一、现行预算会计存在的问题
(一)现行预算会计不能真实、完整地核算和反映实施国库集中收付制度和政府采购制度后出现的新业务
国库集中收付制度和政府采购制度的实施，使财政资金的流向发生了重大变化。如预算单位用于发放工资、购建固定资产、购买材料及服务等所需要的财政资金不再由财政通过主管部门拨入用款单位，而是由财政部门从国库账户按规定程序直接拨入职工工资账户或直接拨付(或通过预算指标支付)给提供商品或服务的供应商;行政、事业单位收到的财政资金不再表现为货币资金，而是一方面表现为收入的増加，另一方面表现为费用的増加(如工资支出等)或非货币性资产的増加(如存货、在建工程、固定资产等)。这就需要对行政单位和事业单位会计制度规定的核算内容进行相应的修改。目前，各地区均在开展财政支出方面的改革，如“集中核算”、“国库集中支付”等形式，由于我国实行的是全国统一的会计制度，而试点办法又没有兼顾地方做法，不利于各地开展会计核算。在行政、事业单位的会计上出现了何时确认购入的资产和购入资产按什么金额入账等问题，在收付实现制下，行政、事业单位只能在实际收到拨款单据时按拨款金额确认购入的设备，如果采购过程跨年度，采购己基本完成，但款项尚未付清，在年末会形成财政资金结余，则不能完整反映该项经济业务活动，这种会计处理不能真实反映预算执行情况。
(二)现行预算会计不能为编制部门预算提供相关的会计信息
从表面上看，编制部门预算似乎与预算会计没有大的关系，但从实质上看，预算会计信息是编制部门预算时的一个重要依据，是编制部门预算的基础。我国的预算编制正在以“零基法”取代“基数法”。在传统的“基数法”下，按照基期年的支出基数简单地加上一个増长比例确定各部门的支出指标，因而，在决策时不需要过多的会计信息，在这种情况下，传统的会计核算基础存在的弊端也没有显现出来。但在“零基法”下，一切从“零”开始，主要根据各部门的职责、占用的经济资源、人员配备等客观因素来确定资金使用额度，编制“零基预算”，除了有核定编制、制定标准定额等相关配套制度外，摸清各部门的“家底”、充分了解各部门资源占用和使用情况，具有十分重要的作用，如果没有可靠的会计信息，就无法编制“零基预算”。我国的行政、事业单位长期以来在使用预算资金、开展公务活动中形成并拥有大量的房屋、建筑物等固定资产，许多事业单位如科研、高校、医院等单位还拥有相当数量的股权投资。在实际工作中，行政、事业单位因基建形成的固定资产存在登记不及时、甚至不入账等情况;即使己入账的固定资产，按现行制度规定不计提折旧，无法反映固定资产的使用情况，虚増了资产价值。
(三)现行预算会计不能适应政府投融资体制改革的要求
近年来，我国财政投融资体制的市场化进程不断推进，政府投融资主体多元化，随着大量非财政性资金投入公共领域，对政府部门会计信息的透明度和准确性提出了更高的要求，一方面要求实现与政府部门会计信息的可比性，另一方面要求政府部门提供充分的信息来对成本进行计价、核算和比较。而现行预算会计难以适应形势发展的新要求。
二、改革我国现行预算会计的对策
随着社会主义市场经济体制的完善和公共财政框架的构筑以及部门预算、国库集中支付制度、政府采购制度等改革的不断深入，现行预算会计的弊端和不足越发显现，必须对其进行改革，从我国的实际出发，参照发达国家预算会计实践的成功经验，发展更为全面的预算会计。
(一)深化完善预算会计体系
现行的预算会计体系(狭义)包括:财政总预算会计、行政单位会计、事业单位会计。但随着预算管理制度的改革，我国预算会计体系将向“政府和非营利组织会计”发展。我国可以借鉴发达国家对企业会计和非企业会计的划分方法，即按照单位活动的目的(而不是组织类别)的不同进行分类。预算会计体系在近期应由政府会计和事业单位会计构成，事业单位会计在近期应纳入非营利组织会计，在远期应向企业会计靠拢。我国政府财务报告应当提供全面反映政府业绩和财务受托责任的财务及非财务信息，披露预算情况、国有资产、政府采购基金、社会保障基金等方面的信息。
(二)逐步转向以权责发生制为会计基础
权责发生制是使用者评价政府财政受托责任履行情况的必要手段，也是新公共管理体制下政府会计的改革方向，发达国家不同政府会计模式都不同程度地采纳了这一会计基础。根据权责发生制原则，收入只有在政府提供服务时才加以确认，而且在政府接受服务以后，就应该将相应的义务确认为当期费用，并将其作为债务列入资产负债表，这样，政府的财务报告就可以完整地反映政府的财政状况和运行成果;同样，权责发生制要求在资产负债表上确认所有的经济资源，如新加坡将道路桥梁和其他基础设施确认为资产，并确认了其折旧费用，这样就会使政府更加注意其对有关资产的管理和维护，更好地认识未来的短期债务、更好地管理基础设施、更有效地重新分配预算。
(三)改进完善政府会计信息体系
任何会计系统的基本目标都是提供信息以满足使用者的需要。财务报告是满足各类使用者信息需要的基本工具，因为不同类别的使用者均需要通过财务报告获取报告实体的相关信息。政府会计报告系统必须设计成能够满足不同使用者的需要。然而，现行预算会计报告系统提供的信息不全面、不完整、不透明，不能满足报告使用者尤其是外部使用者的需要，应当加以改进。在改进现行会计报表结构、项目的基础上，増加编制现金流量表和政府完整的合并会计报表。
完整的政府会计信息体系包括：及时提供有关政府支出和成本的可靠信息，以帮助政府部门进行决策和控制支出;及时进行内部审计和独立的外部审计，并编制审计报告;将会计系统与计划、预算、现金和债务管理及审计系统相结合;报告有关非现金资源的信息(资产、负债、人力资本);报告有关政府产出或政府政策后果的信息，促使政府提高工作效率，加强成本管理;编制政府各部门和政府整体的财务报告等。
