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排序问题，以及引用序号是 LaTeX 提供的 ID 还是数字的问题。其实不止这些，参考文献的显示格式也是可以定制的。参考文献以正文中引用顺序排序，还是以文献第一作者的 last name 排序，是通过一些 bst 文件来控制的。如何定制参考文献的显示格式其实 bst 文件有很多，总能找到自己需要的。如果这些还不能满足，可以通过生成自己的 bst 文件来定制。这有两个方法，第一是手写（反正我是写不出来），第二是通过工具。custom-bib 是一个定制 bst 文件的包，解压缩后用 LaTeX 编译其中的主 tex 文件，便会进行交互式的 bst 定制过程，具体过程我就不讲了。把生成的自定义的 bst 放到LaTeX 相应目录下，刷新文件名数据库就可以使用了。
LaTeX 的对参考文献的处理实在是非常的方便，我用过几次，有些体会，写出来供大家参考。当然，自己的功力还不够深，有些地方问题一解决就罢手了，没有细究，LaTeX 对参考文献的处理有这么一些优点：可以维护一个 bib 文件，在你的整个研究生涯可以只维护这样一个文件，就象一个数据库，每个参考文献是一个记录，由一个唯一的 ID （例如下面的 MartinDSP00）描述。比如我的 myreference.bib 文件里一条典型的文献是这样的：其中 {NIST} 中的大括号不会被显示，它的作用是保证将来的生成的参考文献中 NIST四个字保持原样，不会被小写。需要引用文献的时候，在正文里加入：ibliographystyle{ieeetr}ibliography{myreference}就可以用 cite{} 来引用文献库中的论文了，如 cite{MartinDSP00}。上面第一行是控制文献显示格式的，这个后面再讲。此时，myreference.bib 文件在正文 tex 文件的同一目录下，以保证 LaTeX 可以找到该 bib 文件。编译正文之后，生成 aux 文件，然后用 bibtex 在当前目录生成 bbl 文件，再编译正文两次，完整的 dvi 就生成了。这样，LaTeX 保证了所有用 cite 引用到的文献都已被列出，并且自动编号。同时，如果没有用ocite 命令，LaTeX 还保证所有列出的参考文，献都在正文中得到了引用。关于 bib 文件前面提到 bib 文件的维护问题。我一般不对里面的文献排序，如果文献比较多，需要查找的话，可以通过查询关键字来实现。bib 文件把 @ 所定义的 entry 之外的所有东西看作是注释。比如在上面 @article 的例子里，如果我在大括号之外写些东西的话，bibtex 是不会关心的，就当它不存在。所以我就把文献的关键字写在这里，将来通过搜索关键字来查找某些文献。其实也可以搞一个临时的 LaTeX 文件，使用ocite{*} 命令，然后编译成 dvi，这样就得到了一个 bib 文件中所有参考文献的列表，当然是可以按照作者名字排序的。另外，很多 journal（学术期刊）或者 booktitle（国际会议）都是重复的，为了规范化，可以定义缩写。
BibTeX是比较专业的整理参考文献的方法，而且方便在tex文件中引用，但是里面有很多小细节需要注意。用 LaTeX 处理文档, 经常就要书写参考文献, 这里介绍 LaTeX 默认的 thebibliography 环境,如果要了解 LaTeX 中更高级的参考文献管理工具 BibTeX, 请见这里BibTeX使用介绍.另外一种经常用的小技巧是, 把文档中的 Reference 写成中文的”参考文献”如果文档类是article之类的, 用\renewcommand\refname{参考文献}，如果文档类是book之类的, 用\renewcommand\bibname{参考文献}，生成中文参考文献列表，不出现and连接作者，或者et al等英文；作者姓名按照中国传统显示，形如张三；不出现乱码。
用thebibliograph环境就可以了吧.\benin{thebibliography}{最长文件编号}参考文献列表形如:\bibitem[名称]{标签} 参考文献\end{thebibliography}然后用\ref{标签}来引用参考文献
硕士论文文献引用自己发表的论文不算抄袭，但是也要在引用之处标注引用标示。
理由：抄袭是指将他人的探究成果或者作品当成自己的成果来发表，这是一种严重侵犯他人著作权的行为。引用自己已经发表的文章，这是自己的研究成果，同时也有引用标识，这就不算抄袭，而且在查重报告中也会标注此部分是作者自己的论文。
知识拓展：教育部在2009年3月19日发出《关于严肃处理高等学校学术不端行为的通知》，将以下几种行为列为学术不端，其中抄袭也属于学术不端。一是抄袭、剽窃、侵吞他人学术成果；二是篡改他人学术成果；三是伪造或者篡改数据、文献，捏造事实；四是伪造注释；五是未参加创作，在他人学术成果上署名；六是未经他人许可，不当使用他人署名；七是其他学术不端行为。
以上内容参考：百度百科-学术不端行为
一、看查重系统
根据论文查重系统的不同，得到的结果就不一样，如果我们在论文中引用了自己已发表过的论文内容，那在部分论文查重系统检测的过程中重复率毫不疑问会非常高的，可能涉嫌抄袭。而有的查重系统是可以将论文作者本人以前发表的论文去除掉的，这就要看你选用的是什么样的论文查重系统了。
二、正确无误填写姓名
也有些人反应，自己用的论文查重系统明显跟学校或单位用的查重系统相同的，也有除去自己已发表过的论文选用，但是论文查重的过程中，重复率为什么还是很高呢？原因可能有以下几种。
没有正确无误的填写作者的姓名，查重时没有选用这一选项，并非发表论文的第一作者等，这些极有可能会发生的情况。
三、看学校或单位要求
虽然现在许多论文查重系统在可以除去作者本人已发表论文，但是有的学校并不认同在这些。因此就算是查重系统可以除去，重复率也变低了，但是学校不认同，只看全文重复率，那论文查重率依旧很高，也很难通过审阅。因此一定要搞清楚学校的要求。
现在大伙儿知道了吧，大伙儿论文写作并不容易，不管是在找数据资料的过程中，仍是在撰写的过程中，最好不要和自己发表的论文重复。还有就是事先清楚学校的要求，不要白辛苦一场，其实白辛苦一场到无所谓，最怕的是辛辛苦苦到最后，论文评审还是不通过，影响你毕业或论文发表。
如果你使用的是知网论文检测系统，你引用的论文，你自己是第一作者，那么你就可以使用去除本人已发表文献的功能，如果不是，那就不可以，还是会算做重复。初稿查重系统一般不区分引用和抄袭，都需要进行修改。
毕业设计查重是去除个人文章重复的，所以自己的文章无论是否刊出都可以大量引用，只要这篇文章自己是一作而不是七八作。
或可标注作者，欲出版期刊
未经发表的是不能引用的，因为它的知识产权和版权还没有归属，是侵权的（如它不愿意公开，但成果是自己的话就可以直接写了）。另一个情况是未经发表的情况下，并没有专业人员鉴定，还不能确定是否有价值。所以一般不能引用。 对于此类问题，你可以使用其他文献代替，或者以提出自己的假设来写入论文。
毕业论文参考文献的引用规范
引用什么文章可以作为参考文献，通常见诸于下列情况：
①有助于说明本论文的研究背景的;
②提供了技术或方法的;
③作为重要数据来源的;
④与表述自己的观点有关的，无论是赞成还是反对，或部分同意部分有分歧，都值得把这篇文章引出供读者分析、借鉴、判断、评说;
⑤对科研工作有启示或帮助的。所以，引用参考文献一定要遵守新颖、准确、完整、规范的基本原则。因此，撰写医学论文时引用参考文献必须符合下述要求：
1.引用参考文献尽可能是最新和最主要的关键文献，除个别历史文献外，以最近3~5年以内的为好，少用旧的、次要的、年限长的或教科书中众知公用的，忌用无关的文献。引用年代较久的.文献，一般是经典的或作者就某个结论与之进行学术争鸣和讨论的文献。将论文所涉及的历史渊源、技术方法、引用数据以及与作者的研究密切相关而观点相近或相反的论著列为参考文献，可为读者提供有关上述诸多内容的资料。
对于生物医学文献引用而言，普赖斯指数应在50%～70%。如果普赖斯指数高于70%，可说明本研究课题紧跟或代表了本学科当前的最高水平。普赖斯指数(Price index)是用以评价被引用参考文献时限性的重要指标，可用来评价医学论文的发表价值，其定义是一篇论文中标注最近5年内公开发表的文献数与该篇论文引用文献的总数之百分比，用公式表达为：
普赖斯指数= ×100%
从公式可见，被引用的最近5年内文献数越多，普赖斯指数就越高。实际上，它反映的是被引用文献的老化程度。
2.引用参考文献必须是已正式发表的，主要是引用正式发表的原著。未经发表或非公开发表的论文、译文、文摘，或观察资料、内部资料以及个人咨询或通讯等均不可用作参考文献，必须引用时，其作者、文题、刊名、出版年、卷次、期次、页码等可用圆括号的形式插入正文内。尚未公开发表如属某刊已通知作者将发表者，一般不可引用，特殊情况引用时可在刊名后用括号注明“待发表”或“in press”。
3.引用的文献必须是作者亲自阅读过的。不要转引他人所用的文献，即不能从综述或其他论文的参考文献中直接摘取，以免徒有数量而降低有针对性文献的重要性。一般不能转引二次文献，对于未经查阅或未找到原文者，若非引用不可时应在该资料来源之前加 “引自”二字，不能径写原文献。亲自阅读对于该项研究有很明显的启发和帮助，切忌引用和著录与此项研究论文不相关的参考文献。
4.引用中医经典著作时，则不列入参考文献部分的著录，而在正文所引句末或段落末加圆括号注明出处即可。如：论文中引用的《灵枢·本藏篇》、《素问·阴阳应象大论》、《伤寒论·序》等。随着中医中药的遗产的发掘及国际交流力度的加大，中医中药研究的论文也日趋剧增，作者在撰写医学论文时应正确引用和著录中医经典著作。
5.注意引用参考文献一定要少而精，要删掉可有可无、学术价值不高的参考文献。目前国内一些医学期刊对于参考文献的引用数量都明确限制，论著引用不超过10条、综述引用不超过25~30条。但是，也有人主张只要符合上述要求而必要的文献仍然可以引用，不应拘泥于严格的限制。
自己或他人没有正式发表的学位论文，不可以在论文中引用。
学位论文是作者为获得某种学位而撰写的研究报告或科学论文。一般分为学士论文、硕士论文、博士论文三个级别。
未经发表的是不能引用的，因为它的知识产权和版权还没有归属，是侵权的（如它不愿意公开，但成果是自己的话就可以直接写了）。另一个情况是未经发表的情况下，并没有专业人员鉴定，还不能确定是否有价值。所以一般不能引用。对于此类问题，你可以使用其他文献代替，或者以提出自己的假设来写入论文。
论文文献引用格式示范如下：
（一）学术期刊文献
［序号］作者．文献题名［J]．刊名，出版年份，卷号（期号）：起－止页码
（二）学术著作
［序号］作者．书名［M]．版次（首次免注）.翻译者．出版地：出版社，出版年：起－止页码
（三）有ISBN号的论文集
［序号］作者．题名［A].主编．论文集名［C]．出版地：出版社，出版年：起－止页码
（四）学位论文
［序号］作者．题名［D]．保存地：保存单位，年份
（五）专利文献
［序号］专利所有者．专利题名［P]．专利国别：专利号，发布日期
（六）技术标准
［序号］标准代号，标准名称［S]．出版地：出版者，出版年
（七）报纸文章
［序号］作者．题名［N]．报纸名，出版日期（版次）
（八）报告
［序号］作者．文献题名［R]．报告地：报告会主办单位，年份
（九）电子文献
［序号］作者．电子文献题名［文献类型／载体类型］．文献网址或出处，发表或更新日期／引用日期（任选）
学术论文的参考文献引用格式因学科领域、出版社要求等不同而有所差异。下面是一些常见的参考文献引用格式：1. APA格式：APA格式是一种常用的社会科学领域的参考文献引用格式。在APA格式中，一般要包括作者、出版年份、文献题目、出版物名称、卷号、期号和页码等信息。2. MLA格式：MLA格式是一种常用的人文学科领域的参考文献引用格式。在MLA格式中，一般要包括作者、出版年份、文献题目、出版物名称、版次、出版地点和出版商等信息。3. Chicago格式：Chicago格式是一种常用的历史学科领域的参考文献引用格式。在Chicago格式中，一般要包括作者、出版年份、文献题目、出版物名称、版次、出版地点和出版商等信息。4. IEEE格式：IEEE格式是一种常用的工程学科领域的参考文献引用格式。在IEEE格式中，一般要包括作者、出版年份、文献题目、出版物名称、期号、页码和DOI等信息。5. Harvard格式：Harvard格式是一种常用的综合性参考文献引用格式。在Harvard格式中，一般要包括作者、出版年份、文献题目、出版物名称、版次、出版地点和出版商等信息。
不同的出版社、学科领域对参考文献引用格式有不同的要求，因此在写作过程中要根据实际情况选择合适的格式进行引用。同时，正确使用参考文献引用格式是学术诚信的重要方面之一，应该引起我们的重视。
论文参考文献引用的正确格式如下：
1、单一作者：英文格式为“（作者姓氏，发表年份）”，中文格式为“（姓名全名，发表年份）”。
2、两名作者：作者姓氏必须以他们的名字在其发表文章内的顺序来排序。若两个作者都在括号内引用，名字中间需加上“&”符号，也可用“and”、“和”进行连接，取决于期刊格式。若在句首引用则使用“and”以及“和”。
3、一篇文献有三名作者及以上，则只列第一位作者，英文用“et al.”指代剩余作者，中文则使用“等”。
4、若采用数字上标式引用，较为简单。多篇文献，用逗号隔开，连续的引用则使用“-”简略。主要注意文中的数字顺序对应文末的文献顺序。
注意事项
不同期刊，不同专业，不同高校的毕业论文对格式的要求不尽相同。引用类型主要分为期刊（Journal）、书籍（Book-Chapter）、专利（Patent）、会议（Conference）和毕业论文（Thesis）等。
强烈建议使用文献管理软件，通过选择格式类型自动填充。这样能省去大量繁琐的整理文末文献格式的工作。