一、农业管理体制存在的主要问题
1.管理机构的同构设置，束缚了特色产业的发展
农业是一个高度依赖自然条件和环境资源的产业，只有因地制宜，才能提高资源的利用率，提高经济效益。因此十分有必要按农业资源的禀赋特征，逐步形成具有区域优势的产业带。但是，从省到市、县的地方农业行政管理机构，设置上基本与中央一致，职能高度同构。这种情况，既不利于地方主导产业的形成，也不利于地方专业特色产业的发展，客观上也不利于农业和农村经济结构的调整，不利于农业区划特别是特色产业带的形成。
2.中介组织发育滞后，影响了市场主体作用的发挥
改革开放以来，我国农民的生产积极性得到极大的调动，农业生产迅速发展。然而，千家万户的小农分散经营面对农业市场化和国际化的挑战，暴露出规模小、效率低、竞争力弱的严重缺陷。同时，政府对农民的技术、信息和市场服务也难以到位。农民的组织化程度低，主要是连结农户和市场的中介组织发育滞后，使得农业的市场主体缺位。这种局面既不利于形成国内统一、竞争、开放、有序的大市场，也不利于我国农业参与国际竞争。
二、农业管理体制创新与技术创新
随着我国农村市场经济体制建设的逐步深入，农业行政管理部门的职能也应随之发生变化。为此我们必须不断地对农业行政管理体制进行创新，做到农业行政事务有的放矢，以适应农村社会和农业经济发展的要求。改革完善我国农业行政管理体系，要在转变传统观念、建立健全法制观念的基础上进行管理体制的创新与管理技术的创新。
1.农业行政管理理念的创新
在经济全球化和我国市场经济的背景下，我国农业部门首要做的就是管理理念的创新。从我国社会主义制度自身来讲，政府行政的根本目的就是为人民服务，行政人员的行政行为就会表现为促进人民生活水平的提高，实现共同富裕。因此塑造服务型农业行政理念是我国农业行政管理体系创新与发展的要求与必然趋势。其次，面对市场经济中的新情况与新问题，要求农业行政部门不断更新观念，迅速面对现实，积极寻找解决问题与矛盾的方法与途径。更应树立开放理念，将所掌握的公共信息向广大农民开放，全面推行“阳光政务”。
2.农业行政管理体系的创新
在农业行政管理理念创新的同时，更应注重管理体系的创新。在职能的优化上，应根据农业发展的需求重新定位，准确界定管理部门的职权与职责。应着力于建立、完善和维护统一的公平竞争的市场:一是建立健全市场管理制度和市场管理组织机构，完善市场服务职能，加强对市场的监督管理，营造和维护公平与法治统一的良好的规范有序的市场经济环境。二是改进宏观经济调控职能，自觉运用财税、货币、产业政策以及通过价格、利率、汇率和税率等经济杠杆来调控农村经济运行。三是培育和健全各类社会中介组织，并充分发挥其服务作用。如建立各种行业协会，提高农民组织化程度，从而提高我国农业的整体竟争力。四是强化政府公共服务意识，充分发挥政府在公共领域和提供公共产品的职能作用，如提高农村基础教育水平，增加农村大型基础设施建设投资等。总之，要促进政府农业行政职能由全能向有限，由管制向服务，由划浆到掌舵的转变，促进部分农业行政职能的市场化和社会化。从组织结构上来说，农业内部各产业，农业生产的各个环节，农业资源的保护与利用、农业生产的投入与扶持、农业科技的开发与推厂、农产品的加工与运销、食品的安全与国内低频市场的开发等，是一个有机的整体。目前，我国农产品产业链人为割裂，农业产前、产中、产后各个环节严重脱节，管理职能分散的体制安排和管理方式已经不能适应我国农业发展新阶段和农业产业化经营的需要，不利于国家粮食安全的大局。我国应该借鉴它们的经验和教训，进一步改革完善我国政府的农业管理体制，尽快将各部门涉农机构撤消或合并，对现有的涉及农业管理有关部委的机构设置进行调整，农业管理职能进行重新组合，组建新的综合统一的农业部门，确保农业资源利用、农业生产、农产品营销和农村发展等整个农业产业链各个环节的有效管理和协调。
3.实现管理技术创新，构建农业“电子政府”
提高行政效率是当前农业行政管理中的一个大问题。解决这个问题的出路，除了加快农业行政管理体制改革的步伐外，提高农业行政的信息化程度是一个关键。但农业网站不多，而且信息量少，更新速度慢。因此我国农业行政管理体系的创新还应该包括农业行政手段的创新，主要指农业行政的电子化、信息化和网络化，推进电子政务的发展。当前，我国应进一步加强农业信息网络的建设，提高农业政务信息化程度，从而能更及时、准确、有效的实现为农业服务的目的。要加快农业电子政务的发展，首先就要消除人们认识上的误区.电子政务不仅仅是政府部门的计算机化或政府上网，而是要打破传统的手工政务处理模式，实现整个政府业务流程的整合，并在网上实现与公民的互动，提供全方位的网络服务。二是要建立完备的农业宏观决策信息咨询系统及农业信息化服务体系。农业生产信息、市场信息、技术信息、法律法规信息等对于广大农户和决策者都十分重要，及时、准确、可靠、全面的信息是搞好农业管理的必要条件。因此，必须建立完备的农业信息服务体系，为农业宏观决策提供真实可靠的信息，提高决策的科学性。第三，就是要建立与网民的互动反应机制。可以在网上设立专门的论坛进行农业问题的讨论;对重大农业问题的决策可通过网络调查的方式搜集群众意见;设立网上咨询信箱，并对网民的邮件设专人及时回复。在世界日益进步的今天，我们应不断加快农业行政管理体制改革，理顺政府与市场、政府与社会以及中央和地方农业行政机关间的关系，不断缩减政府规模，充分运用信息技术不断提高农业行政管理绩效，并以立法保证改革的成效，建立一个机构合理的、决策科学的、综合的、健全的农业行政管理体系。
