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大家好，本周给大家分享的是最近发表在 NG 上与 油菜育种中农艺性状的基因组选择和遗传结构 相关的一篇文章。
文章题目：Genomic selection and genetic architecture of agronomic traits during modern rapeseed breeding (现代油菜育种中农艺性状的基因组选择和遗传结构)
期刊： Nature genetics
影响因子： 2020_IF = 38.330; 中科大类: 综合性期刊1区; 中科小类: 综合性期刊1区; JCR分区: Q1
发文单位： 中国农业科学院油料作物研究所、禾致源研发与合作中心、美国密苏里大学和 西澳大学等4家单位。
摘要： 油菜是世界上重要的产油作物。近几十年来，它的适应性、产量和品质都有了显著的提高，但育种选择背后的遗传机制仍不清楚。因此，作者在418份不同油菜种质的全基因组测序基础上，对育种过程中的油菜进行了全面的基因组评估。作者揭示了选择适应性和农艺性状的基因组基础。全基因组关联研究在56个重要农艺性状（包括植株结构和产量性状）鉴定了628个关联位点相关的致病候选基因。此外，作者发现农艺性状的可能候选基因中存在非同义突变，在整个改良过程中等位基因频率分布存在显著差异，包括控制种子重量的核糖体循环因子（ BnRRF ）基因。本研究为油菜品种改良提供了基因组基础，为基因组辅助育种提供了宝贵的基因组资源。
主要结果：
1、基因组变异和群体结构
作者对418份不同的甘蓝型油菜种质进行重测序，获得了5.6T测序数据。该数据集包括410份油菜籽种质、7份蔬菜种质和一份合成油菜种质的生态型、地理以及性状和繁殖时间的多样性（图1a）。使用人工合成油菜（2AF508）作为外类群，418份材料之间的系统发育关系表明，蔬菜用途油菜与产油材料之间存在明显差异（图1b-e）。
图1. 418份油菜种质的地理分布和群体多样性。a、418份材料的地理分布，冬季、春季、半冬季和蔬菜用途材料分别用蓝色、绿色、红色和黄色表示。b、以人工合成油菜为外群，利用全基因组SNPs构建所有材料的系统发育树。c、蔬菜用途材料和三种生态型油菜之间的核苷酸多样性（π）和群体分化指数（Fst）。d、每个亚群的LD衰减值。e、该研究中所有材料的PCA分析。
2、适应性和农艺性状的全基因组选择 作者在不同生态型和育种时期使用了XP-CLR、π、Fst和OmegaPlus方法来确定与适应性、产量和品质改良有关的潜在选择性信号（图2）。在中国，油菜育种可能经历了两个重要阶段：提高对当地环境的适应能力和选择高产优质的种子。在改良过程中，在不同育种时期的五次比较中，至少有两次确定了总共1005个包含2604个基因的选定区域（图2）。第一阶段主要是环境适应；作者鉴定了为提高适应性而选择的相关基因，这些基因与半温型油菜的典型表型变化一致，从半冬油菜中筛选出8个与叶片衰老或叶绿素生物合成相关的基因，包括ERF4和CYP38，FT、PHYC和FAR1等昼夜节律基因参与开花时间的调节（图2a）。此外，叶角和开花时间的选择区间与相应的GWAS信号有重叠（图2c）。
3、56个农艺性状的GWAS分析 从2013年到2017年，共对6个地区的403个不同油菜品种的56个重要农艺性状进行了测定，并将其分为6类：PA、形态特征、胁迫和抗病性、生育期、产量组成、含油量和脂肪酸组成，具有丰富的表型多样性（图3）。作者在六个与高于阈值的表型变异相关的区域中确定了628个SNP-GWASs关联峰（图3）。此外，作者对56个性状进行了InDel-GWASs，InDel-GWASs识别的大多数位点与SNP-GWAS结果重叠，而一些位点仅在InDel-GWAS中检测到。
图3. 油菜基因组特征与GWAS结果的整合。a、每个染色体上的基因密度。b、SNP密度。c、插入/缺失密度。d-g、产量（d）、种子质量(e)、生长期(f)、植株结构（g）。h、A和C亚基因组的共线性分析。
4、植物结构（PA）候选基因的鉴定 PA强烈影响光截获和光合作用，在产量和作物适应中起着极其重要的作用。LA是叶片偏离水平方向与地面的角度，在越冬阶段，半冬型油菜的LA比冬型油菜的LA更直立（图4a，b）。染色体A03上的一个重要GWAS信号包括一个候选基因BnaA03g10430D，该基因编码一个与LA相关的生长素外排载体（BnPIN2），并且可能在育种过程中经历了选择（图4c-h）。因此，BnaA03g10430D可能参与生长素的极性运输，促进油菜不定根的产生，调节LA。
5、产量相关性状候选基因的鉴定
产量是油菜最重要、最复杂的性状之一，提高产量是油菜育种的目标。在三种环境中，12个基因座与InDel-GWAS鉴定的基因座重叠（图5a）。染色体C08上的一些候选基因如 BnaC08g31420D 、 BnaC08g32200D 和 BnaC08g32730D 同时影响SW和SL（图5）。对于编码核糖体循环因子（ BnRRF ）的候选基因 BnaC08g32730D ，通过RNA-seq进行的表达分析表明，其在花蕾中高度表达（图5c）。作者初步分析表示，与空载体对照相比，在油菜T2系中过表达 BnRRF 也显示出显著增加的种子重量（图5d，f）。随后 BnRRF 基因表达测试显示，其与种子重量显著正相关（图5d，e）。单倍型分析检测到单倍型之间存在显著差异，并且两个SW候选基因（ BnaC08g31420D 和 BnaC08g32730D ）的单倍型频率在育种时期逐渐发生变化（图5g-i）。
6、种子质量和其他性状的候选基因
芸苔属作物中，GSL在种子中高浓度积累，降低了种子的营养价值。该研究中，作者使用SNP-GWAS和InDel-GWAS在染色体A02、A09和C09上识别出三个显著相关的信号（图6），此前报道的与GSL含量相关的基因，包括 GTR2 （ BnaA02g33530D 和 BnaA09g06190D ）和 HAG1/MYB28 （ BnaC09g05300D ）也在该研究中被鉴定（图6a，b）。此外，作者确定了3个新的候选基因（ BnaA09g05280D 、 BnaC09g05240D 和 BnaC09g04850D ）调节GSL含量（图6c-f）。有趣的是， BnaA09g05280D （ BnLSG ）（低籽硫甙（LSG））和 BnaC09g04850D （其功能尚未报道）分别是染色体A09和C09上的同源基因对（图6c-h）。单倍型分析表明，这两个基因的三个或五个主要单倍型与GSL含量相关，并且在生态型和育种时期，有利单倍型（Hap A，赋予低GSL含量）的频率同时增加，表明 BnLSG 可能是油菜GSL含量的基因（图6c–h）。
总之这项研究研究揭示了油菜育种过程中不同品种和人工选择或适应的基因组变异现象。这些结果为理解农艺性状的遗传基础和促进未来作物改良育种提供了宝贵的资源。
文中所有图片均来自 Genomic selection and genetic architecture of agronomic traits during modern rapeseed breeding
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参考文献：
Hu, J., Chen, B., Zhao, J. et al. Genomic selection and genetic architecture of agronomic traits during modern rapeseed breeding. Nat Genet (2022).
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《名枪》杂志是《少年科学画报》的下半月——名枪版由北京出版社出版集团主办，是国内唯一全面介绍枪械的大型科普期刊。由著名轻武器专家担岗，集权威新闻、科普知识、故事于一体；容中外古今枪械征战沙场之大全，以全新的视角展现不同时代的枪战场景。栏目包括：中国兵器、新枪解读、二战精品、名枪之约等。本刊内容精到，视角独特，在广大读者心目中树立了良好的形象，在期刊界有广泛的影响，是难得的了解枪械的精品期刊。 国内总发行：北京报刊发行局编辑部电话(传真)：邮箱地址：社 址：北京市北三环中路6号邮 编：100011通信地址：北京市海淀区世纪城垂虹园1号楼1A邮 编：100097统一刊号：CN11-2298/N邮发代号：2-135
《名枪》杂志由北京出版社出版集团主办，是国内唯一全面介绍枪械的大型科普期刊。由著名轻武器专家担岗，集权威新闻、科普知识、故事于一体;容中外古今枪械征战沙 场之大全，以全新的视角展现不同时代的枪战场景。栏目包括:中国兵器、新枪解读、二战精品、名枪之约等。
在科技期刊中a指的'年，4a就是4年。是拉丁文annus（年）的首字母。
是否是一级学报各高校或中科院的要求是不一样的，但总体来看，因为《生态毒理学报》创刊的时间较短，影响因子大概1.5左右吧，总体上还没到一级学报的水平。我给你举两个例子lz应该就会明白了，中科院土壤所有两个刊物，一是《土壤通报》一是《土壤》，对应影响因子大概1.9和1.5，一个是一级学报一个是二级学报；中科院生态所也有两个刊物，一是《生态学报》一是《生态学杂志》，对应影响因子大概2.1和1.7，依然一个一级学报一个二级学报。顺便说下，如果是中文期刊的话，是否是一级影响不大，除非你们学校的特殊规定，因为找工作什么的一般都看sci了（博士的话），就是我们现在都很少再发中文的了，希望对你有所帮助~
二级。何况学报现在不能投稿了吧。
社科更低一点
一般大学学报都为省级期刊。山西农业大学学报自然科学版为核心期刊，社会科学版核心栏目为：三农研究，区域经济文化和弱势群体关注。“ 省级 ” 期刊 ，即由各省、自治区、直辖市及其所属部、委办、厅、局主办的 期刊 以及由各本、专科院校主办的学报（刊）。一般说来，“国家级” 期刊 ，即由党中央、国务院及所属各部门，或中国科学院、中国社会科学院、各民主党派和全国性人民团体主办的 期刊 及国家一级专业学会主办的会刊。 “ 省级 ” 期刊 ，即由各省、自治区、直辖市及其所属部、委办、厅、局主办的 期刊 以及由各本、专科院校主办的学报（刊）。“ 核心期刊 ”是学术界通过一整套科学的方法，对于期刊质量进行跟踪评价，并以情报学理论为基础，将期刊进行分类定级，把最为重要的一级称之为核心期刊。
指的是什么核心？科技核心还是中文核心？
期刊类别可以进入中国国家新闻出版广电总局-期刊查询即可查询。
学术期刊按主管单位的不同，可以分为省级、国家级、科技核心期刊（统计源期刊）、中文核心期刊（北大中文核心）、CSSCI、CSCD、双核心期刊等。
1、省级医学：主管单位是省一级机构主管的期刊；
2、国家级医学：主管单位是国家机构、或一级协会和学会主管的期刊；
3、科技核心：进入中国科技信息研究所科技核心目录的期刊；
4、中文核心：进入北京大学图书馆出版的北大中文核心目录的期刊。
期刊从不同角度划分类型：
1、按期刊的载体分：印刷型、电子型、缩微型等。
2、按内容、用途分：学术性期刊(有学报、公报、通报、会志、汇刊等)；科普性期刊；技术性期刊；情报性期刊；检索性期刊(文摘、题录、索引等)；工具资料性期刊(统计资料、要人传记、时事纪要等，)；行业性期刊。
3、按出版机构分：学术团体；大专院校；政府机构；公司企业；商业机构；科研部门等。
4、按文种分：中文期刊；外文期刊。
5、按刊期分：定期(周刊、旬于U、半月刊、月刊、双月刊、季刊、半年刊、年刊等)；不定期。
6、按期刊文献级别分：一次文献期刊(又称一级文献)，如：公报、会报、会志、学报和江刊等；二次文献期刊(又称二级文献)，指书目、索引、文摘、题录等；三次文献期刊(又称三级文献)，如述评、综论、评论和进展报告等。
1、打开浏览器，搜索“中国知网”，进入官网界面，有的网址默认的是旧版的知网界面。
2、在文献选项这一栏目，点击“期刊”，因为核心期刊归属于期刊类别，硕博论文等是不包含在内的。
3、在搜索栏输入要查找相关论文的主题，以“教师专业发展”为例，输入后点击“搜索”。
4、可以在界面下方看到搜索到的论文有3万多篇，期刊种类繁杂，核心期刊和CSSCI相比较其他期刊而言更具有参考价值。所以要么精选期刊，要么缩小主题查找范围。
5、在界面右侧，第一个是“来源期刊”，下面有两项，“核心期刊”和“CSSCI”，对应的括号里是论文的数量。
6、点击“核心期刊”，界面中检索到的论文就都是核心期刊，可查看几期。
你在知网上下载该论文；论文上面会有标志；或者在万方上打开论文链接；往下看，会看到具体的期刊时间。
你是需要某篇论文，还是查询知网期刊论文的办法？
如果是前者，需要你付费下载，你可以发来期刊，刊期，篇名，帮你下载；
如果是后者，可以
1，登录“,知网”,；
2，点“期刊大全”栏目，
3，在方框中输入相应期刊名称，就可以查到。
ei和sci哪个好：一个科学引文索引，一个工程索引，侧重不一样吧
1、国内外认可度
ei和sci收录的都是国际上高质量的学术期刊，在国内外的高校、科研单位都有着很高的认可度，这个是国内期刊和国际英文期刊无法比拟的。不过，强中自有强中手，高手过招也会分伯仲。ei和sci比拼，虽然在有的单位不相上下，但在有的单位sci更受认可。
2、ei一般会议争议较大
ei分为ca检索和ja检索，分别对应会议和期刊。ei期刊的含金量毋庸置疑，但ei会议却分歧较大。如果是顶级ei会议，含金量不弱于ei期刊，但一般ei会议，含金量参差不齐，在国内部分单位不被认可。考虑到ei和sci对比时，有一般ei会议的影响在，会突出sci更具有优势。
3、sci覆盖的学科范围更广
ei属于工程检索索引，虽然与sci一样，收录的都是理科方向的期刊或会议，但范围局限于工程类。而sci收录的期刊，除了工程类的之外，还有其他理科方向的期刊。即sci覆盖学科范围更广，读者群体更大，在被引率上和关注度上也会更好，导致sci的学术影响范围比ei大。
总而言之，相对ei来说，sci会更厉害一些。但实际上，在很多单位ei的影响力也非常大。尤其是预算或时间上有限制的作者，ei往往更合适一些。不过，需要建议在相关单位认可的基础之上。
EI期刊和SCI期刊的区别在于EI即《科学引文索引》，SCI即《工程索引》。
1、sci是美国科学情报研究所出版的一部世界著名的期刊文献检索工具，通过其严格的选刊标准和评估程序来挑选刊源。其检索对象主要是自然科学。
2、ei其不收录基础理论研究文章。系美国工程信息公司出版的一个著名工程技术类综合检索工具。
3、相对来说，SCI要比EI的含金量高一些。不过国内对于SCI期刊论文和EI期刊论文都是有很高的认可的，只是SCI的领域范围要比EI更为广泛些，但EI则更精于一个专业领域，所以具体就看作者如何选择了，根据自身实际需求选择更为合适的那一个即可。
EI的涉及领域和SCI的涉及领域
1、EI期刊收录文献涉及的领域：机电工程、机械工程、船舶工程、制造技术等;矿业、材料工程、冶金、有色金属、金属材料、陶瓷、塑料及聚合物工程等;建筑工程、土木工程、结构工程、海洋工程、水利工程等。
2、SCI期刊收录期刊的内容主要涉及数、理、化、农、林、医、生物等基础科学研究领域，选用刊物来源于40多个国家，50多种文字，其中主要的国家有英国、美国、德国、俄罗斯、荷兰、日本、法国、加拿大等，也收录部分中国，包括港澳台刊物。
ei和sci的区别：
1、内容不同：
（1）EI期刊是美国工程信息公司出版的著名工程技术类综合检索工具，偏向于工程应用，主要收录工程技术领域的重要文献，包括期刊以及会议文献，另外也收录一些科技报告、专著等。
（2）SCI期刊是美国情报研究所出版的世界著名的期刊文献检索工具，主要偏重理论性研究，通过引文检索功能可查找相关研究课题早期、当时和最近的学术文献，同时获取论文摘要。
2、涉及领域不同：
（1）EI期刊收录文献涉及的领域：机电工程、机械工程、船舶工程、制造技术等；矿业、材料工程、冶金、有色金属、金属材料、陶瓷、塑料及聚合物工程等；建筑工程、土木工程、结构工程、海洋工程、水利工程等。
（2）SCI期刊收录期刊的内容主要涉及数、理、化、农、林、医、生物等基础科学研究领域，选用刊物来源于40多个国家，50多种文字，其中主要的国家有英国、美国、德国、俄罗斯、荷兰、日本、法国、加拿大等，也收录部分中国（包括港澳台）刊物。
3、审稿时间不同：EI期刊审稿时间周期短，SCI期刊审稿周期长。
4、难度要求不同：SCI期刊比EI期刊对于语言的要求更高。
5、评价标准不同：
（1）EI期刊数据来自5100种工程类期刊、会议论文和技术报告，原始文献来自40余个国家，涉及的语言多达39种，其中3600种有文摘。每期附有主题索引与作者索引，每年还另外出版年卷本和年度索引，年度索引还增加了作者单位索引。
（2）SCI期刊是ISI在SCI基础上引出期刊引用报告，提供了一套统计数据，展示科学期刊被引用情况、发表论文数量以及论文的平均被引用情况，在JCR中可以计算出每种期刊的影响因子，影响因子的高低，在一定程度上可以反应一个期刊的影响力。