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文章是 Immune recognition of somatic mutations leading to complete durable regression in metastatic breast cancer 发表于 Nature Medicine (2018) 重点在实验设计环节，但是现在的大文章或多或少都引入多组学数据，本文也不例外，实验纳入的唯一一个病人既做了全外显子又做了转录组测序，还有单细胞测序。不过数据公开的是 PRJNA342632 for exome data and PRJNA243084 for RNA-seq data
近年来，肿瘤免疫疗法已成为继手术、放疗和化疗之后的第四种肿瘤治疗手段。
肿瘤免疫治疗 ，主要包括
其中以CTLA4、PD1/PDL1抑制剂为代表的 免疫检查点抑制剂 ，以其显著的临床疗效而备受瞩目。
而本文的研究属于肿瘤免疫治疗的过继性T细胞疗法（ACT）领域，之前以CART为主，最近出现了另外一种疗法——TIL（Tumor Infiltrating T cell，肿瘤浸润淋巴细胞），表现也十分惊艳，Rosenburg博士及其团队就是这一领域的代表。
肿瘤浸润性淋巴细胞（tumor infiltrating lymphocyte, TIL）指的是从肿瘤组织中分离出的浸润淋巴细胞。
1986年，Rosenberg研究组首先报道了TIL细胞。TIL细胞表型具有异质性。一般来说，在TIL中，绝大多数细胞是CD3阳性的。在不同肿瘤来源的TIL细胞中，CD4+ T细胞、CD8+ T细胞的比例有差异，但大多数情况下以CD8+T细胞为主。
不同患者不同肿瘤类型对免疫疗法的反应不可预测，是因为免疫成分的异质性以及肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在单个肿瘤内和患者之间的多样化表型。
并不是所有的肿瘤浸润T细胞都是针对肿瘤抗原的，并且发现检测CD39的表达可以简单的量化或分离Bystander 即“旁观者”T细胞。
早在2014年的时候Rosenburg博士的团队就将其一部分研究结果发表在Science期刊（Tran E et al, Science 2014）上，当时他们的做法是：把一名晚期胆管癌女患者的肺转移肿瘤 病灶 拿来做全基外显子测序，找到了26个非同义突变， 并为每一个突变构建了一段短基因，将这些短基因几个一组地串联成短基因串（Tandem Minigene, TMG） ，然后将这些短基因串转入抗原递呈细胞（指树突状细胞DC）并与肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）共同培养，以查看患者的TIL中是否存在可以特异性识别肿瘤突变的T细胞。不出所料，这位患者的TIL可以识别肿瘤的一个突变。研究者将这个有识别功能的T细胞体外大量扩增后再回输给患者，患者肝部的转移灶长期稳定状态达1年以上。Rosenburg博士的团队通过这个研究，证明了晚期癌症患者的肿瘤组织中确实是存在可以对抗肿瘤突变的淋巴细胞的、即便是在晚期胆管癌这样凶险又难治的瘤种。
参考自：肿瘤资讯。
但是从实体瘤中收集浸润性T细胞确实比较有挑战性，而与之相比，抽取患者的外周血则容易得多 ，所以2016年Steve Rosenberg小组发表在《自然-医药》杂志上的文章《Prospective identification of neoantigen-specific lymphocytes in the peripheral blood of melanoma patients》即是从晚期恶性黑色素瘤患者的 外周免疫细胞 中可根据PD-1受体表达找到针对肿瘤变异新抗原的活性杀伤T细胞。这样找到的T细胞在体外增殖后和肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）一样可以识别患者自身肿瘤。
但是恶性黑色素瘤是一种突变比较多的肿瘤，尽管外周血抗肿瘤细胞比例低，但是仍然能够分离出来；而其他突变较少的肿瘤在外周血中是否同样存在这样的T细胞就存疑了。
虽然作者本文只探索了一个病人，但是它上传了很多数据在，对这个病人测了：
也是常规的肿瘤外显子数据分析流程，其实就是GATK best-practices 流程加上 varscan2，再使用 ‘allele-specific copy-number analysis of tumors’ (ASCAT) 和Sequenza 来分析肿瘤纯度和倍性，然后得到的somatic 变异过滤如下：
其RNA-seq测序也是走的STAR比对加上GATK best-practices 流程来找变异。
最后使用 PyClone 进行克隆进化分析。
这里过滤后剩下 62 nonsynonymous somatic 变异位点
通过与前面文章类似的方法，构建TMG来挑选病人那些可以特异性识别这些突变的TIL细胞。本次使用使用了pulsed peptide pools (PPs 1–6) or transfected mRNAs (tandem minigenes (TMGs) 1–6)
得到的结果如图：
挑选那些高表达T cell receptor (TCR)-β variable (TRBV) region or high expression levels of 4-1BB (CD137, a marker of T cell activation)的T细胞做单细胞测序，找到了跟mutant (mut)-SLC3A2 or mutKIAA0368对接的 TRBV
然后TIL回输之后， FACS-sorted TRBV28+ cells showed specific recognition of PP6 and TMG6，如下图
又对应到了两个突变：
整个实验比较幸运，对这个病人来说，发现了 11 TCR clonotypes recognized the four neoantigens (SLC3A2, KIAA0368, CADPS2 and CTSB)
其实我看的不是很懂，可能就是明白其中的组学数据分析环节吧，而且作者单细胞测序也说的不清不楚的。
但是这个作者持之以恒的发大paper，应该是很牛吧。
（文章转自jimmy的2018年阅读文献笔记）
肿瘤免疫治疗是应用免疫学原理和方法，提高肿瘤细胞的免疫原性和对效应细胞杀伤的敏感性，激发和增强机体抗肿瘤免疫应答，并应用免疫细胞和效应分子输注宿主体内，协同机体免疫系统杀伤肿瘤、抑制肿瘤生长。1肿瘤免疫治疗近来备受关注，是肿瘤治疗领域的焦点。近几年，肿瘤免疫治疗的好消息不断，目前已在一些肿瘤类型如黑色素瘤，非小细胞肺癌等的治疗中展示出了强大的抗肿瘤活性，并已有肿瘤免疫治疗药物获得美国FDA（Food and Drug Administration, FDA）批准临床应用。肿瘤免疫治疗由于其卓越的疗效和创新性，在2013年被《科学》杂志评为年度最重要的科学突破。2肿瘤免疫治疗有望成为继手术，化疗，放疗，靶向治疗后肿瘤治疗领域的一场革新。
1 来稿务求数据可信，论点鲜明，层次清楚，文字精练。基础研究、临床研究、综述、讲座一般不超过4 000字，临床经验类不超过3 000字，短篇及个案报告不超过1 500字（含图、表及参考文献）。2 基础研究、临床研究文稿必须附有中英文摘要，摘要采用结构式，要求目的、方法、结果、结论四要素齐全，以200 字 ～300 字为宜，各部分冠以相应的标题，结果中应包含必要的数据信息；英文摘要与中文对应。英文摘要（需打印稿）应包括文题、作者姓名（汉语拼音）、单位名称、所在城市名及邮编。临床经验要求附200 字以内中文结构式摘要1份，综述、讲座类需附指示性摘要及相对应的英文摘要。3 参考文献仅限亲自阅读过的、主要的新文献，尤以近2 年的文献为宜，引用公开发行的新的研究原著。不能引文摘、内部资料或转载文章，尽量不引用教科书。引用文献的作者1 名~ 3名全部列出，3名以上仅列前]3名，后加“等”或其 [他相应文字。外文期刊名用缩写，以《Index Medicus》中格式为准，中文期刊用全名。英文参考文献要求打印，书写格式如下。[期刊]作者.文题[J].刊名.年份，卷（期）：起页-止页.[书籍]作者.书名[M].卷次.版次.出版地：出版者，年份：起页-止页.4 论文所涉]及的课题如取得国家或部、省级以上基金资助或属攻关项目，应脚注于文题页 [左下方。5 投稿须经作者所在单位审查同意，并附单位推荐函。注明第一作者的详细通讯地址与邮政编码、电话、E-mail，投稿可采用纸质文稿、软盘、网上投稿等形式，来稿在接到本刊回执后，6个月内未接到通知者，仍在审阅研究中，作者如投他刊，请来信与本刊联系。本刊一般不退稿，请作者自留底稿。6 投稿时须交纳稿件处理费（1 500字以上50 元，1 500字以下30元，请经邮局汇寄，勿夹稿内），凡本刊订户持订单复印件可免交稿件处理费，稿件发表时版面费适当减免。7 凡自然基金资助，科研项目立项等课题论文，提交证明者可优先发表。8 本刊入编《万方数据库》、《中国学术期刊（光盘版）》、“中国期刊网”、“中国生物医学文献数据库”、“中国生物学文献数据库”和“中国核心期刊（遴选）数据库”等。作者著作权使用费与本刊稿酬一次性给付。 稿件一经刊登，即付稿酬并赠当期杂志1册。9 本刊版权属中华医学会，凡在本刊发表的论文即视为作者同意将专有使用权授予中华医学会，对中华医学会以电子期刊（光盘版、网络版）方式使用该文无异议，未经中华医学会同意，该文的任何部分不得转载他处。
CA-A CANCER JOURNAL FOR CLINICIANS，顶级期刊期刊名字 CA-A CANCER JOURNAL FOR CLINICIANS期刊ISSN -2016最新影响因子 137.5是否OA开放访问 No通讯方式 WILEY-BLACKWELL PUBLISHING, INC, COMMERCE PLACE, 350 MAIN ST, MALDEN, USA, MA, 02148涉及的研究方向 医学-肿瘤学出版国家或地区 UNITED STATES出版周期 Bimonthly出版年份 1950年文章数 24
中国肿瘤临床与康复
中国医学科学院中国协和医科大学肿瘤研究所肿瘤医院出版的，全国性高级肿瘤临床医学期刊。杂志面向广大临床工作者，反映我国肿瘤临床的最新进展和成就，体现我国肿瘤临床的总体水平。本刊的目标和特色为科学的进步...
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现代肿瘤医学
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准备工作做好，还是比较好发的。准备工作如下：1.投稿前期准备。需要准备每一个作者的邮箱以及至少三个推荐的审稿人的邮箱及工作单位。2.用自己的邮箱账号注册一个投稿账号。3.投稿前的格式检查和要求。可以参照作者指南，可以自行查阅。4.投稿时要准备的文件：Cover letter、Graphic for manuscript、Manuscript File、Manuscript PDF File、 Supporting Information for Publication。5.投稿状态。当你将稿件提交之后会收到邮件提醒，这个是系统自动发给你的，耐心等待就可以了。上海交大农生学院生物质能工程研究中心刘荣厚教授团队与美国亚利桑那州立大学Fini教授团队在生物质与废旧轮胎共热解生物油再生老化沥青研究中取得重要进展，研究成果发表在美国化学会（ACS）旗下知名期刊ACS Sustainable Chemistry & Engineering（中科院分区一区Top期刊，影响因子7.632）上。
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