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题目太长也不建议写两行，一是冗长不利于突出重点，二是影响卷面美观。建议你采用主标题结合副标题的形式。
点每一章的开头——菜单栏——格式——段落——换行和分页——段前分页（勾选）——确定。可用格式刷，就可不用每一章都重复设置。我不支持用插入“分页符”的办法，因为这样往往会影响页码的设置。
论文正文文中标题应按以下顺序依次使用：
第一级标题：标题序号为“一、”，为 4号黑体，独占行，末尾不需要加标点符号。
第二级标题：标题序号为“（一）”与正文字号相同，独占行，末尾不需要加标点符号。
第三级标题：标题序号为“ 1. ”应与正文字号、字体相同。
第四级标题：标题序号为“（1）”应与正文字号、字体相同。
第五级标题：标题序号为“①”应与正文字号、字体相同。
撰写英文题名的注意事项：
英文题名以短语为主要形式，尤以名词短语最常见，即题名基本上由一个或几个名词加上其前置和（或）后置定语构成；短语型题名要确定好中心词，再进行前后修饰。各个词的顺序很重要，词序不当，会导致表达不准。
一般不要用陈述句，因为题名主要起标示作用，而陈述句容易使题名具有判断式的语义，且不够精炼和醒目。少数情况（评述性、综述性和驳斥性）下可以用疑问句做题名，因为疑问句有探讨性语气，易引起读者兴趣。
第一、构成项目 毕业论文包括以下内容： 封面、内容提要与关键词、目录、正文、注释、附录、参考文献。其中“附录”视具体情况安排，其余为必备项目。如果需要，可以在正文前加“引言”，在参考文献后加“后记”。 第二、各项目含义 （1）封面 封面由文头、论文标题、作者、学校名称、专业、年级、指导教师、日期等项内容组成。 （2）内容提要与关键词 内容提要是论文内容的概括性描述，应忠实于原文，字数控制在300字以内。关键词是从论文标题、内容提要或正文中提取的、能表现论文主题的、具有实质意义的词语，通常不超过7个。 （3）目录 列出论文正文的一二级标题名称及对应页码，附录、参考文献、后记等对应的页码。 （4）正文 正文是论文的主体部分，通常由绪论（引论）、本论、结论三个部分组成。这三部分在行文上可以不明确标示。 （5）.注释 对所创造的名词术语的解释或对引文出处的说明，注释采用脚注形式。 （6）附录 附属于正文，对正文起补充说明作用的信息材料，可以是文字、表格、图形等形式。 （7）参考文献 作者在写作过程中使用过的文章、著作名录。 4、毕业论文格式编排 第一、纸型、页边距及装订线 毕业论文一律用国家标准A4型纸（297mmX210mm）打印。页边距为：天头（上）30mm，地脚（下）25mm，订口（左）30mm，翻口（右）25mm。装订线在左边，距页边10mm。 第二、版式与用字 文字、图形一律从左至右横写横排，1.5倍行距。文字一律通栏编辑，使用规范的简化汉字。忌用繁体字、异体字等其他不规范字。 第三、论文各部分的编排式样及字体字号 （1）文头 封面顶部居中，小二号行楷，顶行，居中。固定内容为“成都中医药大学本科毕业论文”。 （2）论文标题 小一号黑体。文头居中，按小一号字体上空一行。（如果加论文副标题，则要求：小二号黑体，紧挨正标题下居中，文字前加破折号） 论文标题以下的行距为：固定值，40磅。 （3）作者、学院名称、专业、年级、指导教师、日期 项目名称用小三号黑体，后填写的内容处加下划线标明，8个汉字的长度，所填写的内容统一用三号楷体，各占一行，居中对齐。下空两行。 （4）内容提要及关键词 紧接封面后另起页，版式和字号按正文要求。其中，“内容提要”和 “:” 黑体，内容用宋体。上空一行，段首空两格，回行顶格：“关键词”与 “内容提要”间隔两行，段首空两格。“关键词”和 “:” 用黑体,内容用宋体。关键词通常不超过七个，词间空一格。 （5）目录 另起页,项目名称用3号黑体，居中排列，上下各空一行；内容用小4号仿宋。 （6）正文文字：另起页。 （7）论文标题：用二号黑体加粗，居中排列，上空一行；下标明年级、专业、作者，作者姓名另起一行，四号楷体，居中排列；下空两行接正文。正文文字一般用小四号宋体，每段起首空两格，回行顶格，单倍行距。 （8）正文文中标题 一级标题，标题序号为“一、”与正文字号相同，黑体，独占行，末尾不加标点； 二级标题，标题序号为“（二）”，与正文字体字号相同，独占行，末尾不加标点； 三级以下标题序号分别为“1.”和（1），与正文字体字号相同。为避免与注释相互混淆，不可用“①”。可根据标题的长短确定是否独占行，若独占行，则末尾不使用标点，否则，标题后必须加句号。每级标题的下一级标题应各自连续编号。 （9）注释：正文中加注之处右上角加数码，形式统一为“①”，同时在本页留出适当行数，用横线与正文分开，空两格后定出相应的注号，再写注文。注号以页为单位排序，每个注文各占一段，用小5号宋体。引用文章时，注文的顺序为：作者、文章标题、刊物名、某年第几期〈例如 : ①龚祥瑞：《论行政合理性原则》, 载《法学杂志》1987年第1期。)；引用著作时，注文的顺序为：作者、著作名称、出版者、某年第几版、页数 ( 例如：② [ 英 ] 威廉·韦德著：《行政法》，楚剑译，中国大百科全书出版社 1997年版，第5页。)。 （10）附录 项目名称为小四号黑体，在正文后空两行空两格排印，内容编排参考“示范文本”。 （11）参考文献 项目名称用小四号黑体，在正文或附录后空两行顶格排印，另起行空两格用小四号宋体排印参考文献内容，具体编排方式同注释(参考的著作可不写第几页) 。 （12）页码 首页不编页码，从第二页起，居中编排。
原因如下1.之所以自动生成目录的时候，论文题目会出现在目录第一行，可能是由于你没有进行相关的目录设置，首先要打开目录，然后选择目录设置内把标题进行不勾选，然后就会解决论文题目出现在目录的第一行的问题了
写完摘要两字，另起一行空两格写内容。
内容摘要是全文内容的缩影，需要提出主要论点、揭示论文的研究成果、简要叙述全文的框架结构。内容提要是正文的附属部分，一般放置在论文的篇首。内容摘要应把论文的主要观点提示出来，便于读者一看就能了解论文内容的要点。
摘要是对论文的内容不加注释和评论的简短陈述，要求扼要地说明研究工作的目的、研究方法和最终结论等，重点是结论，是一篇具有独立性和完整性的短文，可以引用、推广。
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论文摘要的注意事项：
1、不得简单重复题名中已有的信息，不得照搬论文正文中的小标题（目录）或论文结论部分的文字，也不要诠释论文内容。
2、采用文字叙述，不得将文中的数据罗列在摘要中；文字要简洁，应排除本学科领域已成为常识的内容，应删除无意义的或不必要的字眼；内容不宜展开论证说明，不要列举例证，不介绍研究过程。
3、摘要的内容必须完整，不能把论文中所阐述的主要内容（或观点）遗漏，应写成一篇可以独立使用的短文。
4、摘要一般不分段，切忌以条列式书写法。陈述要客观，对研究过程、方法和成果等不宜作主观评价，不应与别人的研究作对比说明。
参考资料来源：百度百科-论文
参考资料来源：百度百科-毕业论文
正文内容标题格式为居中，小三，黑体。正文字体格式为小四号，宋体，1.5倍行距，首行缩进2字符。
结论标题字体为居中，小二号黑体。内容为小四号，宋体，1.5倍行距，首行缩进2字符。目录字体格式为居中，小二，黑体。目录内容格式为黑体，四号，1.5倍行距。对于引言字体格式为居中，小二，黑体。内容格式为宋体，小四，1.5倍行距，首行缩进2字符。
对于标题也有很严格的控制，标题格式为居中，二号，黑体。摘要字体为黑体，小四。摘要内容格式为宋体，五号，1.5倍行距，首行缩进2字符。
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注意事项：
1、了解其基本结构，往往分为下图几个部分，一般确定第一部分题目后，再写第四部分正文，写正文期间及时整理第六部分参考文献，然后在写其他部分。
2、开始写作，先确定题目，题目要简洁，且能充分反映论文全篇内容，之后正文架构完全是围绕题目展开，题目一般不超过25字，也有学校规定20字，这里供参考。
3、根据需要写作其他部分，通常可以写作摘要，同时还需在摘要后方附上关键词，根据图示要求进行设置。
参考资料来源：百度百科-论文格式
参考资料来源：百度百科-毕业论文
手写论文摘要是顶格写。第一行是题目（要居中），另起一行就是摘要，写上摘要两个字后，需要写上冒号，然后直接在冒号后写内容。格式如下：
标题（要居中）
摘要：内容
摘要又称概要，内容提要。摘要是以提供文献内容梗概为目的，不加评论和补充解释，简明，确切地记述文献重要内容的短文。
其基本要素包括研究目的、方法、结果和结论。具体地讲就是研究工作的主要对象和范围，采用的手段和方法，得出的结果和重要的结论，有时也包括具有情报价值的其它重要的信息。
写摘要时的注意事项
（1）摘要中应排除本学科领域已成为常识的内容；切忌把应用在引言中出现的内容写入摘要；一般也不要对论文内容作诠释和评论(尤其是自我评价)。
（2）不得简单重复题名中已有的信息。比如一篇文章的题名是《几种中国兰种子试管培养根状茎发生的研究》，摘要的开头就不要再写：“为了……，对几种中国兰种子试管培养根状茎的发生进行了研究”。
（3）结构严谨，表达简明，语义确切。摘要先写什么，后写什么，要按逻辑顺序来安排。句子之间要上下连贯，互相呼应。摘要慎用长句，句型应力求简单。每句话要表意明白，无空泛、笼统、含混之词，但摘要毕竟是一篇完整的短文，电报式的写法亦不足取。摘要不分段。
（4）用第三人称。建议采用“对……进行了研究”，“报告了……现状”，“进行了……调查”等记述方法标明一次文献的性质和文献主题，不必使用“本文”，“作者”等作为主语。
（5）要使用规范化的名词术语，不用非公知公用的符号和术语。新术语或尚无合适汉文术语的，可用原文或译出后加括号注明原文。
（6）除了实在无法变通以外，一般不用数学公式和化学结构式，不出现插图、表格。
（7）不用引文，除非该文献证实或否定了他人已出版的著作。
（8）缩略语，略称，代号，除了相邻专业的读者也能清楚理解的以外，在首次出现时必须加以说明。科技论文写作时应注意的其他事项，如采用法定计量单位，正确使用语言文字和标点符号等，也同样适用于摘要的编写。
摘要编写中的主要问题有：要素不全，或缺目的，或缺方法；出现引文，无独立性与自明性；繁简失当。
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摘要的分类：
按摘要的不同功能来划分，大致有如下3种类型。
（1）报道性摘要
报道性摘要是指明一次文献的主题范围及内容梗概的简明摘要，相当于简介。报道性摘要一般用来反映科技论文的目的、方法及主要结果与结论，在有限的字数内向读者提供尽可能多的定性或定量的信息，充分反映该研究的创新之处。
科技论文如果没有创新内容，如果没有经得起检验的与众不同的方法或结论，是不会引起读者的阅读兴趣的；所以建议学术性期刊(或论文集)多选用报道性摘要，用比其他类摘要字数稍多的篇幅，向读者介绍论文的主要内容。
以“摘录要点”的形式报道出作者的主要研究成果和比较完整的定量及定性的信息。篇幅以300字左右为宜。
（2）指示性摘要
指示性摘要是指明一次文献的论题及取得的成果的性质和水平的摘要，其目的是使读者对该研究的主要内容(即作者做了什么工作)有一个轮廓性的了解。创新内容较少的论文，其摘要可写成指示性摘要，一般适用于学术性期刊的简报，问题讨论等栏目以及技术性期刊等只概括地介绍论文的论题，使读者对论文的主要内容有大致的了解。篇幅以100字左右为宜。
（3）报道-指示性摘要
报道-指示性摘要是以报道性摘要的形式表述论文中价值最高的那部分内容，其余部分则以指示性摘要形式表达。篇幅以100～200字为宜。
以上3种摘要分类形式都可供作者选用。一般地说，向学术性期刊投稿，应选用报道性摘要形式；只有创新内容较少的论文，其摘要可写成报道-指示性或指示性摘要。论文发表的最终目的是要被人利用。
如果摘要写得不好，在当今信息激增的时代论文进入文摘杂志、检索数据库，被人阅读、引用的机会就会少得多，甚至丧失。一篇论文价值很高，创新内容很多，若写成指示性摘要，可能就会失去较多的读者。在这种情况下，如果作者摘要写得过简，编辑在退修时应提醒其修改。
参考资料来源：百度百科-摘要
在征文或者任何文体中，只要第一行有标题，而且这个标题在居中位置，就不需要再写作文题目。
因为第三行末尾写不下下行第一个单词。选中整段英文，右击，选“段落”，“中文版式”，勾选“允许西文在单词中间换行”。
以下为操作方法：1、先敲出想要输入的字样，在需要处敲回车，使其分成两行 。2、将光标放在第一行的尾部，按删除键。3、将第二行与第一行合并为一行。4、然后按回车重新生成新的第二行，就可以让第二行字和第一行对齐。
1、将目光放到开始栏中的编号按钮，点开它，接着注意“定义新编号格式”选项。
2、接下来，挥动你勤劳的手指，给“编号格式”里的“1”加上英文版的方括号——“[]”就这家伙。然后点击确定即可。
3、下一步是删除没用的标号，但我们也会发现[10]、[11]、[12]这三个标号离文字非常近，几乎挨着了。
4、选中全部参考文献，点击开始栏中“段落”里的“段落设置”。“对齐方式”选择“两端对齐”，“特殊格式”选择“悬挂缩进”，“缩进值”可以选0.9或者1.0。
5、点击确定，修改完成。
直接在编辑窗口上的标尺上移动，然后往下的段落用格式刷刷一下就统一了。或者在工具栏中，‘格式’--‘段落’弹出窗口里进行调整就可以了。
你这第二行与第三四行是同一个段落么？如果不是同一个段落，分别设置段落的缩进，选中段落，右键，“段落”，“缩进与间距”选项卡里面，“左侧”缩进设置为2个字符或4个字符若是同一个段落，选中该段落，同上进入“缩进与间距”选项卡，“左侧”缩进设置为2个字符，“特殊缩进”设置为“悬挂缩进”，设置值为2个字符(2+2=4，即该段落的第二行开始相对于第一行缩进2字符，相对整个页面缩进4字符) ------------------------------------------------------------------假设你要每一行分别设置不同的缩进的话，那你就只能每一行成为一个段落。因为同一段落，只能将首行与后面行设置成不同的两种缩进量。
使用【endnote】插入文献后，如果文献稍长些，有第二行，第二行会顶格开始。并且这个第二行的缩进在”word-工具-endnote-format bibliography“的”hanging“里不管你怎么设置，即使设为250px也不管用首先打开【endnote】软件，在”edit-output styles-edit（你所选择的文献格式名称）“对话框中点击”bibliography-layout“，这是看右下角由一个”Hanging indent“在这个下拉列表框中选择”All paragraph或者first paragraph only“都可以，这是你点击右上角的”X“保存后再回到【endnote】文献管理界面你就会发现第二行已经整齐的和第一行缩进对其了。第二：下面具体的缩进多少这是才可以在”word-工具-endnote-format bibliography“的”hanging“里面设置厘米数就可以了。
Endnote X9的设置方法是：打开Endnote>Tools>Cite While You Write > Format Bibliography>Layout>改变hanging indent值。
另外附上改变参考文献序号后第一行缩进距离的方法：打开Endnote>Edit>Output Styles>Edit 当前的样式文件名>侧边栏Bibliography下的Layout>调整右边[Bibliography Number]后的距离。
参考资料：网页链接