在文献管理和论文写作上的运用

文献的管理在下载了上百篇文献之后，文献的管路就成了一个问题。就像十个八个人的小公司，老板一个人可以兼职财务、人事、市场等多重角色，而上百上千人的大公司，其中任何一个角色，都足以让你忙的焦头烂额。这个时候，专业人士能够轻松处理让你手忙脚乱的杂事。对于文献管理，Endnote就是这样一个专业人士，能够有效地把庞大的文献有效地组织起来，给你提供全面的信息，作者、期刊、年份、题目、卷期页码，以及摘要等信息。有些期刊在投稿时要求提供DOI，Endnote也能做到。Endnote在文章编排中的作用是巨大的，是综述写作、论文写作、书籍写作的必备（其他文献管理工具也不错，Reference Manager，Biblioscape，Note Express等）。它的使用方法见王超的《ENDNOTE使用方法，常用！》。虽然电子版很方便，我还是倾向于阅读用纸版。一是看电脑屏幕时间长了，眼睛疼，大脑容易木化，陷于僵滞的状态；二是多动手，有助于记忆。在电脑屏幕上看时，仅仅使用一根手指头：是指双击打开或关闭和滚动滑轮翻页。除了食指，整个身体的其他部分都一动不动。眼睛慢慢变成像死鱼眼一样，拉直了视线，呈现出发呆的神态来。这种阅读方式不适合长时间大量阅读，偶尔查阅还行。我喜欢把文献打印出来，统一编号（跟Endnote一致，Endnote中的Label可以添加编号）后打孔，放入活页文件夹。活页夹和打孔器见图片。这里也提一下活页文件夹。这种简单、灵活、有效的文件管理方式，我竟然在我整个求学过程中闻所未闻，未见任何同学使用过。大家都是打印出来，订书机一订就摞在桌头上。文件多了经常滑落下来洒一地。更难受的是管理，你不能把它码整齐，也不能随手取出想要的文献。直到在歌德学院学德语才第一次接触文件夹。当时报名时，一人发一个活页文件夹，教室里有打孔器。老师发下的材料自己打孔后放入。而且还可以用隔页分类存档不同内容的资料。方方正正的文件夹，往桌子上一放就能站住，文件再多也能排放整齐。在实验室里，导师应该给每个研究生配发活页夹供学生使用，方便学生。而且学生毕业后，可以把文件夹和打印的文件同时收回，留给后续的学生使用。从而，既利于科研又避免浪费。

我用过几款文献管理软件，Endnote， Mendeley， Zotero，NoteExpress 和 NoteFirst，这些文献管理软件从功能上各有特色，网上的评论文章也不少，我自己的的使用体验如下： A. 功能方面： 在导入中文文献数据的准确性上， Endnote， Zotero和Mendeley都出现不同程度的问题，对中文期刊参考文献格式不能很好的支持并且对国标也不能正确理解。这三款是国外软件，主要针对英文作者，因此没有重点解决中文期刊作者的问题也是可以理解的。人家没把咱列为主要目标客户嘛，呵呵。但是值得一提的是Mendeley内置的PDF浏览器，可以直接收录英文的PDF文件，这一个功能很强大， 我很喜欢。 Zotero只支持Firefox浏览器，对于我们经常用IE的人不适合。 国内的软件NoteExpress和NoteFirst做的都不错，可以很好的支持中文文献，但NE在对国标的细节处理上依旧存在问题， 比如无法自动区别英文文献中的作者是中文作者的汉语拼音， 也不支持中英文双语的参考文献自动形成。 而NoteFirst 推出的相对比较晚，所提供的期刊样式还有待完善， 但它全面支持国标并且支持双语参考文献自动形成比较适用中文科技期刊的作者，这对我这个经常需要投被EI收录期刊的人来说是非常实用的。B. 设计结构方面： Endnote（Web）,Zotero，Mendeley 和NoteFirst是网络版的设计，而reference manager, NoteExpress 以及国内的另一款软件医学文献王都只有单机版。 网络版软件的好处就是能够使用户在不同地点、不同电脑上均可以同步自己最新的个人数据库。我相信随着互联网的飞速发展，网络版一定会成为主流产品。 而上面提到的这几款网络版软件中前两种都没有设计客户端， 在中国目前网络发展尚不完善的情况下纯粹网络版的产品可能会有问题，而只有Mendeley和NoteFirst具有网络版和单机使用的共同设计。C. 价格方面：Endnote和Noteexpress均是收费的软件， Endnote还价格不菲， 只有机构用户才会使用。而Mendeley， Zotero和NoteFirst都提供免费版本。 功能上对于我这样的科技期刊作者来说已经足够用了。 当然，要写大论文的博士生们，还是用掏点钱使用软件的高级功能吧。基于以上原因， 我最终选择了Mendeley和Notefirst 共同使用， NoteFirst 进行文献收集管理和论文写作， Mendeley进行PDF文件的管理。这是我的个人使用经验之谈，谨供大家参考。

文章的架构文献的阅读是一个从“无可非议”、“似是而非”、“大是大非”到“无事生非”的过程。刚开始阅读，由于自己的知识有限，前几篇文章提出的方法和结果对自己都是全新的，自己的知识储备不足以评判其中的观点。因而，刚开始阅读时会对文章中的所有内容全盘接受，很难产生质疑的观点出来，对看的任何内容都是“无可非议”。等看过十篇八篇的文献之后，所了解的方法和观点较多了，有些可能观点相左，这是怀疑会跳出来，对所阅读的论点进行挑剔，却又不能凭借一两篇文章而确定某种方法完全胜过另一种方法。每种方法都各有千秋，从而达到“似是而非”的境界。只有看过足够量的文章之后，才能够做出完整的评价，所获得的优劣比较结果也有充足的论据。这时候就达到了一种“大是大非”的境界。综述文章，一部分是综合别人的工作，另一部分，还在于论述自己的观点。大是大非也还只是综合的一步，应该更进一步，通过对“大是大非”的把握，要能发现新的问题、新的优点或者缺点、提出改进方法，以及对未来工作和发展前景的建议和设想，更有甚者，跳出对原有实验细枝末节的讨论，从一个更高的层面，从原理上、方法论上和系统性上加以评价。这当然很难，故而，多数综述文章综而不述，让读者看完之后，对过去有些了解，对未来仍是茫然。当然，论述的越多，耗费的时间和精力越大。鲜明的例子是，赵立平历时两年增删二十多次才写出为未来5－10年的发展方向提出自己独到的见解的文章，方知“述”之不易。如果阅读完成之后，能够达到“大是大非”的经济，即可提笔写作了。写作，要先搭框架，对所要综述的内容分门别类，不断细分。分的越细越好，至少要三级，三级标题下还可能有四级五级标题。这样做有以下好处：@框定要综述的问题，缩小范围。不要让自己的写作“随兴所至”而偏离了方向，失了重点。也容易分清主次，而不是眉毛胡子一把抓。这不是写书，没有太多的篇幅去展宽全面的讨论，所以要限定自己综述的范围。@写作压力小。想到写一篇文章时，会联想到“写下至少五千文字和阅读一百篇文献”，一霎那压力倍增，而且不知道从何处入手。而细分之后，所要想的仅仅是对某个方法的某个参数进行讨论，只需一个小段落的文字。这样简单的多，可以立即完成，没有太大压力。@有条不紊。所有要讨论的问题列在那里，就像一个TO-DOLIST，完成一项划去一项，一件一件来，有条不紊，进度非常直观。

多读书，积累些好词好句，这些都可以用到作文中去

文献的阅读方法阅读上百篇文献可不是一件容易的事，如果仅仅是浏览一遍，就只能留下一个大概印象，过一段时间或者说随着阅读文献的增多，这个模糊的印象也失去了。对知识点的记忆是写作和创作的基础，记不住怎么组织语言，即使是查，也不知道从几百篇文献上千页中哪里去查。我的导师教导我读书要辩证去读，在思考中记忆，不要在书上涂画。不否认这种方法适合聪明的大脑。我资质愚钝，试行几年之后，脑子里只有墨盒的味道，却没有文字，结果连我赖以凭借考上大学和研究生的写写划划也丢失了。对于我，更适合“好记性不如烂笔头”，这也适合我的德国同事们。他们把文献用A4纸打印出来，在重要的语句上用高亮笔划出。读完之后抄录到A5纸上，订到原来的文献上，作为精选。这个摘录是对你真正有用的知识点，其他大部分文章都是铺垫，或者是已经在你记忆中了。这样读书虽然刚开始很慢，随着十几二十篇文献做下来，你的积累多了，后面的摘录就越来越少了。而且，你的阅读速度也越来越快了。因为人都是基于旧有的知识去领悟新知识。刚开始的时候，你的知识储备少，一篇文章的知识点难以用自己的语言解释，或者大脑中不能浮出有效的实例去解释，所以接收起来非常困难。而随着积累的增加，理解越来越容易，也理解越来越充分，速度也越来越快。阅读速度的增加一定不是线性的，而是指数型的，这就是知识的马太效应。你的读书笔记需要分类，你的知识需要管理。这与其他知识的管理一样，需要一套完整的系统。这得需要另辟一篇博文讨论，此处不再展开讨论。仅对文献的管理进行说明。