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一共分为4个部分 TBtools基因家族分析详细教程(1) TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析 TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析1 TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析2
Introduction 基因 是染色体上一段可以发生转录的区域（内含子外显子启动子） 转录本才是基因的研究实体 基因家族 来源于同一个祖先，由同一个gene通过基因重复而产生两个或更多的拷贝而构成的一组gene，其在结构和功能上就有明显的相似性，编码相似的蛋白质产物，同意家族gene可以紧密排列在一起，形成一个基因簇，但多数时候，他们分散在同一染色体的不同位置，或存在于不同的染色体上，各自有不同的表达调控模式 序列高度相似的序列，互为同源gene，归属于一个基因家族（拷贝数目多于1） 结构域的 角度来说，具有保守结构域（某个或多个）的序列，即为某个基因家族的序列（可能同时要不具有另外的某个结构域）
基因组序列信息：fasta格式文件 基因组基因结构注释信息：制表符分隔，存储基因的外显子内含子，CDS等坐标信息的.gff3或.gtf文件（区分基因结构注释与基因功能注释）
fasta文件每个名称后面有+号，简化
比对得到的结果，去重复得到uniq ID。就是query序列匹配到上一步由CDS得到的protein序列（target）的结果。 下面再extract上述42个ID的protein sequence的fasta数据
用TBtools把xml格式转化为table格式
按Query_def删除重复项，保留的都是第一个hit，也就是最匹配的hit。为了判断是不是全部都家族成员，可以对可疑的基因进行文献搜索 通过初步筛选，上述42个基本都是基因家族成员，为了进一步确定，进行下一步基于保守结构域进一步筛选
ncib web cd search 或pfam
pineapple的(这个图有问题，可以直接在修改short name列名就可以，注意空格等，这里我就不再改了，后面改过来了)
直接删除，若严谨，重新截取此基因组序列的前后序列，具体
打开genePose文件，查找刚才可疑的某个gene比如
结果说明该基因本来该两个结构域，现在却一个。基因组注释需要更加完善。可以替换信息进去。其余三个类似。
使用同源基因家族的名称。同一基因家族的成员基因通常具有相似的功能和结构，因此在论文中也可以使用基因家族的名称来代表同源基因。在论文中注明同源基因的编号、序列等详细信息，以便其他研究者能够重复实验并验证结果。
基因家族（gene family） ，是来源于同一个祖先，由一个基因通过基因重复而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因，它们在 结构和功能 上具有明显的相似性，编码相似的蛋白质产物， 同一家族基因可以紧密排列在一起，形成一个基因簇，但多数时候，它们是分散在同一染色体的不同位置，或者存在于不同的染色体上的，各自具有不同的表达调控模式。
按功能划分 ：把一些功能类似的基因聚类，形成一个家族，例如GH家族（糖苷水解酶家族）等。 按照序列相似程度划分 ：一般将同源的基因放在一起认为是一个家族，一般使用 orthoMCL进行聚类
motif 是蛋白质分子具有特定功能的或者作为一个独立结构域一部分相近的二级结构聚合体
NBS-LRR抗病 基因家族： NBS-LRR(nucleotide-binding site and leucine-rich-repeat)是植物中最大类抗病基因家族之一。
MADS-box 基因家族是植物体内的重要转录因子,它们广泛地调控着植物生长、发育和生殖等过程。在植物中参与花器官的发育，开花时间的调节，在果实、根、茎、叶的发育中都起着重要的作用。
热激蛋白70家族(HSP70) 是一类在植物中高度保守的分子伴侣蛋白,在细胞中协助蛋白质正确折叠。
钙依赖蛋白激酶(CDPK) 是一类仅依赖Ca2+而不依赖钙调素的蛋白激酶,参与调控多种信号转导途径,而膜结合脂肪酸脱氢酶(membrane-bound FAD)是一类不饱和脂肪酸合成途径的关键酶。
这两类基因分别在低温环境胁迫下的信号转导和稳定质膜性质中起着非常重要的作用。
WRKY 基因家族是植物前十大蛋白质家族之一，大量研究表明， WRKY 基因家族的许多成员参与调控植物的生长发育、形态建成与抗病虫等。
在这些常规的生信分析后，一般的文章还会加上一些湿实验去验证，例如不同非生物条件下基因家族的表达等(PCR为主)。
如果你想研究基因家族，阅读别人的文献，从中体会其研究的思路与方法是必不可少的，下面给大家推荐一些近期发表的文章。
auxin response factor gene family
SBP-box gene family
ARF gene family
这周主要是热一热身，后面会按照每个生信分析的点，结合实例详细给大家介绍如何进行基因家族的生物信息分析。敬请期待！
参考链接：
继续和大家分享在推特上看到的有趣的内容： 很多人都没有意识到安装生信工具并没有那么简单，并且就算你安装好了该工具，你用该工具运行你自己的数据远远没有想象那么简单。就像下图提到的，作为一个生信工作者，你是否也遇到这一系列头痛的经历？
欢迎大家在评论区留言，分享一些你在生信中所遇到的头痛经历。
第一，A的表达产物可能是B的转录因子，直接调节B，反之亦有可能；第二，A的表达产物间接调控B的转录，或反之；实验设计，首先必须要确定两者的相关性，不管是正的还是负的，可用wenstern和Qpcr的手段；其次，要从文献中或信号转导通路中挖掘两者相互关系的可能性；两之间或许有重要的中介；再次，找到可能关系后，进一步把中介的重要性阐明，还是找关联性；再次，如果是直接的转录因子，可以做CHIP，如果是间接关系，则一定要把中介因子证明清楚，利用文献，把文献以外的东西做出来；最后，利用基因干扰或工具药物，反过来去证实这种关系的存在；最最后，能放在整体动物上最好，有表型研究就是大牛。
连锁不平衡 （linkage disequilibrium, LD）分析是群体遗传学研究中常见的分析内容，也是关联分析的基础，在很多的GWAS文章中都会出现LD衰减图及单倍型block图，接下来一起连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）初探。 图1 水稻自然群体连锁不平衡衰减与桃果糖含量位点相关单倍型区块 1、 LD的概念 当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，称这两个座位处于连锁不平衡状态。 2、 LD的计算方法与度量指标 D值的计算 LD的基本单位是D值，度量观察到的单倍型频率与平衡状态下期望频率的偏差。D值根据单倍型频率必≥0，计算取值范围为[]。 D=Pr（A，B）-Pr（A）×Pr（B） =PAB-PAPB =PAB-（1-Pa）（1-Pb） =PAB-（1-Pa-Pb+PaPb） =PAB-（PA-Pb+PaPb） =PAB-[PAB+PAb-（PAb+Pab）+PaPb）] =PAB-（PAB-Pab+PaPb） =Pab-PaPb 标准化指标：D’和r2 由于D值严格依赖于等位基因频率（allele frequency），故不适合应用于表述实际的LD强度，最常用度量LD的是D’和r2，两者都基于D。D’反应群体的重组历史，适用于研究群体连锁不平衡程度，r2反应等位基因相关程度，适用于GWAS。LD衰减作图中通常采用r2来表示群体的LD水平；Haplotype Block中通常采用D'来定义Block；迁移、突变、选择、有限的群体大小以及其他引起等位基因频率改变的因素，这些都会引起LD变化，下面尝试计算一下LD吧~ 图2 D’和r2的计算 小Tips ： 当D'=0，r2=0时，处于完全连锁平衡状态 当D'=1，r2=1时，处于完全连锁不平衡状态。 其中，从0—1之间的度量越高，LD越高，如果两个位点连锁，连锁程度也越高。 3、 LD衰减 LD衰减指位点间由连锁不平衡到连锁平衡的演变过程；LD衰减的速度在不同物种间或同物种的不同亚群间，差异非常大。所以，通常会使用“LD衰减距离”来描述LD衰减速度的快慢，不同文章中“LD衰减距离”标准不同，常见的标准有：LD系数降低到最大值的一半、LD系数降低到以下、LD系数降低到不同物种的基线水平等，我们在阅读文献时有必要留意文章使用的标准~ LD衰减距离在群体遗传学中的应用也非常广泛，一方面可以判断GWAS所需标记量，决定GWAS的检测效力以及精度；另外也可以辅助分析进化与选择，在同一个连锁群上，LD衰减慢说明该群体受到选择，一般来说，野生群体比驯化改良群体LD衰减快，异花授粉植物比自花授粉植物LD衰减快。 图3 LD下降到最大值一半对应的物理距离 4、 LD分析的软件与画图命令 目前比较常用的计算 LD 的软件为 PLINK ，但不支持直接读取 VCF 格式的文件，使用 PLINK 计算 LD 之前需要先将 VCF 格式的文件转换为 PED 格式或 bed + bim + fam 的格式。这样的格式转换会造成额外的存储负担。而另一款软件PopLDdecay 一个主要的优点在于可以读取 VCF 格式的文件，直接生成 LD 统计数据并画出 LD 的衰减图。以软件PopLDdecay计算绘制LD图的命令如下： #PopLDdecay -InVCF -OutStat -SubPop
一、毕业论文指导的任务和内容（一）指导教师的基本任务（1）启发并鼓励学生明确撰写毕业论文的重要意义,排除各种困难和心理障碍,立志写出高质量的毕业论文.（2）悉心指导学生完成毕业论文写作任务,做到立意新颖、内容充实、格式规范、文字通畅,并作好答辩准备.（3）指导学生应用新鲜活泼、生动有力的优良文风来写作,使学生写出的文章清新活泼,富有创造性.（二）指导教师对毕业论文的指导内容（1）审定论文题目 价值原则 可行性原则（2）指导学生制订撰写毕业论文的具体计划进度表，并监督学生的进度。（3）指导学生收集和阅读有关的参考材料（4）正确指导和引导学生如何立意及谋篇布局立意：符合现实需求 反映客观事物本质 要有独到的见解谋篇布局：要围绕主题安排结构 要有明确、清楚的层次 要完整、自然、严密（5）修改论文、审阅论文,评定论文成绩（6）指导论文答辩 二，毕业论文指导方法（1）毕业论文的指导由毕业论文领导小组负责组织，相关教师分工合作完成。（2）教研室应根据论文选题内容安排合适的指导教师（3）指导教师要以平等、民主，探讨式的态度对学生指导,重点应放在培养学生独立工作能力和创新能力上。（4）指导和督促学生撰写毕业论文的具体进度计划,克服撰写过程中的困难,完成选定的课题。（5）指导教师要对学生的毕业论文把好政治关，杜绝抄袭剽窃。 给大家推荐一款免费的论文写作助手叫茅茅虫论文写作助手，用起来十分方便简单，输入题目关键词可以自动生成目录，给出相关参考文献，左边参考文献，右边论文写作，大大提高了论文写作效率。
毕业论文答辩分组一般是由学院根据老师和学生的研究方向和专业进行分的，合个组之间老师的水平一般都差不多，不可能随机，也不能自己选择。
毕业论文答辩是一种有组织、有准备、有计划、有鉴定的比较正规的审查论文的重要形式。为了搞好毕业论文答辩，在举行答辩会前，校方、答辩委员会、答辩者（撰写毕业论文的作者）三方都要作好充分的准备。
答辩准备：
答辩前的准备，最重要的是答辩者的准备。要保证论文答辩的质量和效果，关键在答辩者一边。论文作者要顺利通过答辩，在提交了论文之后，不要有松一口气的思想，而应抓紧时间积极准备论文答辩。那么，答辩者在答辩之前应该从哪些方面去准备呢?
首先，要写好毕业论文的简介，主要内容应包括论文的题目，指导教师姓名，选择该题目的动机，论文的主要论点、论据和写作体会以及本议题的理论意义和实践意义。
其次，要熟悉自己所写论文的全文，尤其是要熟悉主体部分和结论部分的内容，明确论文的基本观点和主论的基本依据；弄懂弄通论文中所使用的主要概念的确切含义，所运用的基本原理的主要内容
毕业论文答辩是一种有组织、有准备、有计划、有鉴定的比较正规的审查论文的重要形式。为了搞好毕业论文答辩，在举行答辩会前，校方、答辩委员会、答辩者（撰写毕业论文的作者）三方都要作好充分的准备。
学位论文类型及写作技巧
学位论文
国家标准GB 7713─87对学位论文的定义是:“学位论文是表明作者从事科学研究取得创造性的结果或有了新的见解，并以此为内容撰写而成、作为提出申请授予相应的学位时评审用的学术论文”。学位论文分为学士学位论文、硕士学位论文和博士学位论文三种。
学位论文不同于一般学术论。学位论文为说明作者的知识程度和研究能力,一般都较详细的介绍自己论题的研究历史和现状、研究方法和过程等。而一般学术论文则大多开门见山，直切主题，把论题的背景等以注解或参考文献的方式列出。学位论文中一些具体的计算或实验等过程都较详细，而学术论文只需给出计算或实验的主要过程和结果即可。学位论文比较强调文章的系统性，而学术论文是为公布研究成果，强调文章的学术性和应用价值。
1/学士学位论文
学士学位论文应能表明作者确已较好地掌握了本门学科的基础理论、专门知识和基本技能，并具有从事科学研究工作或担负专门技术工作的初步能力，应能体现作者具有提出问题、分析问题和解决问题的能力。学士论文的篇幅一般为万字。学士学位论文是对选定的论题所涉及的全部资料进行整理、分析、取舍、提高，进而形成自己的论点，做到中心论点明确，论据充实，论证严密。学位论文写作时还可以借鉴前人的研究思路、研究方法，以至重复前人的研究工作，但应具有自己的结论或见解。学士学位论文格式一般按学术论文格式写作。学士论文的`选题可从如下方面考虑：
1. 可选择具有创新意义的研究内容为题(对一些定理、命题给出新的证明、解释;通过实验和调查研究发现一些新的规律和结果。这类选题难度较大)。
2. 可在前人研究的基础上,从发展、提高的角度选题(对已发表的论文或教课书上的一些结论、结果做一些订正、改进、推广、深化和提高等工作)。
3. 采用“移植”方法选题(运用不同学科的理论、研究思想、方法、实验技术去解决另一学科的有关问题)。
4. 进行不同学术观点的讨论作为论文的选题。
5. 用所学知识去解决实际问题作为论文的选题。6. 对有关学科、领域或研究专题等进行综述、评述作为论文选题。
2/硕士学位论文
国务院学位委员会明确要求硕士学位论文：应在导师指导下，研究生本人独立完成，论文具有自己的新见解，有一定的工作量。可见硕士学位论文只要求在某方面有改进、革新，即有新见解。硕士学位论文应能表明作者确已在本学科上掌握了坚实的基础理论和系统的专门知识，并对所研究课题有新的见解，具有从事科学研究工作或独立担负专门技术工作的能力。硕士学位论文的篇幅一般不受限制。但下列内容的论文，不能算有新见解，不能作为硕士学位论文。
1. 只解决实际问题而没有理论分析;
2. 仅用计算机计算,而没有实践证明和没有理论意义;
3. 对于实验工作量比较大,但只探索了实验全过程,做了一个实验总结而未得出肯定的结论;
4. 重复前人的实验或自己设计工作量不大的实验,得出的结论是显而易见的,或者只做过少量几个实验,又没有重复性和再现性,就匆忙提出一些见解和推论的;
5. 资料综述性文章。
3/博士学位论文
博士学位论文应能表明作者确已在本门学科上掌握了坚实宽广的基础理论和系统深入的专门知识，并具有独立从事科学研究工作的能力，在科学和专门技术上做出了创造性的成果。博士学位论文应具有系统性和创造性。博士学位论文应是一本独立的著作，自成体系。有本课题研究历史与现状、预备知识、实验设计与装备、理论分析与计算、经济效益与实例、遗留问题与前景、参考文献与附录等，形成一个体系。博士学位论文的创造性从以下几条来衡量：
1.发现有价值的新现象、新规律、建立新理论。
2.设计实验技术上的新创造、新突破。
3.提出具有一定科学水平的新工艺、新方法，在生产中获得重大经济效益。
4.创造性地运用现有知识、理论，解决前人没有解决的工程关键问题。博士学位论文的结构是书的章节形式，每章节的写作均可按一般学术论文的格式写作。博士学位论文的摘要一般不要超过6000字。美国学者.罗伯特认为博士学位论文应将自己的原始资料(不管是否发表),都收编进去,博士学位论文是对多年研究和所著论文的总结和评论。
4/专题研究论文
专题研究是指对某专项课题的研究。专题研究论文是对其创造性的科学研究成果所作的理论分析和总结。专题研究论文与科技报告和学术论文有所不同。科技报告侧重过程记录;学术论文主要体现创造性成果和理论性、学术性。可以通俗地说，专题研究论文介于二者之间。
毕业论文只要按照学校的要求写就可以了，一般都会有明确要求的，比如上财MPA：
MPA学位论文开题报告应包含以下几个部分：
一、论文题目
在与指导老师商量的基础上确定论文题目，论文题目应体现公共管理的专业特性，同时应紧密结合实践，不适合写纯理论性论文。 题目应清楚地表达论文想要研究的中心议题。
论文题目必须简明扼要，字数不超过25个字。如果太长，可加一个副标题，但正副标题加起来不要超过40个字。
二、研究背景和意义
明确研究的主要问题，研究问题的背景与研究意义
论文研究要有明确具体的研究对象和研究范围。研究对象不能有多个，研究范围要具体。
研究意义有理论意义和实践意义，MPA论文突出实践意义。
三、文献综述
文献综述应注意以下几个方面：
(一)“文献综述”应与要研究的问题紧密相关，不要把非常宏大的理论直接搬过来。如有同学研究“某地污水处理市场化运营研究”，文献综述就应该是关于污水处理市场化运营方面的研究文献，不应机械搬用“新公共管理理论”、“公共产品理论”“委托代理理论”。
(二)需要对与研究问题相关的“文献”进行总结、分类和归纳，即体现“综”。
(三)最好能对与研究问题相关的“文献”进行评述，即在陈述已有研究成果观点的基础上，还要对研究成果解决了什么问题(贡献)及研究成果的局限性(不足)进行分析评价。最后要点明本论文所要解决的问题。
在开题报告时，文献综述部分可能做的不够完善，在后面论文撰写中需进一步补充，但在后续论文撰写时需注意上面的要求。
四、论文写作大纲
最好列出章、节、目，最低要列出到章、节。
五、研究方法
论文要有明确的研究方法，对资料的分析与评价要科学、合理。 采用调查报告、案例分析、问题与对策研究体例的论文，不能简单地堆积材料，要对资料进行系统的鉴别、综合、整理与分析，并提出个人见解及评论。
方法要具体，具体分析在研究具体哪个问题时用什么方法。
六、研究重点、难点和创新点
写明论文的重点。重点要与创新点相呼应。
写明论文研究过程中可能遇到的难点及解决的办法。
写明论文研究的可能创新点。
七、写作进度安排
写清楚开题、调研、论文初稿提交、计划答辩等主要的计划时间节点。便于自己控制进度和方便老师指导。
八、参考文献
把目前你所掌握的该领域有参考价值的文献都列出来，以让老师了解你对该领域的研究了解到什么程度，一般按作者姓名拼音顺序排列。 参考文献的大部分应该是期刊论文(专著要少，教材就不要写了);文献重点应该是近几年尤其是近两年的文献;文献中要有足够的外文文献;参考文献要注意用核心期刊的论文。
一、论文题目及关键词
题目应清楚地表达论文想要研究的中心议题。论文题目必须简明扼要，字数不超过25个字;关键词表明论文研究的具体领域和研究中心，一般不超过5个。
二、论文研究的主要问题、核心概念界定与研究意义
论文要有明确具体的研究对象和研究范围。研究对象不能有多个，研究范围要具体。
三、简要研究文献综述
文献综述应符合以下要求：
(一)“综述的文献”是与所研究的问题相关联的文献，范围不能太大，如研究“公共财政支出”，文献综述就应该是关于公共财政支出方面的，不能笼统地作公共财政预算甚至公共财政管理的文献综述。
(二)必须对与研究问题相关的“文献”进行总结、分类和归纳，即体现“综”。
(三)必须对与研究问题相关的“文献”进行评述，即在陈述已有研究成果观点的基础上，还要对研究成果解决了什么问题(贡献)及研究成果的局限性(不足)进行分析评价。最后要点明本论文所要解决的问题。
四、研究方法
论文要有明确的研究方法，对资料的分析与评价要科学、合理。采用调查报告、案例分析、问题与对策研究体例的论文，不能简单地堆积材料，要对资料进行系统的鉴别、综合、整理与分析，并提出个人见解及评论;采用理论研究的论文，必须要有理论观点的分析评价。
五、论文写作大纲(列出章、节、目，并要有相关的描述性内容)
六、参考文献
七、写作进度安排
研究生学位论文开题报告 及 论 文 工 作 实 施 计 划
院(系、所)
学 科 (专 业)
研 究 生 姓 名
学科门类与学位级别
导 师 姓 名
入 学 年 月
开 题 报 告 日 期
东 南 大 学 研 究 生 院
填 表 须 知
1、 论文开题报告由研究生本人向审议小组报告并听取意见后，由研究生本人填写此表。 2、 论文开题报告填写完成后，必须经导师审批，通过后方能提交。
3、博士生应在入学后第四学期结束前、硕士生应在第四学期结束前完成此开题报告。开题报告经研究生秘书在网上审核确认(硕士生至少半年、博士生至少一年)后方可申请答辩。
4、研究生开题前应填写查新报告。查新报告对理、工、医、管等学科博士生作为必要环节。博士生查新工作可委托图书馆负责，也可在完成网络文献检索类研究生课程的学习或参加学校组织的网络文献检索培训后，自行组织查新检索，自行组织查新需要详细文献查新述评作为附件。自行查新报告须经导师审查后由开题报告审核专家组审核签字(或盖章)。硕士生和文科博士生开题查新参考上述办法，不作硬性要求。
5、本表一式两份，一份研究生自留放入本人“研究生档案材料袋”;一份由院(系、所)保存并归入院(系、所)研究生教学档案。
6、学科门类与学位级别指的是工学(或理学等)博士、硕士。 7、本表电子文档打印时用A4纸张，格式不变，内容较多可以加页。
一、学位论文开题报告
二、学位论文工作实施计划
(一)论文的理论分析与硬件要求及其预期达到的水平与结果
2017毕业论文写作指导
一般毕业论文由标题、摘要、正文、参考文献等4方面内容构成。以下是我为大家分享的关于毕业论文写作指导。
本科专业(含本科段、独立本科段)自考生在各专业课程考试成绩合格后，都要进行毕业论文的撰写(工科类专业一般为毕业设计、医科类一般为临床实习)及其答辩考核。毕业论文的撰写及答辩考核是取得高等教育自学考试本科毕业文凭的重要环节之一，也是衡量自考毕业生是否达到全日制普通高校相同层次相同专业的学力水平的重要依据之一。
但是，由于许多应考者缺少系统的课堂授课和平时训练，往往对毕业论文的独立写作感到压力很大，心中无数，难以下笔。因此，对本科专业自考生这一特定群体，就毕业论文的撰写进行必要指导，具有重要的意义。
毕业论文是高等教育自学考试本科专业应考者完成本科阶段学业的最后一个环节，它是应考者的总结性独立作业，目的在于总结学习专业的成果，培养综合运用所学知识解决实际问题的能力。
从文体而言，它也是对某一专业领域的现实问题或理论问题进行科学研究探索的具有一定意义的论说文。完成毕业论文的撰写可以分两个步骤，即选择课题和研究课题。
首先是选择课题。选题是论文撰写成败的关键。因为，选题是毕业论文撰写的第一步，它实际上就是确定"写什么"的问题，亦即确定科学研究的方向。如?quot;写什么"不明确，"怎么写"就无从谈起。
教育部自学考试办公室有关对毕业论文选题的途径和要求是"为鼓励理论与工作实践结合，应考者可结合本单位或本人从事的工作提出论文题目，报主考学校审查同意后确立。
也可由主考学校公布论文题目，由应考者选择。毕业论文的总体要求应与普通全日制高等学校相一致，做到通过论文写作和答辩考核，检验应考者综合运用专业知识的能力"。但不管考生是自己任意选择课题，还是在主考院校公布的指定课题中选择课题，都要坚持选择有科学价值和现实意义的、切实可行的课题。选好课题是毕业论文成功的一半。
第一、要坚持选择有科学价值和现实意义的课题。科学研究的目的是为了更好地认识世界、改造世界，以推动社会的不断进步和发展。
因此，毕业论文的选题，必须紧密结合社会主义物质文明和精神文明建设的需要，以促进科学事业发展和解决现实存在问题作为出发点和落脚点。选题要符合科学研究的正确方向，要具有新颖性，有创新、有理论价值和现实的指导意义或推动作用，一项毫无意义的研究，即使花很大的精力，表达再完善，也将没有丝毫价值。
具体地说，考生可从以下三个方面来选题。首先，要从现实的弊端中选题，学习了专业知识，不能仅停留在书本上和理论上，还要下一番功夫，理论联系实际，用已掌握的专业知识，去寻找和解决工作实践中急待解决的问题。其次，要从寻找科学研究的空白处和边缘领域中选题，科学研究
还有许多没有被开垦的处女地，还有许多缺陷和空白，这些都需要填补。应考者应有独特的眼光和超前的意识去思索，去发现，去研究。最后，要从寻找前人研究的不足处和错误处选题，在前人已提出来的`研究课题中，许多虽已有初步的研究成果，但随着社会的不断发展，还有待于丰富、完整和发展，这种补充性或纠正性的研究课题，也是有科学价值和现实指导意义的。
第二、要根据自己的能力选择切实可行的课题。毕业论文的写作是一种创造性劳动，不但要有考生个人的见解和主张，同时还需要具备一定的客观条件。
由于考生个人的主观、客观条件都是各不相同的，因此在选题时，还应结合自己的特长、兴趣及所具备的客观条件来选题。具体地说，考生可从以下三个方面来综合考虑。首先，要有充足的资料来源?quot;巧妇难为无米之炊"，在缺少资料的情况下，是很难写出高质量的论文的。
选择一个具有丰富资料来源的课题，对课题深入研究与开展很有帮助。其次，要有浓厚的研究兴趣，选择自己感兴趣的课题，可以激发自己研究的热情，调动自己的主动性和积极性，能够以专心、细心、恒心和耐心的积极心态去完成。
最后，要能结合发挥自己的业务专长，每个考生无论能力水平高低，工作岗位如何，都有自己的业务专长，选择那些能结合自己工作、发挥自己业务专长的课题，对顺利完成课题的研究大有益处。
选好课题后，接下来的工作就是研究课题，研究课题一般程序是：搜集资料、研究资料，明确论点和选定材料，最后是执笔撰写、修改定稿。
第一、研究课题的基础工作---搜集资料。考生可以从查阅图书馆、资料室的资料，做实地调查研究、实验与观察等三个方面来搜集资料。
搜集资料越具体、细致越好，最好把想要搜集资料的文献目录、详细计划都列出来。首先，查阅资料时要熟悉、掌握图书分类法，要善于利用书目、索引，要熟练地使用其他工具书，如年鉴、文摘、表册、数字等。其次，做实地调查研究，调查研究能获得最真实可靠、最丰富的第一手资料，调查研究时要做到目的明确、对象明确、内容明确。调查的方法有：普遍调查、重点调查、典型调查、抽样调查。
调查的方式有：开会、访问、问卷。最后，关于实验与观察。实验与观察是搜集科学资料数据、获得感性知识的基本途径，是形成、产生、发展和检验科学理论的实践基础，本方法在理工科、医类等专业研究中较为常用，运用本方法时要认真全面记录。
第二、研究课题的重点工作---研究资料。考生要对所搜集到手的资料进行全面浏览，并对不同资料采用不同的阅读方法，如阅读、选读、研读。
通读即对全文进行阅读，选读即对有用部分、有用内容进行阅读，研读即对与研究课题有关的内容进行全面、认真、细致、深入、反复的阅读。在研读过程中要积极思考。要以书或论文中的论点、论据、论证方法与研究方法来触发自己的思考，要眼、手、脑并用，发挥想象力，进行新的创造。
在研究资料时，还要做好资料的记录。
第三、研究课题的核心工作―――明确论点和选定材料。在研究资料的基础上，考生提出自己的观点和见解，根据选题，确立基本论点和分论点。提出自己的观点要突出新创见，创新是灵魂，不能只是重复前人或人云亦云。同时，还要防止贪大求全的倾向，生怕不完整，大段地复述已有的知识，那就体现不出自己研究的特色和成果了。
根据已确立的基本论点和分论点选定材料，这些材料是自己在对所搜集的资料加以研究的基础上形成的。组织材料要注意掌握科学的思维方法，注意前后材料的逻辑关系和主次关系。
第四、研究课题的关键工作―――执笔撰写。考生下笔时要对以下两个方面加以注意：拟定提纲和基本格式。
拟定提纲包括题目、基本论点、内容纲要。内容纲要包括大项目即大段段旨、中项目即段旨、小项目即段中材料或小段段旨。拟定提纲有助于安排好全文的逻辑结构，构建论文的基本框架。
基本格式：一般毕业论文由标题、摘要、正文、参考文献等4方面内容构成。标题要求直接、具体、醒目、简明扼要。摘要即摘出论文中的要点放在论文的正文之前，以方便读者阅读，所以要简洁、概括。正文是毕业论文的核心内容，包括绪论、本论、结论三大部分。
绪论部分主要说明研究这一课题的理由、意义，要写得简洁。要明确、具体地提出所论述课题，有时要写些历史回顾和现状分析，本人将有哪些补充、纠正或发展，还要简单介绍论证方法。本论部分是论文的主体，即表达作者的研究成果，主要阐述自己的观点及其论据。
这部分要以充分有力的材料阐述观点，要准确把握文章内容的层次、大小段落间的内在联系。篇幅较长的论文常用推论式(即由此论点到彼论点逐层展开、步步深入的写法)和分论式(即把从属于基本论点的几个分论点并列起来，一个个分别加以论述)两者结合的方法。
结论部分是论文的归结收束部分，要写论证的结果，做到首尾一贯，同时要写对课题研究的展望，提及进一步探讨的问题或可能解决的途径等。参考文献即撰写论文过程中研读的一些文章或资料，要选择主要的列在文后。
第五、研究课题的保障工作―――修改定稿。通过这一环节，可以看出写作意图是否表达清楚，基本论点和分论点是否准确、明确，材料用得是否恰当、有说服力，材料的安排与论证是否有逻辑效果，大小段落的结构是否完整、衔接自然，句子词语是否正确妥当，文章是否合乎规范。
总之，撰写毕业论文是一种复杂的思维活动，对于缺乏写作经验的自考生来说，确有一定的难度。因此，考生要"学习学习再学习，实践实践再实践"，虚心向指导教师求教。
着这种状况是合理的。前面提到加工贸易的销售渠道控制在海外接单人和中间商手里,容易造成加工贸易企业利润水平低,缺乏自主性。为了改变这种状况,国家和企业应共同努力,开拓自己的销售渠道。(一)企业应建立符合实际情况的营销策略拥有自己的销售渠道对加工贸易企业稳定发展意义重大,但不管是制造企业,还是贸易企业,加工贸易企业在开拓销售渠道时,必须建立符合实际情况和自身发展状况的营销策略,否则欲速则不达。对于大型的制造企业,在资金充足的情况下,可以在进行代工的同时尝试树立自己的品牌,积极开拓自己的营销渠道;对于中小型制造企业,资金和销售人员储备相对不足,营销策略的重点应在提高产品质量、加强售后服务和新产品开发等方面,同时积累资金和行销人员储备,逐步将企业做大做强;对于贸易企业,营销渠道的竞争意味着服务的竞争,只有提供更好、高附加价值的服务,才能巩固与老客户的长期关系,开拓新客户。(二)加强工贸结合,帮助内资制造企业开拓市场前面提到,加工贸易领域工贸结合的方式有两种,一种是贸易企业接收海外订单后,在国内寻找合适的制造企业进行生产;另一种是制造企业接到订单后,因没有进出口权,必须找一家贸易企业做代理。前者多是内资加工贸易企业结合的方式。是内资制造企业发展加工贸易的主要渠道;后者则是外资加工生产企业与贸易企业结合的方式。随着我国进出口经营权的逐步放开,贸易企业的这种纯代理业务势必降低。对于贸易企业来说,未来的发展方向应是第一种方式。贸易企业接单,寻找合适的制造企业生产,可以充分发挥贸易企业和制造企业的优势,增强内资加工贸易企业的竞争力。许多开展加工贸易的内资制造企业是中小企业,在海外业务方面缺乏竞争力,而贸易企业熟悉海外市场,但自身没有制造能力,两者的有机结合可以有力地促进内资加工贸易的发展。目前这种形式的工贸结合规模太小。我国加工贸易企业多数是外商投资企业,内资制造企业的数量非常少。其主要原因有二:一是国内贸易企业的功能没有充分地发挥,根据问卷调查,只有的内资企业利用贸易企业的销售渠道;二是内资制造企业产品的质量无法满足客户的要求,这也是加工贸易国内采购比率低的重要原因。因此,要扩大工贸结合的规模,就需要贸易企业和制造企业共同努力,不断提升产品质量和服务质量。政府有关部门也可以采取适当的奖励措施,鼓励贸易企业在海外市场积极寻找订单。(三)改善投资环境,变海外接单为国内接单我国加工贸易企业多数是外商投资企业,其加工贸易业务多采用海外接单、国内生产的方式。销售渠道为海外接单人和中间商掌握,使得加工贸易企业的利润空间狭小,发展受到制约,尤其是对中外合资的加工贸易企业,中方的利益受到一定的损害。对此,政府应进一步改善投资环境,吸引外方将生产环节转移到国内的同时,将其营销环节也转移过来,变海外接单为国内接单。进一步改善投资环境包括继续给予加工贸易企业优惠的税收政策,加强知识产权保护,改进主管部门的管理等多方面。变海外接单为国内接单以后,不但可以提高加工贸易企业的利润水平,有利于加工贸易企业的发展,而且可以在国内培养一批营销管理人才,解决我国行销人才缺乏的问题。另外,鉴于在所有形式的外方投资者中,中小企业利用中国贸易企业销售渠道的比重最高,因此在吸引外资进入加工贸易领域时,政策应适当向中小企业倾斜。(四)政府应在资金、信息、网络建设方面给予支持前面提到,资金短缺是加工贸易企业,尤其是中小企业开拓营销渠道的最主要障碍。对此,政府一方面可以通过为有发展潜力的企业提供优惠贷款,直接帮助企业解决资金短缺问题;另一方面,可以通过为企业提供展销机会、在官方网站加强对加工贸易企业产品的宣传等方式,帮助企业解决因资金不足无力发展营销网络的问题。另外,信息匮乏、网络建设落后等也制约着加工贸易企业营销网络的发展。目前,我国加工贸易网站只有两个,远远不能满足企业的需要。随着经济信息化的飞速发展,网络信息对企业竞争力的影响越来越大,政府应继续加强官方相关网站的建设,为加工贸易企业提供更好的政策信息和市场信息服务,促进加工贸易企业的发展。
去看阿凡达 果断的。里面是两个种族的对立 人类和纳美人。前者为了能源开采不断的破坏自然，后者则用生命守护自然的家园。建议你看完后，按如下步骤写。1.首先你介绍电影的大概剧情，以及角色的扮演，和矛盾的冲突点在哪。2.分析正派和反派思想上有什么冲突，为什么有如此巨大的差异。3.思想上的差异是因为什么原因产生的，简单的探讨一下人性。比如欲望，自私，偏见……加深你论文的深度。4.结合现实，我们生存的环境面临哪些危机，环境被破坏会带来哪些恶劣的影响。5.反思，为什么会这样。6.反思，我们当如何解决。7.简短的，感动的号召大家一起努力维护自然之类的。（其实你这篇论文根本就是一个环保命题嘛。） 至于你说的一与自然的矛盾，那就更简单了。我们现代科技的发展飞速，生活越来越辩解，已经成为我们日常生活不可或缺得一部分。开车会造成大气污染，生产会造成污水排放。我们要生存，我们就得破坏大自然，破坏自然就是破坏我们自己的家园，最终我们会失去家园被自然毁灭。这是一个矛盾的循环，所以我们唯一要做的就是，环保！！节能啊什么的你都可以带着谈一谈。现在有越来越多的人类在积极的寻找解决的办法，如何把对自然的伤害降到最低。我们一直在努力，这就是人类的自然观。要生存，所以要自然。