截至2009年6月,学院已承担重大重点科研课题100余项,包括国家973项目、863计划项目、国家“九五”科技攻关重点项目、国家“十五”科技攻关重大项目、“十一五”国家科技支撑计划项目、国家科技重大专项“重大新药创制”项目、国家杰出青年基金项目、国家自然科学基金重大研究计划重点项目、国家攀登计划项目等国家重大研究项目20余项,国家自然科学基金项目50余项,国际合作课题3项,省部级重点重大项目20余项,重大横向开发课题70余项;共发表SCI收录论文500多篇,获国家发明专利授权40余项;获得国家科技进步奖二等奖1项,有23项科研成果获得省部级科技进步奖;研制国家一类新药1个、二类等新药10余个,其中有3个品种被《中国药典》收载;学院人均科研经费一直位居全国药学院校前列,2008年教师人均40多万。