟雀有着不同的喙，达尔文认为这是自然选择造成的后果 。达尔文的进化论对应的观点可以简单概括为“物竞天择，适者生存”，这也是最为大众所接受的一种进化学说。直到1968年，日本遗传学家提出了中性进化理论[2]，也叫中性演化理论。中性理论的提出很大程度上是基于分子生物化学的发展。可以这样理解中性理论：一群人抽奖，在没有内幕的情况下，每个人抽到一等奖的概率是相等的，这个可能性和参与抽奖的人的身高、年龄、爱好等因素都没有关系。中性理论常作为群体遗传研究中的假设理论（CK）来计算其他各种统计指标。 群体遗传学，研究的单位是群体，比如粳稻、籼稻、野生稻，就能够构成不同的群体；我们国内的各省份的水稻也可以作为一个个群体。 群体遗传学大概可以分为群体内的研究和群体间的研究。比如研究云南元阳的水稻的遗传多样性；如果研究是的云南元阳的水稻和东北的水稻，那就可以算成是群体间的研究。群体间和群体内的研究是相互的。 测序价格的急剧下降[3]使得大规模的群体测序得以实现。
常见的变异类型有SNP、IdDel、SV、CNV等。重测序中最关注的是SNP，其次是InDel。其他的几种结构变异的研究不是太多。
有参考基因组的物种的全基因组测序叫做重测序，没有参考基因组的物种的全基因组测序则需要从头组装。随着测序价格的降低，越来越多物种的参考基因组都已经测序组装完成。 plant genomes [4]网站实时显示全基因组测序已经完成的植物，其中2012年以后爆发式增长。在群体遗传学研究中更多的是有参考基因组的物种，尤其是模式物种，植物中常见的是拟南芥、水稻和玉米。
主要的分析流程见下图。现在的测序公司基本上都会帮客户完成整个的分析流程，因为主要耗费的资源是计算资源。我认为在整个分析的流程中最重要的是Linux目录的构建，混乱的目录会导致后续的分析频频出问题，重测序分析会生成很多的中间文件，良好的目录管理会使得项目分析流程井然有序。 该部分涉及到的软件的安装和基础的Linux基础知识就不详细说明了。
正选择似乎可以更好地用自然选择来解释。就是一个基因or位点能够使个体有着更强的生存力或者是育性，这样就会使得这个个体的后代更多，如此一来，这个基因or位点在群体中就越来越多。
正选择能够使有利的突变基因or位点在群体中得到传播，但是与此同时却降低了群体的多态性水平。也就是说原先该位点周围的核苷酸组成是多样性的，在经过正选择之后，这个位点周围核苷酸的多样性就渐渐的趋于同质化了。这就好比一块田，里面本来有水稻和稗草及其他杂草，由于稗草的适应性增强，稗草在逐渐增多，水稻慢慢变少，最后甚至是只剩下了稗草。 我们将这种选择之后多态性降低的情况叫做选择扫荡（Selective Sweep)。检测选择扫荡的软件有SweeD[7]。选择扫荡有可能是人工选择的结果，如2014年 Nature Genetics关于非洲栽培稻的文章就使用了SweeD来检测非洲栽培稻基因组上受人工选择的区域[8]。
负选择和正选择刚好是相反的。简单理解成群体中的某个个体出现了一个致命的突变，从而自己或者是后代从群体中被淘汰。这也导致群体中该位点的多态性的降低。就好比我有10株水稻，其中一株在成长过程中突然不见了，那么对我的这个小的水稻群体来说，这个消失的水稻的独有的位点在群体中就不见了，整体的多态性就降低了。
平衡选择指多个等位基因在一个群体的基因库中以高于遗传漂变预期的频率被保留，如杂合子优势。
平衡选择检测的算法有BetaScan2[10]，这是个Python脚本，输入文件只需要过滤好的SNP数据即可。
计算公式为： 其中 是有效群体大小， 是每个位点的突变速率。 但是群体大小往往是无法精确知道的，需要对其进行估计。
分离位点数 是 的估计值，表示相关基因在多序列比对中表现出多态性的位置。计算公式为： 其中 为分离位点数量，比如SNP数量。 为个体数量的倒数和：
指的是核苷酸多样性，值越大说明核苷酸多样性越高。通常用于衡量群体内的核苷酸多样性，也可以用来推演进化关系[11]。计算公式为： 可以理解成现在群体内两两求 ，再计算群体的均值。计算的软件最常见的是 vcftools ，也有对应的R包 PopGenome 。通常是选定有一定的基因组区域，设定好窗口大小，然后滑动窗口进行计算。 3KRGP文章就计算了水稻不同亚群间4号染色体部分区域上的 值[12]，能够看出控制水稻籽粒落粒性的基因 Sh4 位置多态性在所有的亚群中都降低了。说明这个基因在所有的亚群中都是受到选择的，这可能是人工选择的结果。
Tajima's D是日本学者Tajima Fumio 1989年提出的一种统计检验方法，用于检验DNA序列在演化过程中是否遵循中性演化模型[14]。计算公式为： D值大小有如下三种生物学意义：
叫固定分化指数，用于估计亚群间平均多态性大小与整个种群平均多态性大小的差异，反映的是群体结构的变化。其简单估计的计算公式为： 的取值范围是[0,1]。当 时，表明亚群间有着明显的种群分化。 在中性进化条件下， 的大小主要取决于遗传漂变和迁移等因素的影响。假设种群中的某个等位基因因为对特定的生境的适应度较高而经历适应性选择，那该基因的频率在种群中会升高，种群的分化水平增大，使得种群有着较高的 值。 值可以和GWAS的结果一起进行分析， 超过一定阈值的区域往往和GWAS筛选到的位点是一致的，如2018年棉花重测序的文章[15]：
ROD可以基于野生群体和驯化群体间核苷酸多态性参数 的差异识别选择型号，也可以测量驯化群体和野生型群体相比损失的多态性。计算公式为： 和 一样，ROD也可以和GWAS结合起来：
群体结构分析可以简单理解成采样测序的这些个体可以分成几个小组，以及给每个个体之间的远近关系是怎么样的。群体结构分析三剑客， 分别是 进化树 、 PCA 和 群体结构图 。
进化树就是将个体按照远近关系分别连接起来的图。
常用的绘图软件是 Phylip 和 Snpphylo 。进化树修饰的软件有 MEGA ， ggtree 等，推荐网页版工具 iTOL ，无比强大。 外群定根法：当群体的个体的差异很小时，可以引入其他物种作为根。如在对三叶草建树时可以引入水稻的序列作为根进行建树。
PCA是很常见的降维方法，如微生物研究中常用来检验样品分群情况。PCA计算的软件很多，plink可以直接用vcf文件计算PCA，R语言也可以进行PCA计算。
PCA图在群体重测序中有如下几种作用：
进化树和PCA能够看出来群体是不是分层的，但是无法知道群体分成几个群合适，也无法看出群体间的基因交流，更无法看出个体的混血程度。这时候就需要群体分层图了。
可以将进化树和群体分层图结合进行展示，如下图：
先了解下概念，此处借鉴基迪奥生物网站的解释[22]。 要理解 LD 衰减图，我们就必须先理解连锁不平衡（Linkage disequilibrium，LD）的概念。连锁不平衡是由两个名词构成，连锁 + 不平衡。前者，很容易让我们产生概念混淆；后者，让这个概念变得愈加晦涩。因此从一个类似的概念入手，大家可能更容易理解 LD 的概念，那就是基因的共表达。 基因的共表达，通常指的是两个基因的表达量呈现相关性。比较常见的例子就是：转录组因子和靶基因间的关系。因为转录因子对它的靶基因有正调控作用，所以转录因子的表达量提高会导致靶基因的表达量也上调，两者往往存在正相关关系。这个正相关关系，可以使用相关系数 来度量，这个数值在 - 1~1 之间。总而言之，相关性可以理解为两个元素共同变化，步调一致。 类似的，连锁不平衡（LD）就是度量两个分子标记的基因型变化是否步调一致，存在相关性的指标。如果两个 SNP 标记位置相邻，那么在群体中也会呈现基因型步调一致的情况。比如有两个基因座，分别对应 A/a 和 B/b 两种等位基因。如果两个基因座是相关的，我们将会看到某些基因型往往共同遗传，即某些单倍型的频率会高于期望值。 参照王荣焕等[23]的方法进行LD参数计算：
随着标记间的距离增加，平均的LD程度将降低，呈现出衰减状态，这种情况叫LD衰减。LD衰减分析的作用：
GWAS(genome-wide association study)，全基因组关联分析，常用在医学和农学领域。简单理解成将SNP等遗传标记和表型数据进行关联分析，检测和表型相关的位点，然后再倒回去找到对应的基因，研究其对表型的影响。这些被研究的表型在医学上常常是疾病的表型；在农学上常常是受关注的农艺性状，比如水稻的株高、产量、穗粒数等。GWAS思想首次提出是在心肌梗塞的治疗上[24]，首次应用是在2005年的文章上[25]。
目前使用最广泛的模型是混合线性模型[26]：
所有的参数软件（如Emmax）会自动完成计算。
GWAS结果文件通常只有两个图，一个是曼哈顿图，另外一个是Q-Q图。一般是先看Q-Q图，如果Q-Q正常，曼哈顿图的结果才有意义。
MSMC（multiple sequentially Markovian coalescent）[27]，底层算法很复杂，类似于PSMC。MSMC的主要功能是推断有效群体大小和群体分离历史。
这样看起来更直观：
LAMP(Local Ancestry in Admixed Populations，混杂群体的局部族源推断)，用于推断采用聚类的方法假设同时检测的位点间不存在重组情况，对每组相邻的 SNP 进行检测分析[28]，在运算速度和推断准确度上都有了质的飞跃。
用于推断群体分离和混合[29]。图是这样的：
测序方案关系到后续的分析，不同的样本量对应不同的测序方法和分析方法。
[1]. 自然选择(维基百科) [2]. Kimura, Motoo. "Evolutionary rate at the molecular level." Nature . (1968): 624-626 . [3]. 测序价格变化趋势 [4]. plant genomes [5]. DePristo, Mark A., et al. "A framework for variation discovery and genotyping using next-generation DNA sequencing data." Nature Genetics . (2011): 491. [6]. Biswas, Shameek, and Joshua M. Akey. "Genomic insights into positive selection." ** TRENDS in Genetics . (2006): 437-446. [7]. Pavlidis, Pavlos, et al. "Sweed: likelihood-based detection of selective sweeps in thousands of genomes." Molecular biology and evolution (2013): 2224-2234. [8]. Wang, Muhua, et al. "The genome sequence of African rice (Oryza glaberrima) and evidence for independent domestication." Nature Genetics (2014): 982. [9]. Bamshad, Michael, and Stephen P. Wooding. "Signatures of natural selection in the human genome." Nature Reviews Genetics (2003): 99. [10]. Siewert, Katherine M., and Benjamin F. Voight. "BetaScan2: Standardized statistics to detect balancing selection utilizing substitution data." BioRxiv (2018): 497255. [11]. Yu, N.; Jensen-Seaman MI; Chemnick L; Ryder O; Li WH (March 2004). Genetics . 166 (3): 1375–83. [12]. Wang, Wensheng, et al. "Genomic variation in 3,010 diverse accessions of Asian cultivated rice." Nature (2018): 43. [13]. Li, C., Zhou, A. & Sang, T. Rice domestication by reducing shattering. Science 311, 1936–1939 (2006). [14]. Tajima, Fumio. "Statistical method for testing the neutral mutation hypothesis by DNA polymorphism." Genetics (1989): 585-595. [15]. Du, Xiongming, et al. "Resequencing of 243 diploid cotton accessions based on an updated A genome identifies the genetic basis of key agronomic traits." Nature Genetics (2018): 796. [16]. Lu, Kun, et al. "Whole-genome resequencing reveals Brassica napus origin and genetic loci involved in its improvement." Nature communications . (2019): 1154. [17]. Zhou, Z., Jiang, Y., Wang, Z. et al. Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean. Nat Biotechnol 33, 408–414 (2015). [18]. Liang, Z., Duan, S., Sheng, J. et al. Whole-genome resequencing of 472 Vitis accessions for grapevine diversity and demographic history analyses. Nat Commun 10, 1190 (2019). [19]. Alexander, ., Lange, K. Enhancements to the ADMIXTURE algorithm for individual ancestry estimation. BMC Bioinformatics 12, 246 (2011). [20]. Francis, Roy M. "pophelper: an R package and web app to analyse and visualize population structure." Molecular ecology resources (2017): 27-32. [21]. . [22]. . [23]. WANG Rong-Huan, WANG Tian-Yu, LI Yu. Linkage disequilibrium in plant genomes[J]. HEREDITAS , 2007, 29(11): 1317-1323. [24]. Ozaki, K., Ohnishi, Y., Iida, A. et al. Functional SNPs in the lymphotoxin-α gene that are associated with susceptibility to myocardial infarction. Nat Genet 32, 650–654 (2002). [25]. Klein, Robert J., et al. "Complement factor H polymorphism in age-related macular degeneration." Science (2005): 385-389. [26]. Yu, Jianming, et al. "A unified mixed-model method for association mapping that accounts for multiple levels of relatedness." Nature genetics (2006): 203. [27]. Schiffels, Stephan, and Richard Durbin. "Inferring human population size and separation history from multiple genome sequences." Nature genetics (2014): 919. [28]. Sankararaman, Sriram, et al. "Estimating local ancestry in admixed populations." The American Journal of Human Genetics (2008): 290-303. [29]. Pickrell, Joseph K., and Jonathan K. Pritchard. "Inference of population splits and mixtures from genome-wide allele frequency data." PLoS genetics (2012): e1002967. [30]. Chen, Jia-hui, et al. "Genome-wide analysis of Cushion willow provides insights into alpine plant divergence in a biodiversity hotspot." Nature communications (2019): 1-12. [31]. 孙宽，侯一平。法医族源推断的分子生物学进展 [J]. 法医学杂志 ，2018,34 (03):286-293. [32].
被逼急了吧。但是不管怎么样这样做都是错误的。因为毕竟有法律在，这样的做法是不被允许的，而且毕竟是你的亲人。
2017年，核子基因共成立了10所检验实验室及司法鉴定实验室。2018年后，子公司迅速扩张，到2021年，核酸检测遍布全国31个省份。核子基因获广东省科技厅批准立项，拟建广东省肿瘤早筛与个性化基因检测工程技术研究中心。张核子被认定为“深圳市地方级领军人才”。其在《生物技术世界》、《中国肿瘤临床》、《中国法医学杂志》等医学期刊，发表过数十篇论文。同时，该企业连续获得广东省“守合同重信用”企业；亚太精准医疗十大推荐品牌；亚太十佳基因检测品牌奖；2021年深圳创新企业100强。2020年，张核子迎来下海以来真正的春天。疫情发展使得核酸检测需求暴增。核子基因快速转变业务方向，转型核酸检测，并通过大力发展加盟商，快速在全国抢占地盘。仅仅2020年的半年时间，核子基因就发展了上百名加盟商，核酸检测业务营业额达到亿。代理商也赚得盆满钵满。
是很大仇，只能说杀人犯的想法是正常人不能去猜测的，这个男子做的事情是残忍的，无论如何都不应该杀人，杀人就是大罪。
人会撒谎，但证据不会。
——《法证先锋4》
几乎每个案件都会有通过生物信息学来破解身源之谜的经典桥段，毕竟自1985年英国遗传学家Alec Jeffreys首次报道DNA指纹技术以来，法医DNA检验技术已经在众多刑事、民事案件及一些重大事件中发挥重要的作用，是一门让无声物证“开口说话”的艺术。
现如今，在法医工作中，基因组学、表观组学、转录组学和其他相关分析方法共同致力于解决“基因组”、“信息结构”和“复杂性”三个关键科学问题。
01 基因组学
开发可供法医学应用的多态性位点一直都是法医遗传学研究的热点和基础问题。目前法医学常用位点主要是位于不同染色体上的DNA遗传标记，比较常见的有短串联重复序列（Short tandem repeats，STRs）和单核苷酸多态性（Single-nucleotide polymorphisms，SNPs）等。
STR基于个体特异性高、多态信息含量高、共显性遗传等特点，一直被广泛应用于法庭科学中的个体识别与亲权鉴定中，是法医学中最常见的遗传标记；而SNP大都是二等位基因，易于分型，适合PCR扩增以及用来分析降解DNA和混合样本，但单个SNP的信息含量其实很少，需要大量的SNP位点信息堆叠才具有参考和区分价值。
02 表观组学
表观遗传学是指DNA序列没有发生变化，而基因表达发生变化，表观遗传中研究最多的是DNA甲基化。DNA甲基化在法医学亲缘关系鉴定、年龄推断、同卵双生子的鉴别以及组织来源鉴定中发挥着重要的作用，DNA甲基化数据库工作也在稳步推进中，目前比较常见的DNA甲基化数据库主要有：NCBI Epigenomics、MethDB、MethBank等。
03 转录组学
RNA是DNA的转录产物，与遗传信息的表达和调控有关。在法医学研究中，主要是通过芯片和高通量测序技术对mRNA和miRNA的差异表达来进行体液斑和种属特异性鉴定以及死亡时间推断等方面的研究。
04 其他相关分析方法
随着生物信息学研究的深入，越来越多的研究发现微生物以及动植物等非人源物证在法医学的研究中显得日益重要，与之相关的生物信息分析方法也不断得到发展，通过对尸体周围的微生物的群体特征，群体水平的新陈代谢重组情况以及土壤的生化水平等进行分析，发现微生物在死亡时间以及死亡地点的判定中发挥着重要的作用。
让无声物证“开口说话”的艺术仍在书写，实验室里的每一件物证，每一瓶试剂，每一个样本，每一份报告，都在诉说着法医事业的发展历程，他们没有影视剧里神秘的面纱，却依然脚踏实地而铿锵有力地执行着“人会撒谎，但证据不会”的使命。
参考文献
1. 赵晶, 唐晖, 严江伟. 生物信息学在法医学中的应用与展望[J]. 中国法医学杂志，2018，033(001):43-46.
分子层面对生物的研究，在个体水平上主要是看单个基因的变化以及全转录本的变化（RNA-seq）；在对个体的研究的基础上，开始了群体水平的研究。如果说常规的遗传学主要的研究对象是个体或者个体家系的话，那么群体遗传学则是主要研究由不同个体组成的群体的遗传规律。 在测序技术大力发展之前，对群体主要是依靠表型进行研究，如加拉巴哥群岛的13中鸟雀有着不同的喙，达尔文认为这是自然选择造成的后果 。达尔文的进化论对应的观点可以简单概括为“物竞天择，适者生存”，这也是最为大众所接受的一种进化学说。直到1968年，日本遗传学家提出了中性进化理论[2]，也叫中性演化理论。中性理论的提出很大程度上是基于分子生物化学的发展。可以这样理解中性理论：一群人抽奖，在没有内幕的情况下，每个人抽到一等奖的概率是相等的，这个可能性和参与抽奖的人的身高、年龄、爱好等因素都没有关系。中性理论常作为群体遗传研究中的假设理论（CK）来计算其他各种统计指标。 群体遗传学，研究的单位是群体，比如粳稻、籼稻、野生稻，就能够构成不同的群体；我们国内的各省份的水稻也可以作为一个个群体。 群体遗传学大概可以分为群体内的研究和群体间的研究。比如研究云南元阳的水稻的遗传多样性；如果研究是的云南元阳的水稻和东北的水稻，那就可以算成是群体间的研究。群体间和群体内的研究是相互的。 测序价格的急剧下降[3]使得大规模的群体测序得以实现。
常见的变异类型有SNP、IdDel、SV、CNV等。重测序中最关注的是SNP，其次是InDel。其他的几种结构变异的研究不是太多。
有参考基因组的物种的全基因组测序叫做重测序，没有参考基因组的物种的全基因组测序则需要从头组装。随着测序价格的降低，越来越多物种的参考基因组都已经测序组装完成。 plant genomes [4]网站实时显示全基因组测序已经完成的植物，其中2012年以后爆发式增长。在群体遗传学研究中更多的是有参考基因组的物种，尤其是模式物种，植物中常见的是拟南芥、水稻和玉米。
主要的分析流程见下图。现在的测序公司基本上都会帮客户完成整个的分析流程，因为主要耗费的资源是计算资源。我认为在整个分析的流程中最重要的是Linux目录的构建，混乱的目录会导致后续的分析频频出问题，重测序分析会生成很多的中间文件，良好的目录管理会使得项目分析流程井然有序。 该部分涉及到的软件的安装和基础的Linux基础知识就不详细说明了。
正选择似乎可以更好地用自然选择来解释。就是一个基因or位点能够使个体有着更强的生存力或者是育性，这样就会使得这个个体的后代更多，如此一来，这个基因or位点在群体中就越来越多。
正选择能够使有利的突变基因or位点在群体中得到传播，但是与此同时却降低了群体的多态性水平。也就是说原先该位点周围的核苷酸组成是多样性的，在经过正选择之后，这个位点周围核苷酸的多样性就渐渐的趋于同质化了。这就好比一块田，里面本来有水稻和稗草及其他杂草，由于稗草的适应性增强，稗草在逐渐增多，水稻慢慢变少，最后甚至是只剩下了稗草。 我们将这种选择之后多态性降低的情况叫做选择扫荡（Selective Sweep)。检测选择扫荡的软件有SweeD[7]。选择扫荡有可能是人工选择的结果，如2014年 Nature Genetics关于非洲栽培稻的文章就使用了SweeD来检测非洲栽培稻基因组上受人工选择的区域[8]。
负选择和正选择刚好是相反的。简单理解成群体中的某个个体出现了一个致命的突变，从而自己或者是后代从群体中被淘汰。这也导致群体中该位点的多态性的降低。就好比我有10株水稻，其中一株在成长过程中突然不见了，那么对我的这个小的水稻群体来说，这个消失的水稻的独有的位点在群体中就不见了，整体的多态性就降低了。
平衡选择指多个等位基因在一个群体的基因库中以高于遗传漂变预期的频率被保留，如杂合子优势。
平衡选择检测的算法有BetaScan2[10]，这是个Python脚本，输入文件只需要过滤好的SNP数据即可。
计算公式为： 其中 是有效群体大小， 是每个位点的突变速率。 但是群体大小往往是无法精确知道的，需要对其进行估计。
分离位点数 是 的估计值，表示相关基因在多序列比对中表现出多态性的位置。计算公式为： 其中 为分离位点数量，比如SNP数量。 为个体数量的倒数和：
指的是核苷酸多样性，值越大说明核苷酸多样性越高。通常用于衡量群体内的核苷酸多样性，也可以用来推演进化关系[11]。计算公式为： 可以理解成现在群体内两两求 ，再计算群体的均值。计算的软件最常见的是 vcftools ，也有对应的R包 PopGenome 。通常是选定有一定的基因组区域，设定好窗口大小，然后滑动窗口进行计算。 3KRGP文章就计算了水稻不同亚群间4号染色体部分区域上的 值[12]，能够看出控制水稻籽粒落粒性的基因 Sh4 位置多态性在所有的亚群中都降低了。说明这个基因在所有的亚群中都是受到选择的，这可能是人工选择的结果。
Tajima's D是日本学者Tajima Fumio 1989年提出的一种统计检验方法，用于检验DNA序列在演化过程中是否遵循中性演化模型[14]。计算公式为： D值大小有如下三种生物学意义：
叫固定分化指数，用于估计亚群间平均多态性大小与整个种群平均多态性大小的差异，反映的是群体结构的变化。其简单估计的计算公式为： 的取值范围是[0,1]。当 时，表明亚群间有着明显的种群分化。 在中性进化条件下， 的大小主要取决于遗传漂变和迁移等因素的影响。假设种群中的某个等位基因因为对特定的生境的适应度较高而经历适应性选择，那该基因的频率在种群中会升高，种群的分化水平增大，使得种群有着较高的 值。 值可以和GWAS的结果一起进行分析， 超过一定阈值的区域往往和GWAS筛选到的位点是一致的，如2018年棉花重测序的文章[15]：
ROD可以基于野生群体和驯化群体间核苷酸多态性参数 的差异识别选择型号，也可以测量驯化群体和野生型群体相比损失的多态性。计算公式为： 和 一样，ROD也可以和GWAS结合起来：
群体结构分析可以简单理解成采样测序的这些个体可以分成几个小组，以及给每个个体之间的远近关系是怎么样的。群体结构分析三剑客， 分别是 进化树 、 PCA 和 群体结构图 。
进化树就是将个体按照远近关系分别连接起来的图。
常用的绘图软件是 Phylip 和 Snpphylo 。进化树修饰的软件有 MEGA ， ggtree 等，推荐网页版工具 iTOL ，无比强大。 外群定根法：当群体的个体的差异很小时，可以引入其他物种作为根。如在对三叶草建树时可以引入水稻的序列作为根进行建树。
PCA是很常见的降维方法，如微生物研究中常用来检验样品分群情况。PCA计算的软件很多，plink可以直接用vcf文件计算PCA，R语言也可以进行PCA计算。
PCA图在群体重测序中有如下几种作用：
进化树和PCA能够看出来群体是不是分层的，但是无法知道群体分成几个群合适，也无法看出群体间的基因交流，更无法看出个体的混血程度。这时候就需要群体分层图了。
可以将进化树和群体分层图结合进行展示，如下图：
先了解下概念，此处借鉴基迪奥生物网站的解释[22]。 要理解 LD 衰减图，我们就必须先理解连锁不平衡（Linkage disequilibrium，LD）的概念。连锁不平衡是由两个名词构成，连锁 + 不平衡。前者，很容易让我们产生概念混淆；后者，让这个概念变得愈加晦涩。因此从一个类似的概念入手，大家可能更容易理解 LD 的概念，那就是基因的共表达。 基因的共表达，通常指的是两个基因的表达量呈现相关性。比较常见的例子就是：转录组因子和靶基因间的关系。因为转录因子对它的靶基因有正调控作用，所以转录因子的表达量提高会导致靶基因的表达量也上调，两者往往存在正相关关系。这个正相关关系，可以使用相关系数 来度量，这个数值在 - 1~1 之间。总而言之，相关性可以理解为两个元素共同变化，步调一致。 类似的，连锁不平衡（LD）就是度量两个分子标记的基因型变化是否步调一致，存在相关性的指标。如果两个 SNP 标记位置相邻，那么在群体中也会呈现基因型步调一致的情况。比如有两个基因座，分别对应 A/a 和 B/b 两种等位基因。如果两个基因座是相关的，我们将会看到某些基因型往往共同遗传，即某些单倍型的频率会高于期望值。 参照王荣焕等[23]的方法进行LD参数计算：
随着标记间的距离增加，平均的LD程度将降低，呈现出衰减状态，这种情况叫LD衰减。LD衰减分析的作用：
GWAS(genome-wide association study)，全基因组关联分析，常用在医学和农学领域。简单理解成将SNP等遗传标记和表型数据进行关联分析，检测和表型相关的位点，然后再倒回去找到对应的基因，研究其对表型的影响。这些被研究的表型在医学上常常是疾病的表型；在农学上常常是受关注的农艺性状，比如水稻的株高、产量、穗粒数等。GWAS思想首次提出是在心肌梗塞的治疗上[24]，首次应用是在2005年的文章上[25]。
目前使用最广泛的模型是混合线性模型[26]：
所有的参数软件（如Emmax）会自动完成计算。
GWAS结果文件通常只有两个图，一个是曼哈顿图，另外一个是Q-Q图。一般是先看Q-Q图，如果Q-Q正常，曼哈顿图的结果才有意义。
MSMC（multiple sequentially Markovian coalescent）[27]，底层算法很复杂，类似于PSMC。MSMC的主要功能是推断有效群体大小和群体分离历史。
这样看起来更直观：
LAMP(Local Ancestry in Admixed Populations，混杂群体的局部族源推断)，用于推断采用聚类的方法假设同时检测的位点间不存在重组情况，对每组相邻的 SNP 进行检测分析[28]，在运算速度和推断准确度上都有了质的飞跃。
用于推断群体分离和混合[29]。图是这样的：
测序方案关系到后续的分析，不同的样本量对应不同的测序方法和分析方法。
[1]. 自然选择(维基百科) [2]. Kimura, Motoo. "Evolutionary rate at the molecular level." Nature . (1968): 624-626 . [3]. 测序价格变化趋势 [4]. plant genomes [5]. DePristo, Mark A., et al. "A framework for variation discovery and genotyping using next-generation DNA sequencing data." Nature Genetics . (2011): 491. [6]. Biswas, Shameek, and Joshua M. Akey. "Genomic insights into positive selection." ** TRENDS in Genetics . (2006): 437-446. [7]. Pavlidis, Pavlos, et al. "Sweed: likelihood-based detection of selective sweeps in thousands of genomes." Molecular biology and evolution (2013): 2224-2234. [8]. Wang, Muhua, et al. "The genome sequence of African rice (Oryza glaberrima) and evidence for independent domestication." Nature Genetics (2014): 982. [9]. Bamshad, Michael, and Stephen P. Wooding. "Signatures of natural selection in the human genome." Nature Reviews Genetics (2003): 99. [10]. Siewert, Katherine M., and Benjamin F. Voight. "BetaScan2: Standardized statistics to detect balancing selection utilizing substitution data." BioRxiv (2018): 497255. [11]. Yu, N.; Jensen-Seaman MI; Chemnick L; Ryder O; Li WH (March 2004). Genetics . 166 (3): 1375–83. [12]. Wang, Wensheng, et al. "Genomic variation in 3,010 diverse accessions of Asian cultivated rice." Nature (2018): 43. [13]. Li, C., Zhou, A. & Sang, T. Rice domestication by reducing shattering. Science 311, 1936–1939 (2006). [14]. Tajima, Fumio. "Statistical method for testing the neutral mutation hypothesis by DNA polymorphism." Genetics (1989): 585-595. [15]. Du, Xiongming, et al. "Resequencing of 243 diploid cotton accessions based on an updated A genome identifies the genetic basis of key agronomic traits." Nature Genetics (2018): 796. [16]. Lu, Kun, et al. "Whole-genome resequencing reveals Brassica napus origin and genetic loci involved in its improvement." Nature communications . (2019): 1154. [17]. Zhou, Z., Jiang, Y., Wang, Z. et al. Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean. Nat Biotechnol 33, 408–414 (2015). [18]. Liang, Z., Duan, S., Sheng, J. et al. Whole-genome resequencing of 472 Vitis accessions for grapevine diversity and demographic history analyses. Nat Commun 10, 1190 (2019). [19]. Alexander, ., Lange, K. Enhancements to the ADMIXTURE algorithm for individual ancestry estimation. BMC Bioinformatics 12, 246 (2011). [20]. Francis, Roy M. "pophelper: an R package and web app to analyse and visualize population structure." Molecular ecology resources (2017): 27-32. [21]. . [22]. . [23]. WANG Rong-Huan, WANG Tian-Yu, LI Yu. Linkage disequilibrium in plant genomes[J]. HEREDITAS , 2007, 29(11): 1317-1323. [24]. Ozaki, K., Ohnishi, Y., Iida, A. et al. Functional SNPs in the lymphotoxin-α gene that are associated with susceptibility to myocardial infarction. Nat Genet 32, 650–654 (2002). [25]. Klein, Robert J., et al. "Complement factor H polymorphism in age-related macular degeneration." Science (2005): 385-389. [26]. Yu, Jianming, et al. "A unified mixed-model method for association mapping that accounts for multiple levels of relatedness." Nature genetics (2006): 203. [27]. Schiffels, Stephan, and Richard Durbin. "Inferring human population size and separation history from multiple genome sequences." Nature genetics (2014): 919. [28]. Sankararaman, Sriram, et al. "Estimating local ancestry in admixed populations." The American Journal of Human Genetics (2008): 290-303. [29]. Pickrell, Joseph K., and Jonathan K. Pritchard. "Inference of population splits and mixtures from genome-wide allele frequency data." PLoS genetics (2012): e1002967. [30]. Chen, Jia-hui, et al. "Genome-wide analysis of Cushion willow provides insights into alpine plant divergence in a biodiversity hotspot." Nature communications (2019): 1-12. [31]. 孙宽，侯一平。法医族源推断的分子生物学进展 [J]. 法医学杂志 ，2018,34 (03):286-293. [32].
基础类大学一般规模比较小，着重强调本科课程教育，只提供很少的研究生学位，但是每所学校也有自己非常擅长并具有特色的专业可供选择。例如英属哥伦比亚大学则被誉为西海岸的明珠，有着无比漂亮的校园;安大略理工大学(UOIT)是加拿大最现代的公立大学，设施设备完全现代化。各所大学都有自己的发展特色，有着朝气蓬勃的校园文化。英属哥伦比亚大学UBC包含温哥华校区(总校区)和奥肯纳根校区，与麦吉尔大学、多伦多大学并称加拿大大学“三强”，并在经历了百余年的长足发展后，逐渐成为蜚声全球的综合研究型大学，在加拿大国内的排名中始终保持前三名之列，其学术实力多年保持在世界前35，是全球优秀的20所公立大学之一。UBC被誉为西海岸的明珠，每年都吸引许多世界一流学子前来就读，尤以科学研究见长，是世界一流的研究型大学。除了多样化的学生、全球性的远瞻眼光及杰出的研究成果外，UBC的温哥华校园还被誉为全北美最漂亮的校园。安大略理工大学安大略理工大学(UOIT)是加拿大最现代的公立大学，设施设备完全现代化。于2002年成立，主校区与杜伦学院(Durham College)共享校区。教育学院位于奥沙瓦市中心校区。该校与通用，斯巴鲁等长期合作，故优势专业以工程类为主。该校有超过8000在读学生，国际学生主要以中东，印度及中国为主。校园硬件设施先进，教师团队有着来自不同国家不同文化的教授，讲师。学习氛围浓重。特伦特大学加拿大特伦特大学(Trent University)正式建校于1964年，并于1968年被吸收为加拿大大学及学院协会的一员。特伦特大学拥有约8500名全日制学生，拥有高质量的工商管理学，经济学，数学，环境学，生物学，人类学，自然科学、社会科学、国际发展研究、计算机科学等课程，其中以法医学，法律学，心理学，环境生态学最为热门。在著名的麦克林杂志大学排行榜上，特伦特大学2018年位于加拿大本科学士类大学第3名及安大略省第1名，位于世界大学排名中心(CWUR) 世界前。阿卡迪亚大学阿卡迪亚大学成立于1838年，是加拿大历史最长的大学之一，本科教育连续七年在加拿大排名第一，综合排名总在前10名。在阿卡迪亚大学所获得的学位是被加拿大、美国等很多西方国家认可的。该校被加拿大的各种媒体如国家电台、杂志等评为加拿大最好和高质量的大学之一。 阿卡迪亚大学位于加拿大东海岸新斯科舍省沃尔夫威尔市，人口万。距离省会哈利法克斯仅100公里。圣弗朗西斯泽维尔大学圣弗朗西斯泽维尔大学 是加拿大的一所领先的公立大学，创建于1853 年，有着长久的优异学术、回馈社会和教学创新的传统。圣弗朗西斯泽维尔大学 致力提供给学生卓越的完善知识、丰富人格的高等教育。圣玛丽大学圣玛丽大学创建于1802，是加拿大第一所罗马天主教大学，坐落于加拿大哈利法克斯市南端，其商科和化学专业最为出名。圣玛丽大学至今已经有200多年的历史，是加拿大第二古老的大学，大学设有文学院、理学院、商学院、研究生院、工学部、继续教育中心、英语培训中心、职业培训中心等院系和中心。在校学生有近一万人。蒙特爱立森大学蒙特爱立森大学(Mount Allison University)始建于1839年，是一所已有180年历史的老牌公立大学/文理学院。它位于加拿大东部大西洋沿岸新布伦斯威克省的小城市——塞克威尔镇，在过去的28年里连续20次在加拿大权威杂志《麦克林》排名中次蝉联大学本科类排名第一位。
从2007年起，凡公开发表的论文必须在由国家新闻出版署审批并编入“国内统一刊号”的合法期刊上，详情请登陆国家新闻出版总署网站：在“新闻机构查询”窗口输入期刊名（如：人民教育）再在“媒体类别”选“期刊”，如有就合法，否则疑为非法(刊名去掉书名号)。或在中选“出版单位名录”下查找。相关官方行政主管网具有权威及合法性，其他民间机构网站及非职能网站收录期刊均不具备法律效应！ 打字不易望采纳
当代医学杂志－旬刊，医学信息杂志－旬刊，医学与社会杂志－双月刊，中国实用医药杂志－旬刊，中国现代药物应用杂志－旬刊，中国医药指南杂志－旬刊。
评职不认可的医学类期刊分为几类：
一、增刊：增刊是正常期刊以外增加发行的一期刊物，意思就是拓展版，如果文章质量达不到C刊的要求，但是只发普刊不太妥当，就会使用增刊的。在增刊上发表的论文不管是评职，还是业绩考核等几乎都是不会得到认可的。
二、非法期刊：只要不是国家新闻出版总署备案的期刊，或是没有cn刊号和issn刊号的，而且无法在中国记者网上查询到的，皆都可以说是非法期刊。非法期刊在国内外都是不受认可的，所以其发表的各种论文也是不被认可的。
三、论文集：从字面上来解释就是把各种主题类似的论文做一个集合。比如法律论文集里的论文都是与法律相关的。论文集就可以作为一本书来正式出版，这样可以用以区别学术期刊。
四、行业内存在负责的期刊比如：《当代医学》、《基层医学论坛》、《山西医药杂志》、《实用医技杂志》等。
希望我的回答能帮到你。
现将国家新闻出版署近年来公布的非法出版物名单公布如下。根据上级文件精神与学院有关规定，凡在非法出版物上刊发的文章一概无效，不视为个人科研成果，在职称评审过程中不予承认。详情可直接登录中国扫黄打非网（）查询。 第一批（共计30种）：经国家新闻出版总署审核确认，2004年7月第一批被取缔的利用境外注册刊号在境内非法出版的30种期刊为非法刊物：1、《WTO与中国》ISSN1684-2170CN62-4342/H 2、《中华医学论坛》ISSN1684-8977CN42-0125/R 3、《中国教育论坛》ISSN1684-9566CN42-0138/H 4、《中华之窗》ISSN1606-9056 5、《新印刷》ISSN1727-8899 6、《纸张行情》ISSN1682-4075 7、《中国教育与经济论坛》ISSN1728-2462CN43-8816/R 8、《中国经济论坛》ISSN1682-119XZS 9、《中国经济评论》ISSN1726-9598 10、《中外新闻》ISSN1607-4025 11、《中国社会新闻》ISSN1684-0305 12、《中国社会新闻》ISSN1727-5962 13、《西部太阳能》ISSN1682-119X 14、《中国乳品》ISSN1810-1291 15、《中国肉食工业》ISSN1810-0465 16、《中国烟草企业文化》ISSN1688-518X 17、《中外饭店》ISSN1683-0261 18、《国际电子商讯》ISSN1683-5468 19、《美丽人生》ISSN1703-5724 20、《现代华人》国际标准丛刊编号21、《外经导报》ISSN1683-4453 22、《中国城市发展》ISSN1727-804XO 23、《中外烟酒茶》ISSN 1683-4674 24、《美国中华护理》ISSN1543-1479 25、《防雷世界》ISSN1727-5415 26、《防雷》ISSN1684-484X 27、《陶瓷》ISSN1726-2838 28、《中国关注》ISSN1009-5071CN11-4461/I 29、《中国关注》ISSN1727-7221 30、《卫星通信广播电视》ISSN1563-2431 第二批：（共计60种）新闻出版总署、全国“扫黄”办2004年11月18日再次公布60种非法报刊为非法出版物，并宣布依法取缔，名单如下：1、《人民权益报》（ISSN1728－7383）；2、《中国法制报》（ISSN1810－1720）；3、《中国模具报》（ISSN1683－0717）；4、《中华教育杂志》（ISSN1684－0445）；5、《中国当代教育杂志》（ISSN1682－7317，CN（HK）NR4069－194／01）；6、《中华教育教学实践与研究杂志》（ISSN1728－7502，CN16－1690／NR）；7、《中国教育理论杂志》（ISSN1683－3767，CN（HK）NR4137－53／02）；8、《中国教育教学研究杂志》（ISSN1726－3018，CN18－4258／H）；9、《中国教育》（ISSN1681－1615，CN·NR37－02）；10、《中国现代教育杂志》（ISSN1682－2706，CN35－3917HK／G）；11、《中国素质教育理论与实践》（ISSN1728－3531，CN03－3569／G·HK）；12、《中国教育改革与研究》（ISSN1727－5121，CN（H）39－7869／G）；13、《教学纵横》（ISSN1683－514X，CN（HK）NR4159／87／02）；14、《当代教育》（ISSN1607－2065，CN（HK）NR4064／190／01）；15、《中华教育教学实践》（ISSN1726－6416，CN03－4383／HK）；16、《当代素质教育》（ISSN1726－765X，CN03－3313／G·HK）；17、《中国教育研究》（ISSN1727－0405，CN39－7848／／G4）；18、《中国新教育》（ISSN1727／7167，NR4332／56／03）；19、《中国高等教育研究杂志》（ISSN1729－5726，CN13－9232／G4）；20、《中国新世纪教育》（ISSN1684－8606，CN39－7618／G）；21、《中国教育探索》（ISSN1009－5071，CN11－4461／I）；22、《中华现代医药》（ISSN1681－5572，CN98－0072／HK）；23、《中华医学教育与实践》（ISSN1726－1899，CN（HK）39－7818／R）；24、《中华医学教学与临床》（ISSN1608－6716，CN19－2216／HK）；25、《中华现代全科医学杂志》（ISSN1680－6344，CN29－3227／R）；26、《中华现代临床医药杂志》（ISSN1606－4666，CN01－4097／R）；27、《中华医药研究与创新》（ISSN1680－9343，CN31－3927／R）；28、《中国医药保健》（ISSN1810－363X）；29、《中国医药》（ISSN1608－3776）；30、《世界医学论坛》（ISSN1726－295X）；31、《建筑电气资讯》（ISSN1606－9668）；32、《中国电气》（ISSN1811－4709）；33、《电气设计与设备》（ISSN1727－8171）；34、《电气世界》（ISSN1684－9191）；35、《照明》（ISSN1729－3979）；36、《电气＆智能建筑》（ISSN1609－0403）；37、《中国石油了望》（ISSN1727－9011）；38、《触动》（ISSN1810－1216，CN03－0127／H）；39、《环球消防》（ISSN1726－8869）；40、《中华财富》（ISSN1727－7418）；41、《当代市长》（ISSN1681－6609）；42、《中国城市》（ISSN1726－1759）；43、《中外妇女》（ISSN1608－7836）；44、《中外慈善世界》（ISSN1608－7828）；45、《中国农业产业化》（ISSN1683－3791）；46、《法制新闻》（ISSN1727－0960）；47、《百姓与法制》（ISSN1728－8703）；48、《中国法治新闻》（ISSN1727－5989）；49、《诚信山西》（ISSN1682－119XZs）；50、《PIONEERCHINA创业中国》（ISSN1729－1283）；51、《中国创新报道》（ISSN1684－3878）；52、《南方观察》（ISSN1728－2497，CN33－66065／9）；53、《深度新闻》（ISSN1006－0400，CN99（Q）004）；54、《中国经贸》（ISSN1606－8548）；55、《健康指南》（CN45－0056）；56、《新旅行TRAVELER》（ISSN1671－6930，CN46－1067／GO）；57、《新旅行VOYAGE》（ISSN1009－6450，CN42－1620／J）；58、《新地产OFFICE》（ISSN1009－251X，CN23－1447／G2）；59、《新地产HOUSING》（ISSN1672－5719，CN11－5052／Z）；60、《中国社会报“警视专刊”》（CN11－0021）。第三批（共计60种）：新闻出版总署于2005年4月8日公布了依法取缔的60种非法期刊名单：1、《中外法制》ISSN1726-4464 2、《旧闻新读》ISSN1003-9619 CN 42-1013/I 3、《西部魂》ISSN762-8700-46-4 4、《金卡工程》ISSN156—1285 CN5、《GBF 中国经贸聚焦》 6、《中国视点》ISSN1811-3826 7、《中国经济》ISSN1811-2927 8、《中国区域经济》ISSN1729-4762 NR207/03 9、《中华企业》ISSN962-437-78-8 10、《名流企业》ISSN1726-703x CN-3966/F 11、《世界英才》ISSN1685-4314 12、《小康中国》ISSN1728-0214 13、《深度传播》 ISSN1006-0400 CN99(Q)004 14、《金融与科技》ISSN1562-5605 NR38-588-98/F3433 15、《现代教学与管理》ISSN1683-9021 CN3559/111/02NR 16、《中国教育经济与管理》ISSN1812-5190 CN98-0825/04 17、《世界医疗器械》ISSN1024-6924 18、《中华新医学》ISSN1561-5472 CN98-0121/R 19、中华卫生监督与健康》ISSN1727-3153 CN39-7858HK/R 20、《中华临床与卫生》ISSN1540-7632 CN62-6193/R 21、《中华名医》ISSN1685-0734 22、《中华中西医药研究与临床杂志》ISSN1684-8756 CN(HK)39-1217/R 23、《中华中西医结合杂志》ISSN1606-8564 CN18-2243/HK 24、《中华医药》ISSN1680-676X CN40-9612/R 25、《中华新医药》ISSN1726-328X NR28/588/99 26、《中华中西医杂志》ISSN1606-8106 CN·H98-0606/R 27、《中国医药招商》28、《中国医疗》ISSN1680-2926 29、《医药市场》 30、《医药商桥》 31、《促销医药》ISSN1810-1739 32、《中国医药商情》ISSN1607-8748 33、《中国殡葬》ISSN1810-2921 34、《中国发电》35、《国际LED 技术》ISSN1609-459X 36、《国际光电显示技术》ISSN1609-459X 37、《国际线缆连接技术》ISSN1609-459X 38、《国际线缆设备》ISSN1609-459X 39、《中国通信》ISSN1027-8125 40、《中国电力采购指南》ISSN1682-3397 41、《中国电讯》ISSN1684-0593 42、《国际电源商情》ISSN1684-1972 43、《电气智能建筑》ISSN1609-0403 44、《国际电气资讯》ISSN1819-3499 45、《今日电气》ISSN1727-7728 46、《中国电器博览》 47、《中国电源博览》ISSN1608-9786 48、《中国电力电气》 49、《新当代电气世界》ISSN1007-0885 CN13-1205/F 50、《国际智能交通》ISSN1726-1953 H·K ISSN NO51《中国智能交通》ISSN1727-3544TELA NR 4371/ 80/03 52、《中国工程机械》ISSN1608-2613 53、《上海楼市》 54、《中国建设工程新闻》ISSN1683-6642 55、《CG 杂志》ISSN1684-4793 CN11-3758/TB 56、《中国食品制造工业》ISSN1726-2690 57、《维权》ISSN1811-0452 58、《中外酒店》ISSN1562-5591 NR39-588-98/F3434 59、《商用汽车周刊》CN11017-75/TV CN11-5240/F CN51-0042 CN42-0018 60、《CTVS 商情博览》ISSN1672-5985 CN11-5062R( 盗用 ) 第四批（共计43种）： 经国家新闻出版总署审核确认，以下43种杂志也为非法刊物1、《文史哲研究》 ISSN1606-6693 2、《中国新世纪教育》 ISSN1684-8063 3、《中国医学理论与实践》 ISSN1606-5115 CN(HK)NR57/00 4、《中国教育论坛》 ISSN1684-9566 CN43-7772/R 5、《外语教育与翻译》 ISSN1684-2871 CN(HK)4181-106-02 6、《中华教育教学杂志》 ISSN1726-6416 CN03-4383/G 7、《跨文化交流》 ISSN1681-7346 8、《中国教育》 ISSN1681-1615 9、《外语教育与翻译》 ISSN1684-2871 CN(HK)4181-106-02 10、《教育教学研究》 ISSN1002-9605 CN11-1038/F 11、《中国教育改革》 ISSN1727-7159 NR4331/51/03 12、《现代教育研究》 ISSN1681-3901 13、《语言文化教育研究》 ISSN1605-5047 14、《中国现代教育论坛》 CN39-7859HK/G 15、《中国教育教学研究杂志》 ISSN1682-783X CN35-1239/HK 16、《教育教学研究》 ISSN1002-9605 CN11-1038/F 17、《中华医学创新论坛杂志》 ISSN1608-2311 CN19-4721/HK 18、《今日教育》 ISSN1728-3639 CN(HK)NR4263/186/02; 19、《中华医学理论与实践杂志》 ISSN1680-1296 CN54-6180M/R 20、《中国当代教育杂志》 ISSN1682-7317 CN(HK)NR4069/194/01 21、《中国教育改革》 ISSN1727-7159 NR4331/51/03 22、《教育新发现》 ISSN1729-8474 CN(HK)NR184/02 23、《中国教育教学杂志》 ISSN1728-0222 CN13-4412/H 24、《教育纵横》 ISSN1729-6854 CN(HK)NR4540/264/03 25、《中华教育学刊》 ISSN1728-2500 26、《中国高等教育研究杂志》 ISSN1729-5726 CN13-9232/G4 27、《中国教育教学杂志》 ISSN1683-3155 CN54-9887/HK 28、《中国教育改革》 ISSN1727-7159 NR4331/51/03 29、《中国高等教育研究杂志》 ISSN1729-5726 CN13-9232/g4 30、《中国教育理论杂志》 ISSN1683-3767 CN(HK)NR4137/53/02 31、《教育科技探索与实践》 ISSN1729-0759 CN(HK)NR4352/46/03 32、《中国素质教育理论与实践》 ISSN1728-3531 CN03-3569/ 33、《教育管理与科研》 ISSN1682-783x 34、《航空教育》 CN11-2548/g4 35、《现代教学与管理》 ISSN1683-9021 CN3559/111/02NR 36、《教育教学研究》 ISSN1002-9605 CN11-1038/f 37、《中国现代教育与教学研究》 ISSN1810-1089 CN(HK)0429NR 38、《教育教学研究》 ISSN1002-9605 CN11-1038/f 39、《教育新导向》 CN23-1340/gd ISSN1005-0493 40、《中国现代教育学报》 ISSN1728-581x 41、《教育经济与管理》 ISSN1810-3782 42、《中国当代教育研究》 ISSN1729-6528 CN03-1202/g 43、《文教研究》 ISSN1682-3249
The American Journal of Medicine《美国医学杂志》美国ISSN:0002-9343，1910年创刊，全年18期，Elsevier Science出版社，SCI收录期刊，SCI 2005年影响因子。刊载临床研究原始论文和初见病例报告、评论。兼及临床病理学高级学术会议探讨医学、科学与社会问题的文章和编辑部短评。American Journal of Preventive Medicine《美国预防医学杂志》美国ISSN:0749-3797，1984年创刊，全年8期，Elsevier Science出版社，SCI收录期刊，SCI 2005年影响因子。刊载预防医学基础和应用研究论文。涉及的学科包括流行病学、遗传学、营养学、毒理学和社会科学；应用的领域包括卫生管理、传染病防治、职业医学、环境卫生、航空航天医学、老年病、母婴保健、计划生育等。The American Journal of Surgery《美国外科学杂志》美国ISSN:0002-9610，1890年创刊，全年12期，Elsevier Science出版社，SCI收录期刊，SCI 2005年影响因子。历史悠久的著名外科权威专业性学术期刊，由美国六家主要外科医学会合办，专载普通外科临床与实验研究论文，介绍手术技术、外科手术、步骤、设备和器械。主要栏目有论著、方法探讨、外科教育、简短报告、评论等Archives of Gerontology and Geriatrics《老年医学与老年病学集刊》爱尔兰ISSN:0167-4943，1982年创刊，全年6期，Elsevier Science出版社，SCI收录期刊，SCI 2005年影响因子。刊载实验老年医学和临床老年病学以及老年社会研究等方面的论述。Archives of Medical Research《医学研究档案》墨西哥浙江工业大学图书馆信息咨询部编 Elsevier Science 出版社期刊投稿指南 14ISSN:0188-4409，1970年创刊，全年6期，Elsevier Science出版社，SCI收录期刊，SCI 2005年影响因子。2004年起由Instituto Mexicano del Seguro Social, Oficina de Bibliotecas y Divulgacion,MEXICO 出版，发表生物医学研究方面的原始论文和报道。Biomedicine & Pharmacotherapy《生物医学与药物疗法》法国ISSN:0753-3322，1947年创刊，全年10期，Elsevier Science出版社，SCI收录期刊，SCI 2005浙江工业大学图书馆信息咨询部编 Elsevier Science 出版社期刊投稿指南 21年影响因子。刊载生物医学和药物疗法，包括与之相关的生化、内科、药学、外科、生物物理、免疫、血液、神经与内分泌等方面的研究论文、评论和札记。Clinica Chimica Acta《临床化学学报》荷兰ISSN: 0009-8981, 1956年创刊，全年24期，Elsevier Science出版社，SCI收录期刊，SCI 2005年影响因子。刊载临床化学和医学生物化学，包括化学、生物化学、免疫化学技术临床应用方面的研究论文、简报、技术札记，以及学术动态报道。European Journal of Radiology《欧洲放射学杂志》爱尔兰ISSN:0720-048X，1981年创刊，全年12期，Elsevier Science出版社，SCI、EI收录期刊，SCI 2005年影响因子，2005年EI收录245篇。刊载研究放射及医学影像技术应用与实践方面的论文、评论、病例报告，涉及X射线、CT、磁共振、超声波及其它先进影像技术和设备。Integrative Medicine《综合医学》美国ISSN:1096-2190，1998年创刊，全年4期，Elsevier Science出版社。主要刊载营养补充剂、植物药、饮食、生活方式等方面的论文ITBM-RBM News《欧洲生物医学技术杂志-新闻》法国ISSN:1297-9570，全年6期，Elsevier Science出版社，2000年前刊名RBM-News，为刊载世界生物医学界学术活动及其新闻报道。综合性医药卫生类核心期刊1、中华医学杂志2、第四军医大学学报3、第三军医大学学报4、第二军医大学学报5、第一军医大学学报（改名为：南方医科大学学报）6、解放军医学杂志7、北京大学学报.医学版8、吉林大学学报.医学版9、四川大学学报.医学版10、中国医学科学院学报11、中国现代医学杂志12、复旦学报.医学版13、华中科技大学学报.医学版14、中山大学学报.医学科学版15、中南大学学报.医学版16、西安交通大学学报.医学版17、浙江大学学报.医学版18、南京医科大学学报.自然科学版19、广东医学20、军事医学科学院院刊21、上海第二医科大学学报（改名为：上海交通大学学报.医学版）22、上海医学23、郑州大学学报.医学版24、江苏医药25、山东大学学报.医学版26、中国医科大学学报27、实用医学杂志28、山东医药29、哈尔滨医科大学学报30、重庆医学31、重庆医科大学学报32、天津医药33、安徽医科大学学报34、苏州大学学报.医学版35、武汉大学学报.医学版36、首都医科大学学报37、医学与哲学.人文社会医学版预防医学、卫生学类核心期刊1、中国公共卫生2、中华医院感染学杂志3、中华流行病学杂志4、卫生研究5、营养学报6、中华预防医学杂志7、中华劳动卫生职业病杂志8、中华医院管理杂志9、环境与健康杂志10、工业卫生与职业病11、中国卫生统计12、中国工业医学杂志13、中国职业医学14、环境与职业医学15、国外医学卫生学分册16、中国卫生经济17、毒理学杂志18、中国计划生育学杂志19、中国食品卫生杂志20、现代预防医学21、中国慢性病预防与控制22、中国妇幼保健23、中国学校卫生24、中国血吸虫病防治杂志25、中国卫生事业管理26、生殖与避孕中国医学类核心期刊1、中草药2、中国中药杂志3、中国中西医结合杂志4、中国针灸5、中成药6、北京中医药大学学报7、中药材8、中国中医基础医学杂志9、中药药理与临床10、中华中医药杂志11、针刺研究12、中药新药与临床药理13、南京中医药大学学报14、中国实验方剂学杂志15、辽宁中医杂志16、时珍国医国药17、中医杂志18、新中医19、中国中西医结合急救杂志20、中国天然药物基础医学类核心期刊1、中国病理生理杂志2、中华微生物和免疫学杂志3、生物医学工程学杂志4、解剖学报5、中国免疫学杂志6、免疫学杂志7、细胞与分子免疫学杂志8、中国临床解剖学杂志9、生理学报10、解剖学杂志11、中国心理卫生杂志12、中国生物医学工程学报13、中国人兽共患病杂志（改名为：中国人兽共患病学报）14、生理科学进展15、中华病理学杂志16、神经解剖学杂志17、现代免疫学18、病毒学报19、中国寄生虫学与寄生虫病杂志20、中国应用生理学杂志21、国外医学.免疫学分册（改名为：国际免疫学杂志）22、中华医学遗传学杂志23、中华实验和临床病毒学杂志24、国外医学.生物医学工程分册（改名为：国际生物医学工程杂志）25、基础医学与临床临床医学类核心期刊1、中国危重病急救医学2、中国医学影像技术3、中国临床康复（改名为：中国组织工程研究与临床康复）4、中华检验医学杂志5、中国超声医学杂志6、中华超声影像学杂志7、中华物理医学与康复杂志8、中华护理杂志9、临床检验杂志10、临床与实验病理学杂志11、中国康复医学杂志12、中国急救医学13、检验医学14、中华急诊医学杂志15、中国全科医学16、中国实用护理杂志17、中国医学影像学杂志18、中国输血杂志19、中国实验诊断学20、中国临床医学影像杂志21、护士进修杂志内科学类核心期刊1、中华结核和呼吸杂志2、中华内科杂志3、中华心血管病杂志4、中华内分泌代谢杂志5、中华血液学杂志6、中华肝脏病杂志7、中华消化杂志8、中国地方病学杂志9、中华肾脏病杂志10、中华老年医学杂志11、中华糖尿病杂志（改名为：中国糖尿病杂志）12、世界华人消化杂志13、中华传染病杂志14、中华风湿病学杂志15、中国实用内科杂志16、中国动脉硬化杂志17、中国循环杂志18、高血压杂志（改名为：中华高血压杂志）19、中国老年病杂志20、临床心血管病杂志21、中国内镜杂志22、肠外与肠内营养23、中国心脏起搏与心电生理杂志24、中华消化内镜杂志
医学学术期刊的种类有数千种之多，主要包括三个等级，中文核心期刊，科技核心期刊，和普通期刊，很多省份会划分自己的一类，二类期刊标准，核心期刊大概就有1000多种，其中中文核心200多个，科技核心900多个，学术期刊又根据医学的分类细分为很多类别，比如护理的有中华现代护理杂志，泌尿外科有中华泌尿外科杂志。。。。。其它专业亦是如此，发表一篇跟专业相关的医学论文，可以适当提高职称晋升几率，具体的也可以跟专业机构咨询，希望能为您提供到帮助
医学类见刊快的杂志有：《中国伤残医学》、《中国乡村医药》、《山西医药杂志》、《齐鲁护理》、《检验医学与临床》、《第三军医大学学报》这几本都是半月刊，普刊和核心期刊都有。
据2018年4月《第三军医大学学报》编辑部官网显示，《第三军医大学学报》第十届编辑委员会拥有常务委员49人，委员127人，特约编委5人，海外编委12人。据2018年4月中国知网显示，《第三军医大学学报》共出版文献18690篇。
总被下载1789818次、总被引87645次、（2017版）复合影响因子为、（2017版）综合影响因子为。据2018年4月万方数据显示，《第三军医大学学报》2015年影响因子为，载文量为14418，被引量为67035，下载量为227892。
相关信息
《第三军医大学学报》被中国精品科技期刊、中国百种杰出学术期刊、第二、三届国家期刊奖百种重点科技期刊、中国高校精品科技期刊、中国自然科学类核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国科学引文数据库（CSCD）核心库收录期刊、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）收录期刊。
美国《化学文摘》（CA）收录期刊、波兰《哥白尼索引》（IC）收录期刊、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（JST）收录期刊、《西太平洋地区医学索引》（WPRIM）收录期刊、美国《乌利希期刊指南》（Ulrich PD）收录期刊 等中国国内外数据库收录。
以上内容参考：百度百科-第三军医大学学报
医学界的“四大灌水神刊”— 《Oncotarget》、《Medcine》、《Scientific Reports》、《Plos One》。在医学界一直流传着“四大神刊”的传说，为什么说是四大神刊呢，原因大抵有三，一是因为影响因子适中，科研单位认可；二是这些期刊每年发文量大，又对创新性没有过高的要求，发表相对容易。《Oncotarget》在2018年已经被SCI剔除，已经走下了神坛，在此不多做介绍。《Medcine》的影响因子为，研究领域涉及到医药科学方向，包括神经系统和精神疾病 神经发育、遗传、代谢相关疾病等各类疾病药物，投稿周期3-5个月作用。《Scientific Reports》为Natrure 出版集团旗下的综合性科学期刊，对文章创新性没有过高要求，但要求一定要数据严谨，影响因子在，投稿周期快则两周，慢则一年不等。《Plos One》，属于3区的综合性期刊，影响因子为，审稿周期在2-3个月。03、肿瘤领域的王牌SCI生物学中以肿瘤研究最火，在肿瘤领域有几大王牌SCI，影响因子甚至比CNS都高个几倍，一旦能发上个一篇，科研道路必定平顺得多了。（1）经典期刊《Cancer Journal for Clinicians》，影响因子为，审稿周期一个月左右，以约稿居多；《Nature reviews cancer》，影响因子为，审稿周期在1-3个月之间，以约稿居多；《Cancer cell》，影响因子为，审稿周期在1-2个月之间。（2）高性价比期刊《Medical Oncology》，影响因子为，审稿周期在1-2个月之间；《Oncology reports》，影响因子为，审稿周期在1个月-半年之间。《psycho-oncology》，影响因子为，审稿周期在3-8周。04、神经科学领域的SCI大咖神经科学领域作为生物学中“高大上”的一支，自然也少不了一些专业领域的SCI大咖的存在。我们就介绍最为著名的几个期刊。（1）经典期刊《Nature neuroscience》，影响因子为，审稿周期在2个月之间；《Neuron》，影响因子为，审稿周期在3个月左右；《Brain》，影响因子为，审稿周期在1-2个月左右。（2）高性价比期刊《Brain Research》，影响因子为，审稿周期在1-8个月之间；《Brain Research Bulletin》，影响因子为，审稿周期在1-4个月之间。05、免疫领域的几大SCI期刊免疫学领域是一个比较大的领域，很多医学研究往往都涉及到了免疫学的内容。我们来了解一下免疫学的几个常见的期刊。（1）经典期刊《Annual Review of Immunology》，影响因子为，审稿周期在2个月左右或约稿；《Nature Immunity》，影响因子，审稿周期在1-2个月之间；《Immunity》，影响因子为，审稿周期平均6个月左右。（2）高性价比期刊《Autoimmunity》，影响因子为，，审稿周期为1-3个月；《Journal of Microbiology, Immunology and Infection》，影响因子为，审稿周期为1个月；《BMC immunology》，影响因子为，审稿周期为1个月左右。06、心血管领域的SCI大佬和平民期刊心血管领域也是医学领域的一大分支，吸引着一大批学者的研究。心血管领域有哪些大佬级的SCI期刊呢（1）经典期刊《Journal of the American College of Cardiology》，影响因子，审稿周期在2-4周；《European Heart Journal》，影响因子，审稿周期平均一个月；《Circulation》，影响因子，审稿周期在2个月左右。（2）高性价比期刊《Canadian Journal of Cardiology》，影响因子，审稿周期在1-2个月之间； 《Cardiology》，影响因子，审稿周期在1-2个月之间。《Cardiovascular Drugs and Therapy》，影响因子，审稿周期在个月左右。07、内分泌领域的不可不知的SCI期刊内分泌领域涉及到糖尿病、高血压、肥胖症等多种常见疾病，但到目前为止仍然没有有效的治疗方法，吸引了很多科学家来研究。我们介绍几本常见的内分泌领域的SCI期刊。（1）经典期刊《Lancet Diabetes & Endocrinology》，影响因子，审稿周期不定。《Cell Metabolism》，影响因子，审稿周期1-3个月。《Molecular Metabolism》，影响因子，审稿周期1-3个月。（2）高性价比期刊《Frontiers in Endocrinology》，影响因子，审稿周期不定。《NEUROPEPTIDES》，影响因子，审稿周期1-2个月或约稿。《Nutrition & Diabetes》，影响因子，审稿周期1-2个月或约稿。08、消化领域的热门SCI期刊消化领域是生命科学领域的一个重要板块，该领域不乏重量级以及价优质廉的SCI期刊。（1）经典期刊《Gastroenterology》，影响因子，审稿周期平均1-5个月。《Gut》，影响因子，审稿周期平均1-2个月。《HEPATOLOGY》，影响因子，审稿周期平均1-3个月。（2）高性价比期刊《Hepatology International》，影响因子，审稿周期1-3个月；《Gut Pathogens》，影响因子，审稿周期3个月左右或约稿；《Journal of Neurogastroenterology and Motility》，影响因子，审稿周期不定。09、骨科领域的必备SCI期刊骨科的研究，从分子生物学理论的研究，到各种支架材料，干细胞诱导分化，研究的方向越来越多元化。那么，骨科领域有哪些常见的期刊呢？（1）经典期刊《AMERICAN JOURNAL OF SPORTS MEDICINE》，影响因子，审稿周期2-4周；《OSTEOARTHRITIS AND CARTILAGE》，影响因子，审稿周期3-8周；《Journal of Physiotherapy》，影响因子，审稿周期3个月或约稿。（2）高性价比期刊《PHYSICAL THERAPY》，影响因子，审稿周期4-8周；《JOURNAL OF ARTHROPLASTY》，影响因子，审稿周期2-4周；《JOURNAL OF ORTHOPAEDIC RESEARCH》，影响因子，审稿周期3-6周。010、呼吸领域不能忽略的SCI期刊近年来，对于呼吸的生理和病理生理、缺氧和进行呼吸病学诊断治疗及发病机制的研究越来越深入，一些呼吸领域关于基础和临床的研究也越来越多。呼吸领域有哪些SCI值得我们关注呢？（1）经典期刊《Lancet Respiratory Medicine》，影响因子，审稿周期不定；《EUROPEAN RESPIRATORY JOURNAL》，影响因子，审稿周期2-4周；《AMERICAN JOURNAL OF RESPIRATORY AND CRITICAL CARE MEDICINE》，影响因子，审稿周期3周-8个月。（2）高性价比期刊《RESPIRATION》，影响因子，审稿周期4-8周；《BMC Pulmonary Medicine》，影响因子，审稿周期6-12周；《COPD-Journal of Chronic Obstructive Pulmonary Disease》，影响因子，审稿周期6-12周。最近得知有一些发表很快的SCI医学期刊，影响因子还不低，抓紧投稿还能趁一波东风
CHINESE MEDICAL JOURNAL《中华医学杂志》(英文版) 月刊 ISSN:0366-6999 影响因子 CELL RESEARCH《细胞研究》(英文版) 双月刊 1001-0602 中西医结合杂志(英文版)中医杂志(英文版)中国药理学杂志
有中华医学杂志、第三军医大学学报、第四军医大学学报。
《中华医学杂志》是1915年创办的双语学术期刊，周刊，中国科学技术协会主管，中华医学会主办。
期刊主要反映中国医学最新的科研成果，积极推广医药卫生领域的新技术、新成果，及时交流防病治病的新经验。
根据2018年4月28日万方数据知识服务平台显示，《中华医学杂志》载文量为18099，被引量为137385，下载量为1326756。2015年期刊在全部统计源期刊（6735种）中排名第434名，在医药卫生总论（122种）中排名第11名；2015年期刊影响因子为。
合作交流
针对国内外临床抗感染治疗面临的棘手问题细菌耐药，期刊编辑委员会于2000和2002年分别组织召开了“细菌耐药与抗感染药物合理应用专题学术研讨会”，会上报道了中国全国范围内的细菌耐药现状调查结果，表明中国大中城市细菌耐药的发展态势严峻。
医学类见刊快的杂志有：《中国伤残医学》、《中国乡村医药》、《山西医药杂志》、《齐鲁护理》、《检验医学与临床》、《第三军医大学学报》这几本都是半月刊，普刊和核心期刊都有。
据2018年4月《第三军医大学学报》编辑部官网显示，《第三军医大学学报》第十届编辑委员会拥有常务委员49人，委员127人，特约编委5人，海外编委12人。据2018年4月中国知网显示，《第三军医大学学报》共出版文献18690篇。
总被下载1789818次、总被引87645次、（2017版）复合影响因子为、（2017版）综合影响因子为。据2018年4月万方数据显示，《第三军医大学学报》2015年影响因子为，载文量为14418，被引量为67035，下载量为227892。
相关信息
《第三军医大学学报》被中国精品科技期刊、中国百种杰出学术期刊、第二、三届国家期刊奖百种重点科技期刊、中国高校精品科技期刊、中国自然科学类核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国科学引文数据库（CSCD）核心库收录期刊、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）收录期刊。
美国《化学文摘》（CA）收录期刊、波兰《哥白尼索引》（IC）收录期刊、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（JST）收录期刊、《西太平洋地区医学索引》（WPRIM）收录期刊、美国《乌利希期刊指南》（Ulrich PD）收录期刊 等中国国内外数据库收录。
以上内容参考：百度百科-第三军医大学学报
临床医学进展，不过是核心不是SCI